Exemplo para calculo do R0 utilizando o pacote R0 em R.

exemplo_R0.R

library(R0)

# Historico de casos
historico <- c( 3,  3,  2,  4,  3,  5,  1,  2,  4,  2,
               10, 10,  7,  2,  3,  4,  6,  2, 15, 15,
               12,  4, 14, 25, 21, 12, 18, 20,  4, 51, 
               20, 14, 17, 43, 15, 10, 18, 17, 15, 33,
               20, 67, 43, 45, 44, 76, 27, 17, 25, 11,
               61, 102, 3, 26, 16, 24)

# Tamanho da populacao
popSize <- 1000

# Parametro para gerar distribuição
shape   <- 3.16
rate    <- 1.52

# Gerar distribuicao
mGT <- generation.time('gamma', c(shape, rate))

# Calcular R0
estR0 <- estimate.R(historico,
                    mGT,
                    begin = 1,
                    end = 56,
                    methods = c("EG", "ML"),
                    pop.size = popSize, nsim = 100)
# Mostrar resultado
estR0