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@kantale

kantale/Categorical_Decision_Tree_rules.ipynb

Created July 23, 2016 21:20
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Rule extraction from a Decision Tree with Categorical data through scikit-learn
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Display the rendered blob
Raw
Categorical_Decision_Tree_rules.ipynb
{
"cells": [
{
"cell_type": "markdown",
"metadata": {},
"source": [
" Download data from: https://figshare.com/s/9ea23d3eda3e85111490 "
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 4,
"metadata": {
"collapsed": true
},
"outputs": [],
"source": [
"import json"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 5,
"metadata": {
"collapsed": false
},
"outputs": [],
"source": [
"with open('CYP_data_X.json') as f:\n",
" X = json.load(f)"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 7,
"metadata": {
"collapsed": true
},
"outputs": [],
"source": [
"with open('CYP_data_Y.json') as f:\n",
" Y = json.load(f)"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 8,
"metadata": {
"collapsed": true
},
"outputs": [],
"source": [
"options_1 = [u'*1', u'*2', u'*3', u'*4', u'*5', u'*6', u'*7', u'*8', u'*17', u'Unknown']\n",
"options_2 = [u'*1', u'*1xN', u'*2', u'*2xN', u'*3', u'*3xN', u'*4', u'*4xN', u'*5', u'*6', u'*6xN', u'*7', u'*8', u'*9', u'*10', u'*11', u'*12', u'*13', u'*14A', u'*14B', u'*15', u'*17', u'*18', u'*19', u'*100', u'*101', u'*10x2', u'*17x2', u'*20', u'*21', u'*27', u'*29', u'*29x2', u'*31', u'*33', u'*34', u'*35', u'*35xN', u'*36', u'*36xN', u'*38', u'*39', u'*40', u'*41', u'*42', u'*44', u'*45', u'*45xN', u'*46', u'*47', u'*48', u'*49', u'*41x2', u'*50', u'*51', u'*53', u'*54', u'*55', u'*56A', u'*56B', u'*57', u'*59', u'*62', u'*68', u'*69', u'*72', u'*92', u'*9x2', u'Unknown']"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": null,
"metadata": {
"collapsed": true
},
"outputs": [],
"source": [
"# http://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.preprocessing.OneHotEncoder.html#sklearn.preprocessing.OneHotEncoder "
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 9,
"metadata": {
"collapsed": true
},
"outputs": [],
"source": [
"from sklearn.preprocessing import OneHotEncoder\n",
"enc = OneHotEncoder() \n",
"\n",
"enc_fit_input = [[options_1.index(x[0]), options_1.index(x[1]), options_2.index(x[2]), options_2.index(x[3])] for x in X]\n",
"enc_fit = enc.fit(enc_fit_input)\n",
"enc_fit_transformed = enc_fit.transform(enc_fit_input).toarray()"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 10,
"metadata": {
"collapsed": true
},
"outputs": [],
"source": [
"enc_fit_transformed = -enc_fit_transformed + 1 # 0,0,1,0 --> 1,1,0,1"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 12,
"metadata": {
"collapsed": false
},
"outputs": [],
"source": [
"from sklearn import tree\n",
"clf = tree.DecisionTreeClassifier()\n",
"clf = clf.fit(enc_fit_transformed, Y)"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 13,
"metadata": {
"collapsed": true
},
"outputs": [],
"source": [
"tree.export_graphviz(clf, 'tree.dot') # RUN: dot -Tpdf tree.dot -o tree.pdf "
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 14,
"metadata": {
"collapsed": true
},
"outputs": [],
"source": [
"prediction = clf.predict(enc_fit_transformed)\n",
"for p, r in zip(prediction, Y):\n",
" assert p==r\n",
" "
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 15,
"metadata": {
"collapsed": true
},
"outputs": [],
"source": [
"def get_code(tree, feature_names):\n",
"\t'''\n",
"\thttp://stackoverflow.com/questions/20224526/how-to-extract-the-decision-rules-from-scikit-learn-decision-tree\n",
