jQueryで全選択・全解除はprop使う ref: http://qiita.com/ituki_b/items/17eab8c38a2ad5392660

file0.html

<div class="allCheck">
<input type="checkbox" id="allCheck01"><label for="allCheck01">全選択・全解除</label>
</div>
<div>
<input type="checkbox" id="check01"><label for="check01">アイテム01</label>
<input type="checkbox" id="check02"><label for="check02">アイテム02</label>
<input type="checkbox" id="check03"><label for="check03">アイテム03</label>
</div>

file1.js

$('.allCheck input,.allCheck label').click(function(){ //全選択・全解除をクリックしたとき
    var items = $(this).closest('.allCheck').next().find('input');
    if($(this).is(':checked')) { //全選択・全解除がcheckedだったら
        $(items).prop('checked', true); //アイテムを全部checkedにする
    } else { //全選択・全解除がcheckedじゃなかったら
        $(items).prop('checked', false); //アイテムを全部checkedはずす
    }
});