kaizu

# -*- coding: utf-8 -*-
import numpy

data = []
x = numpy.linspace(0.0, 10.0, 100)
data.extend([numpy.sin(x) + numpy.random.uniform(-0.5, 0.5, 100) for _ in range(5)])
data.extend([numpy.cos(x) + numpy.random.uniform(-0.5, 0.5, 100) for _ in range(5)])
numpy.random.shuffle(data)

import matplotlib.pylab as pylab

kaizu

Windows 7 (64bit)上でE-Cell4のPython拡張をビルドする

準備

E-Cell4はwin32ブランチをチェックアウトして用いる. 必要なら各自Gitをインストールして使う: https://github.com/ecell/ecell4

以下がビルドに利用したもの:

kaizu

diff --git a/ecell4/bd/functions3d.cpp b/ecell4/bd/functions3d.cpp
index f2a94c7..a1a4692 100644
--- a/ecell4/bd/functions3d.cpp
+++ b/ecell4/bd/functions3d.cpp
@@ -64,11 +64,11 @@ Real Igbd_r_3d(Real r, Real sigma, Real t, Real D)
     const Real sigmasq(sigma * sigma);
 
     const Real sigmacb(sigmasq * sigma);
-    const Real rcb(gsl_pow_3(r));
+    const Real rcb(gsl_pow_int(r, 3));

kaizu

kaizu

kaizu

kaizu

kaizu

１、粒子の初期位置を原点として、 ２、適当なシェルの半径（吸収境界条件の位置a）を決めてdrawTimeする ３、もしdrawTimeした時間と現在時刻の和がシミュレーション終了時刻より以前ならば 　　４、平面状での角度（0-2pi）を乱数で決定 　　５、シェルの半径と角度から現在位置からのdisplacementを得て、位置を更新する 　　６、時間をdrawTimeで得た時刻だけ進める 　　７、2に戻る (edited) ３、もしdrawTimeした時間と現在時刻の和がシミュレーション終了時刻よりも後ならば 　　４、シミュレーション終了時刻引く現在時刻で得た時間幅（drawTimeで得た時刻より手前なはず）でdrawRする 　　５、平面状での角度を乱数で決定

kaizu

[
    {
        "EcoGene": "EG11277",
        "GeneID": "944742",
        "name": "thrL",
        "synonyms": [
            "thrL",
            "b0001",
            "ECK0001",
            "JW4367",

kaizu