"\t'''\n",
"\tleft = tree.tree_.children_left\n",
"\tright = tree.tree_.children_right\n",
"\tthreshold = tree.tree_.threshold\n",
"\tfeatures = [feature_names[i] for i in tree.tree_.feature]\n",
"\tvalue = tree.tree_.value\n",
"\n",
" \tdef recurse(left, right, threshold, features, node):\n",
"\t\tif (threshold[node] != -2):\n",
"\n",
"\t\t\tret_true = '(None)'\n",
"\t\t\tret_else = '(None)'\n",
"\n",
"\t\t\t#print \"if ( \" + features[node] + \" <= \" + str(threshold[node]) + \" ) {\"\n",
"\t\t\tret_if = \"if \" + features[node] \n",
"\t\t\tif left[node] != -1:\n",
"\t\t\t\tret_true = '(' + recurse (left, right, threshold, features,left[node]) + ')'\n",
"\t\t\t\t#print \" else \"\n",
"\t\t\tif right[node] != -1:\n",
"\t\t\t\tret_else = '(' + recurse (left, right, threshold, features,right[node]) + ')'\n",
"\n",
"\t\t\treturn ret_true + ' ' + ret_if + ' else ' + ret_else\n",
"\n",
"\t\telse:\n",
"\t\t\t#print \"return \" + str(value[node])\n",
"\t\t\t#print \"return %i\" % map(lambda x : x>0, value[node][0]).index(True)\n",
"\t\t\tto_ret = str(map(lambda x : x>0, value[node][0]).index(True)) \n",
"\t\t\treturn to_ret\n",
"\n",
"\treturn 'lambda x : ' + recurse(left, right, threshold, features, 0)\n"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 16,
"metadata": {
"collapsed": true
},
"outputs": [],
"source": [
"l = get_code(clf, ['x[0]==\"%s\"' % x for x in options_1] + ['x[1]==\"%s\"' % x for x in options_1] + ['x[2]==\"%s\"' % x for x in options_2] + ['x[3]==\"%s\"' % x for x in options_2])"
]
},
{
"cell_type": "code",
"execution_count": 17,
"metadata": {
"collapsed": false
},
"outputs": [
{
"name": "stdout",
"output_type": "stream",
"text": [
"lambda x : (((22) if x[3]==\"Unknown\" else (((19) if x[3]==\"*27\" else ((19) if x[3]==\"*49\" else ((19) if x[3]==\"*2xN\" else ((19) if x[3]==\"*45\" else ((19) if x[3]==\"*59\" else ((19) if x[3]==\"*46\" else ((19) if x[3]==\"*72\" else ((19) if x[3]==\"*41x2\" else ((19) if x[3]==\"*29\" else ((19) if x[3]==\"*50\" else ((19) if x[3]==\"*53\" else ((19) if x[3]==\"*39\" else ((19) if x[3]==\"*41\" else ((19) if x[3]==\"*35xN\" else ((19) if x[3]==\"*9\" else ((19) if x[3]==\"*48\" else ((19) if x[3]==\"*29x2\" else ((19) if x[3]==\"*54\" else ((19) if x[3]==\"*33\" else ((19) if x[3]==\"*1xN\" else ((19) if x[3]==\"*9x2\" else ((19) if x[3]==\"*2\" else ((19) if x[3]==\"*35\" else ((19) if x[3]==\"*55\" else ((19) if x[3]==\"*45xN\" else ((19) if x[3]==\"*34\" else (23))))))))))))))))))))))))))) if x[2]==\"*1xN\" else (((19) if x[3]==\"*48\" else ((19) if x[3]==\"*33\" else ((19) if x[3]==\"*41\" else ((19) if x[3]==\"*45\" else ((19) if x[3]==\"*35xN\" else ((19) if x[3]==\"*72\" else ((19) if x[3]==\"*59\" else ((19) if x[3]==\"*55\" else ((19) if x[3]==\"*46\" else ((19) if x[3]==\"*34\" else ((19) if x[3]==\"*39\" else ((19) if x[3]==\"*35\" else ((19) if x[3]==\"*53\" else ((19) if x[3]==\"*50\" else ((19) if x[3]==\"*2xN\" else ((19) if x[3]==\"*54\" else ((19) if x[3]==\"*49\" else ((19) if x[3]==\"*9x2\" else ((19) if x[3]==\"*41x2\" else ((19) if x[3]==\"*45xN\" else ((19) if x[3]==\"*9\" else (23)))))))))))))))))))))) if x[2]==\"*2xN\" else (((19) if x[3]==\"*9x2\" else ((19) if x[3]==\"*72\" else ((19) if x[3]==\"*50\" else ((19) if x[3]==\"*55\" else ((19) if x[3]==\"*45\" else ((19) if x[3]==\"*46\" else ((19) if x[3]==\"*45xN\" else ((19) if x[3]==\"*35xN\" else ((19) if x[3]==\"*54\" else ((19) if x[3]==\"*39\" else ((19) if x[3]==\"*41\" else ((19) if x[3]==\"*48\" else ((19) if x[3]==\"*49\" else ((19) if x[3]==\"*41x2\" else ((19) if