Configファイル実装を楽にできるかもしれないクラスです。 丸コピだと動かないと思います。参考程度にどうぞ。

ConfigAccessor.java

package com.ittekikun.plugin.eewalert;

import org.bukkit.configuration.file.FileConfiguration;
import org.bukkit.configuration.file.YamlConfiguration;
import org.bukkit.plugin.java.JavaPlugin;

import java.io.File;
import java.io.IOException;

public class ConfigAccessor
{
    private final String fileName;
    private final JavaPlugin plugin;

    private File configFile;
    private FileConfiguration fileConfiguration;

    /**
     * Configファイル実装を楽にできるかもしれないクラス<br/>
     * 1.9以降のAPIにも対応してます。
     *
     * @param plugin         プラグインクラス
     * @param fileName     　Configファイルネーム
     */
    public ConfigAccessor(JavaPlugin plugin, String fileName)
    {
        if(plugin == null)
        {
            throw new IllegalArgumentException("plugin cannot be null");
        }
        //非推奨だが放置
        if(!plugin.isInitialized())
        {
            throw new IllegalArgumentException("plugin must be initialized");
        }
        
        this.plugin = plugin;
        this.fileName = fileName;
        File dataFolder = plugin.getDataFolder();
        
        if(dataFolder == null)
        {
            throw new IllegalStateException();
        }
        
        this.configFile = new File(plugin.getDataFolder(), fileName);
    }

    public void reloadConfig()
    {
        fileConfiguration = YamlConfiguration.loadConfiguration(configFile);
    }

    public FileConfiguration getConfig()
    {
        if(fileConfiguration == null)
        {
            this.reloadConfig();
        }
        return fileConfiguration;
    }

    public void saveConfig()
    {
        if(fileConfiguration == null || configFile == null)
        {
            return;
        }
        else
        {
            try
            {
                getConfig().save(configFile);
            }
            catch(IOException ex)
            {
                EEWAlert.log.severe("Could not save config to " + configFile);
                ex.printStackTrace();
            }
        }
    }

    public void saveDefaultConfig()
    {
        if(!configFile.exists())
        {
            //1.9のBUKKITAPIの仕様変更によりコピー処理を分ける必要がある。
            //※1.8以前では環境によってファイルエンコードを自動的に変更する。1.9以降はそのままコピーする
            //※Configファイルはプラグインのjarファイル内にUTF-8(BOM無し)で保存してください。
            //下記のようなコードで判別する。
            //String ver = getServer().getBukkitVersion();
            //isV19 = (ver.startsWith("1.9-R") || ver.startsWith("1.9.1-R") || ver.startsWith("1.9.2-R") || ver.startsWith("1.9.3-R") || ver.startsWith("1.9.4-R") || ver.startsWith("1.9.5-R") || ver.startsWith("1.9.6-R") || ver.startsWith("1.9.7-R"));
            if(EEWAlert.isV19)
            {
                Utility.copyRawFileFromJar(EEWAlert.instance.getPluginJarFile(), configFile, fileName);
            }
            else
            {
                Utility.copyFileFromJar(EEWAlert.instance.getPluginJarFile(), configFile, fileName);
            }
        }
    }
}

MyPluginConfig.java

public class MyPluginConfig
{
    public MyPlugin myPlugin;
    public ConfigAccessor config;

    public String test;

    public MyPluginConfig(MyPlugin myPlugin)
    {
        this.MyPlugin = myPlugin;
    }

    //このメソッドを呼ぶことで設定を読み込む。
    public void loadConfig()
    {
        //Configファイルの拡張子忘れないで！
        system = new ConfigAccessor(myPlugin, "system.yml");
        
        //Configファイルがない場合はjarファイルからコピーする。
        system.saveDefaultConfig();
        
        //使い方は一緒
        test = system.getConfig().getString("test", "test");
    }
}

Utility.java

public class Utility
{
    /**
     * jarファイルの中に格納されているテキストファイルを、jarファイルの外にコピーするメソッド<br/>
     * ファイルをそのままコピーします。
     *
     * @param jarFile        jarファイル
     * @param targetFile     コピー先
     * @param sourceFilePath コピー元
     */
    public static void copyRawFileFromJar(File jarFile, File targetFile, String sourceFilePath)
    {
        JarFile jar = null;
        InputStream is = null;

        File parent = targetFile.getParentFile();
        if (!parent.exists())
        {
            parent.mkdirs();
        }

        try
        {
            jar = new JarFile(jarFile);
            ZipEntry zipEntry = jar.getEntry(sourceFilePath);
            is = jar.getInputStream(zipEntry);

            Files.copy(is, targetFile.toPath());
        }
        catch (IOException e)
        {
            EEWAlert.log.severe(targetFile + "のコピーに失敗しました。");
            e.printStackTrace();
        }
        finally
        {
            if (jar != null)
            {
                try
                {
                    jar.close();
                }
                catch (IOException e)
                {
                    // do nothing.
                }
            }
            if (is != null)
            {
                try
                {
                    is.close();
                }
                catch (IOException e)
                {
                    // do nothing.
                }
            }
        }
    }
    
    /**
     * jarファイルの中に格納されているテキストファイルを、jarファイルの外にコピーするメソッド<br/>
     * WindowsだとS-JISで、MacintoshやLinuxだとUTF-8で保存されます。
     *
     * @param jarFile        jarファイル
     * @param targetFile     コピー先
     * @param sourceFilePath コピー元
     * @author https://github.com/ucchyocean/
     */
    public static void copyFileFromJar(File jarFile, File targetFile, String sourceFilePath)
    {
        JarFile jar = null;
        InputStream is = null;
        FileOutputStream fos = null;
        BufferedReader reader = null;
        BufferedWriter writer = null;

        File parent = targetFile.getParentFile();
        if (!parent.exists())
        {
            parent.mkdirs();
        }

        try
        {
            jar = new JarFile(jarFile);
            ZipEntry zipEntry = jar.getEntry(sourceFilePath);
            is = jar.getInputStream(zipEntry);

            fos = new FileOutputStream(targetFile);

            reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(is, "UTF-8"));
            writer = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(fos));

            String line;
            while ((line = reader.readLine()) != null)
            {
                writer.write(line);
                writer.newLine();
            }

        }
        catch (FileNotFoundException e)
        {
            EEWAlert.log.severe(targetFile + "のコピーに失敗しました。");
            e.printStackTrace();
        }
        catch (IOException e)
        {
            EEWAlert.log.severe(targetFile + "のコピーに失敗しました。");
            e.printStackTrace();
        }
        finally
        {
            if (jar != null)
            {
                try
                {
                    jar.close();
                }
                catch (IOException e)
                {
                    // do nothing.
                }
            }
            if (writer != null)
            {
                try
                {
                    writer.flush();
                    writer.close();
                }
                catch (IOException e)
                {
                    // do nothing.
                }
            }
            if (reader != null)
            {
                try
                {
                    reader.close();
                }
                catch (IOException e)
                {
                    // do nothing.
                }
            }
            if (fos != null)
            {
                try
                {
                    fos.flush();
                    fos.close();
                }
                catch (IOException e)
                {
                    // do nothing.
                }
            }
            if (is != null)
            {
                try
                {
                    is.close();
                }
                catch (IOException e)
                {
                    // do nothing.
                }
            }
        }
    }
}