Extensão do trust manager que faz a verificação se um cliente/servidor é confiável de duas formas: 1) a partir dos certificados disponibilizados pelo trust manager padrão do Java; 2) e a partir dos certificados presentes em uma pasta do sistema de arquivo que é definida por parâmetro.

App.java

/**
 * Exemplo de uso do <code>X509TrustManagerCombinado</code>.
 */
public class App {
  public static void main(String[] args) throws Exception {
      // Configura o contexto SSL para utilizar um trust manager customizado
      SSLContext sslContext = SSLContext.getInstance("SSL");

      sslContext.init(null, new TrustManager[] { new X509TrustManagerCombinado(new File("/etc/ssl/certs")) }, null);

      HttpsURLConnection.setDefaultSSLSocketFactory(sslContext.getSocketFactory());
  }
}

X509TrustManagerCombinado.java

package com.ssl.utils;

import java.io.File;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.InputStream;
import java.net.Socket;
import java.security.KeyStore;
import java.security.cert.CertificateException;
import java.security.cert.CertificateFactory;
import java.security.cert.X509Certificate;
import java.util.UUID;

import javax.net.ssl.SSLEngine;
import javax.net.ssl.TrustManager;
import javax.net.ssl.TrustManagerFactory;
import javax.net.ssl.X509ExtendedTrustManager;

import org.apache.commons.lang.ArrayUtils;

/**
 * O <code>X509TrustManagerCombinado</code> é um trust manager que faz a verificação
 * se um cliente/servidor é confiável de duas formas: 1) a partir dos certificados
 * disponibilizados pelo trust manager padrão do Java; 2) e a partir dos certificados
 * presentes em uma pasta do sistema de arquivo que é definida por parâmetro.
 *
 * @author <a href="mailto:hprange@gmail.com">Henrique Prange</a>
 */
public class X509TrustManagerCombinado extends X509ExtendedTrustManager {
    private final X509ExtendedTrustManager trustManagerPadrao;
    private final X509ExtendedTrustManager trustManagerCertificadosAdicionais;

    public X509TrustManagerCombinado(File pastaCertificados) {
        try {
            trustManagerPadrao = inicializaTrustManagerPadrao();
            trustManagerCertificadosAdicionais = inicializaTrustManagerCertificadosAdicionais(pastaCertificados);
        } catch (Exception exception) {
            throw new RuntimeException("Erro ao inicializar o X509TrustManagerCombinado.", exception);
        }
    }

    @Override
    public void checkClientTrusted(X509Certificate[] chain, String authType) throws CertificateException {
        try {
            trustManagerPadrao.checkClientTrusted(chain, authType);
        } catch (CertificateException excep) {
            trustManagerCertificadosAdicionais.checkClientTrusted(chain, authType);
        }
    }

    @Override
    public void checkClientTrusted(X509Certificate[] chain, String authType, Socket socket) throws CertificateException {
        try {
            trustManagerPadrao.checkClientTrusted(chain, authType, socket);
        } catch (CertificateException excep) {
            trustManagerCertificadosAdicionais.checkClientTrusted(chain, authType, socket);
        }
    }

    @Override
    public void checkClientTrusted(X509Certificate[] chain, String authType, SSLEngine sslEngine) throws CertificateException {
        try {
            trustManagerPadrao.checkClientTrusted(chain, authType, sslEngine);
        } catch (CertificateException excep) {
            trustManagerCertificadosAdicionais.checkClientTrusted(chain, authType, sslEngine);
        }
    }

    @Override
    public void checkServerTrusted(X509Certificate[] chain, String authType) throws CertificateException {
        try {
            trustManagerPadrao.checkServerTrusted(chain, authType);
        } catch (CertificateException excep) {
            trustManagerCertificadosAdicionais.checkServerTrusted(chain, authType);
        }
    }

    @Override
    public void checkServerTrusted(X509Certificate[] chain, String authType, Socket socket) throws CertificateException {
        try {
            trustManagerPadrao.checkServerTrusted(chain, authType, socket);
        } catch (CertificateException excep) {
            trustManagerCertificadosAdicionais.checkServerTrusted(chain, authType, socket);
        }
    }

    @Override
    public void checkServerTrusted(X509Certificate[] chain, String authType, SSLEngine sslEngine) throws CertificateException {
        try {
            trustManagerPadrao.checkServerTrusted(chain, authType, sslEngine);
        } catch (CertificateException excep) {
            trustManagerCertificadosAdicionais.checkServerTrusted(chain, authType, sslEngine);
        }
    }

    @Override
    public X509Certificate[] getAcceptedIssuers() {
        return (X509Certificate[]) ArrayUtils.addAll(trustManagerPadrao.getAcceptedIssuers(), trustManagerCertificadosAdicionais.getAcceptedIssuers());
    }

    private X509ExtendedTrustManager inicializaTrustManager(KeyStore keyStore) throws Exception {
        TrustManagerFactory tmFactory = TrustManagerFactory.getInstance(TrustManagerFactory.getDefaultAlgorithm());

        tmFactory.init(keyStore);

        TrustManager tms[] = tmFactory.getTrustManagers();

        for (int i = 0; i < tms.length; i++) {
            if (tms[i] instanceof X509ExtendedTrustManager) {
                return (X509ExtendedTrustManager) tms[i];
            }
        }

        throw new Exception("Erro ao inicializar: não existe um X509TrustManager na TrustManagerFactory.");
    }

    private X509ExtendedTrustManager inicializaTrustManagerCertificadosAdicionais(File pastaCertificados) throws Exception {
        KeyStore keyStore = KeyStore.getInstance(KeyStore.getDefaultType());

        keyStore.load(null, null);

        for (File certificado : pastaCertificados.listFiles()) {
            InputStream in = null;

            try {
                in = new FileInputStream(certificado);
                CertificateFactory certificateFactory = CertificateFactory.getInstance("X.509");
                X509Certificate certificate = (X509Certificate) certificateFactory.generateCertificate(in);

                keyStore.setCertificateEntry(UUID.randomUUID().toString(), certificate);
            } finally {
                if (in != null) {
                    in.close();
                }
            }
        }

        return inicializaTrustManager(keyStore);
    }

    private X509ExtendedTrustManager inicializaTrustManagerPadrao() throws Exception {
        return inicializaTrustManager(null);
    }
}