cuarto.php

<?php

add_action( 'wp_footer', 'funcion_codigo_especial' );
function funcion_codigo_especial(){
    /* AQUÍ IMPRIMIMOS EL CÓDIGO JAVASCRIPT A USAR */
    /* O LO PODEMOS DELIMITAR ENTRE "?>" Y <?php" */
}

?>

primero.html

<script src="http://code.jquery.com/jquery-latest.min.js"></script>

<script type="text/javascript">
(function(){
    var ique=document.createElement("script"),iqueC=document.getElementsByTagName("script")[0];
    ique.async=true;
    ique.src='http://chat.dominio.net/cgi-bin/Empresa/js.js';
    ique.charset='UTF-8';
    ique.setAttribute('crossorigin','*');
    iqueC.parentNode.insertBefore(ique,iqueC);
})();
</script>

quinto.php

<?php

add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'el_script_agregado' );
function el_script_agregado(){
    /* AGREGAMOS NUESTRO SCRIPT AL FINAL DEL DOCUMENTO WEB */
    /* EL ÚLTIMO PARAMETRO INDICA QUE AHÍ SE DEBE AGREGAR (EN PIE DE PÁGINA [CIERTO|FALSO]) */
    wp_enqueue_script('mi_script', get_template_directory_uri() . '/url-al-script/en-tema/archivo.js', array('jquery'), '1.0.0', TRUE);
}

?>

segundo.html

<script type="text/javascript">
(function($){
    /* CÓDIGO EN jQuery QUE USA LAS "$" */
})( jQuery );
</script>

tercero.html

<script type="text/javascript">
jQuery(document).ready(function( $ ) {
    /* CÓDIGO EN jQuery QUE USA LAS "$" */
    /* Y QUE VA EN UN WIDGET */
});
</script>