vocalizeitor.js

// FUNCIONES AUXILIARES

/* 
 * La siguiente función cuenta las propiedades
 * (tanto propias como hereradas) de un objeto
 */

function contarPropiedades(obj) {
  var recuento = 0;
  for (propiedad in obj) recuento ++;
  return recuento;
}

/* 
 * Las siguientes funciones son las que permiten hacer un "estudio estadístico"
 * de las vocales de un texto. 
 * 
 */


// No hay esperanzas matemáticas en http://www.unicode.org/charts/PDF/U0080.pdf
// pero podemos organizar nuestra propia tabla con congruencias módulo 5
var listaDeVocales = 'aeiouáéíóúàèìòùâêîôûäëïöü';
function normalizaVocalMinuscula(c) {
  var pos = listaDeVocales.indexOf(c);
  if (pos !=-1) return listaDeVocales.charAt(pos%5);
  else return false;
}


function estadisticaDeVocales(texto) {
  texto = texto.loLowerCase();
  var tablaDeFrecuencias = {};
  for (var j=0, len = texto.length;j<len;j++) {
    var caracter = normalizaVocalMinuscula(texto.charAt(j));
    if (caracter !== false) {
      if (caracter in tablaDeFrecuencias) tablaDeFrecuencias[caracter]++;
      else tablaDeFrecuencias[caracter] = 1;	   
    }
  }
  return tablaDeFrecuencias;
}

// RESOLUCIÓN DEL PROBLEMA

/* 
 * vocalizeitor recorre el árbol de strings 
 * buscando el máximo número de vocales distintas 
 * por nodo. Devuelve dicho número y las string que lo tienen
 * 
 */ 

function vocalizeitor(soa, campeones) {
  if (soa instanceof Array) {
    for (var j=0, len = soa.length;j<len;j++) {
	  vocalizeitor(soa[j],campeones);
    }
  }
  else {
    var numeroDeVocalesDistintas = contarPropiedades(estadisticaDeVocales(soa));
    if (numeroDeVocalesDistintas == campeones.numeroDeVocalesDistintas) {
	  campeones.nodos.push(soa);
    }
    else if (numeroDeVocalesDistintas > campeones.numeroDeVocalesDistintas) {
      campeones.numeroDeVocalesDistintas = numeroDeVocalesDistintas;
      campeones.nodos = [soa];
    } 
  }
}

/*
 * Esta vez le toca a Ferb poner en marcha el invento
 *
 */

function ferb(a) {
  var campeones = {numeroDeVocalesDistintas:0,nodos:[]};
  vocalizeitor(a,campeones);
  return campeones;
}

//TEST
var ej =  ferb(["hola", ["soy", ["juan", "fernandez"] ], "y", ["no", "tengoóaiua", ["diiiiineeeeroooooo"] ] ]);
console.log(ej.numeroDeVocalesDistintas,ej.nodos.join());

Llevas razón: es más eficiente que la vocal desnuda sea el valor, aunque la diferencia sea mínima :)
Pensándolo bien, incluso es más claro a nivel conceptual.