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| from fileinput import input | |
| import requests | |
| # cat image ids to this script to loop over annotations | |
| # e.g.: cut -f2 image_ids.tsv | python get_idr_annotations.py | |
| def connect(): | |
| import omero | |
| from omero.gateway import BlitzGateway | |
| from omero.sys import ParametersI | |
| from omero.rtypes import rint | |
| USERNAME = os.environ.get("USERNAME", "root") | |
| PASSWORD = os.environ.get("PASSWORD", "omero") | |
| SERVER = os.environ.get("SERVER", "localhost") | |
| conn = BlitzGateway(USERNAME, PASSWORD, host=SERVER, port=4064) | |
| conn.connect() | |
| return conn | |
| session = requests.Session() | |
| image_url = "http://idr.openmicroscopy.org/webclient/api/annotations/?type=map&image=" | |
| ns = "openmicroscopy.org/mapr/phenotype" | |
| def get_well_image_ids(conn, plate_id, field_id=0): | |
| """Get list of [wellId, imageId] for Plate""" | |
| # conn.SERVICE_OPTS.setOmeroGroup('-1') | |
| query_service = conn.getQueryService() | |
| params = ParametersI() | |
| params.addId(plate_id) | |
| params.add('wsidx', rint(field_id)) | |
| query = "select well.id, img.id "\ | |
| "from Well well "\ | |
| "join well.wellSamples ws "\ | |
| "join ws.image img "\ | |
| "where well.plate.id = :id "\ | |
| "and index(ws) = :wsidx" | |
| p = query_service.projection(query, params, conn.SERVICE_OPTS) | |
| img_ids = [] | |
| for i in p: | |
| well_id = i[0].val | |
| img_id = i[1].val | |
| img_ids.append([well_id, img_id]) | |
| return img_ids | |
| for line in input(): | |
| line = line.strip() | |
| image_id = int(line) | |
| url = "%s%s" % (image_url, image_id) | |
| map_anns = session.get(url).json()['annotations'] | |
| print len(map_anns) | |
| # Link to images here |
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| CMPO_0000393 14135 | |
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| CMPO_0000393 14864 | |
| CMPO_0000393 14737 | |
| CMPO_0000393 14499 | |
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