Chidori のブートローダ chidori_bootloader.zip を解凍し、 main.hex を avrdude で書き込みます。 (書き込み用デバイスがUSBASPの場合)
> avrdude -c usbasp -p atmega328p -U flash:w:main.hex:i
新品の atmega328p にブートローダを書き込む場合は、フューズビットを先に書き込みます。 (書き込み用デバイスがUSBASPの場合)
> avrdude -c usbasp -p atmega328p -U lfuse:w:0xff:m -U hfuse:w:0xd0:m -U efuse:w:0xff:m
上記以外に USBaspLoader を checkout してから、
> make
> make fuse
> make flash
でも ok です。