MODX вычисляем сумму остатков по TV и выводим с нулевым остатком в конце. При этом сохраняется сортировка по menuindex у остальных товаров.

gistfile1.tpl

  {set $goods = 'msProducts' | snippet : [
      'sortby' => '{"null_total_remains":"DESC", "menuindex":"DESC"}',
      'tpl' => 'good.category3',
      'leftJoin' => [
          "remains" => [
              "class" => "modTemplateVarResource",
              "on" => "msProduct.id = remains.contentid AND remains.tmplvarid IN (29,30,31,32,33,34,52)" // id TV с остатками
          ],
      ],
      'select' => [
          "remains" => "
              CASE
              WHEN SUM(remains.value) IS NULL THEN 0
              WHEN SUM(remains.value) = 0 THEN 0
              ELSE 1
              END
              as null_total_remains"
      ],
  ]}