x[3]==\"*53\" else ((19) if x[3]==\"*59\" else ((19) if x[3]==\"*9\" else (23)))))))))))))))))) if x[2]==\"*35xN\" else (((19) if x[2]==\"*41\" else ((19) if x[2]==\"*10x2\" else ((19) if x[2]==\"*27\" else ((19) if x[2]==\"*29x2\" else ((19) if x[2]==\"*29\" else ((19) if x[2]==\"*34\" else ((19) if x[2]==\"*1\" else ((19) if x[2]==\"*33\" else ((19) if x[2]==\"*35\" else ((19) if x[2]==\"*45xN\" else ((19) if x[2]==\"*41x2\" else ((19) if x[2]==\"*17\" else ((19) if x[2]==\"*17x2\" else ((19) if x[2]==\"*10\" else ((19) if x[2]==\"*2\" else ((19) if x[2]==\"*14B\" else ((19) if x[2]==\"*39\" else ((19) if x[2]==\"*45\" else (23))))))))))))))))))) if x[3]==\"*45xN\" else (((19) if x[2]==\"*45xN\" else (18)) if x[3]==\"*9x2\" else (((19) if x[3]==\"*2xN\" else ((19) if x[3]==\"*1xN\" else ((19) if x[3]==\"*35xN\" else (18)))) if x[2]==\"*1\" else (((19) if x[3]==\"*35xN\" else ((19) if x[3]==\"*2xN\" else ((19) if x[3]==\"*1xN\" else (18)))) if x[2]==\"*10x2\" else (((19) if x[3]==\"*35xN\" else ((19) if x[3]==\"*2xN\" else ((19) if x[3]==\"*1xN\" else (18)))) if x[2]==\"*17x2\" else (((19) if x[3]==\"*35xN\" else ((19) if x[3]==\"*2xN\" else (18))) if x[2]==\"*2\" else (((19) if x[3]==\"*2xN\" else ((19) if x[3]==\"*35xN\" else (18))) if x[2]==\"*27\" else (((19) if x[3]==\"*2xN\" else ((19) if x[3]==\"*35xN\" else (18))) if x[2]==\"*29x2\" else (((19) if x[2]==\"*45xN\" else (18)) if x[3]==\"*53\" else (((19) if x[3]==\"*35xN\" else (18)) if x[2]==\"*33\" else (((19) if x[3]==\"*35xN\" else (18)) if x[2]==\"*34\" else (((19) if x[3]==\"*35xN\" else (18)) if x[2]==\"*35\" else ((18) if x[2]==\"*39\" else (((19) if x[2]==\"*45xN\" else (18)) if x[3]==\"*48\" else (((19) if x[2]==\"*45xN\" else (18)) if x[3]==\"*46\" else ((18) if x[3]==\"*45\" else ((18) if x[2]==\"*41x2\" else ((18) if x[3]==\"*41x2\" else ((18) if x[2]==\"*45\" else ((18) if x[2]==\"*46\" else (((19) if x[3]==\"*2xN\" else ((19) if x[3]==\"*1xN\" else ((19) if x[3]==\"*35xN\" else ((18) if x[3]==\"*55\" else ((18) if x[3]==\"*29x2\" else ((18) if x[3]==\"*34\" else ((18) if x[3]==\"*17x2\" 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((18) if x[2]==\"*50\" else ((18) if x[2]==\"*17\" else ((18) if x[2]==\"*55\" else ((18) if x[2]==\"*49\" else ((18) if x[2]==\"*29\" else ((18) if x[2]==\"*14B\" else ((18) if x[2]==\"*72\" else ((18) if x[2]==\"*41\" else ((18) if x[2]==\"*53\" else ((18) if x[2]==\"*54\" else ((18) if x[2]==\"*59\" else (20))))))))))))) if x[3]==\"*72\" else (((19) if x[3]==\"*2xN\" else ((19) if x[3]==\"*35xN\" else ((19) if x[3]==\"*1xN\" else ((18) if x[3]==\"*59\" else ((18) if x[3]==\"*17\" else ((18) if x[3]==\"*27\" else ((18) if x[3]==\"*35\" else ((18) if x[3]==\"*34\" else ((18) if x[3]==\"*41\" else ((18) if x[3]==\"*49\" else ((18) if x[3]==\"*29x2\" else ((18) if x[3]==\"*2\" else ((18) if x[3]==\"*39\" else ((18) if x[3]==\"*29\" else ((18) if x[3]==\"*14B\" else ((18) if x[3]==\"*54\" else ((18) if x[3]==\"*50\" else ((18) if x[3]==\"*17x2\" else ((18) if x[3]==\"*55\" else ((18) if x[3]==\"*33\" else (20))))))))))))))))))))) if x[2]==\"*14B\" else (((19) if x[3]==\"*1xN\" else ((19) 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x[3]==\"*35\" else ((18) if x[3]==\"*41\" else ((18) if x[3]==\"*54\" else ((18) if x[3]==\"*33\" else ((18) if x[3]==\"*34\" else ((18) if x[3]==\"*39\" else ((18) if x[3]==\"*29x2\" else ((18) if x[3]==\"*29\" else (20)))))))))))))) if x[2]==\"*29\" else (((19) if x[2]==\"*45xN\" else ((18) if x[2]==\"*50\" else ((18) if x[2]==\"*54\" else ((18) if x[2]==\"*53\" else ((18) if x[2]==\"*41\" else ((18) if x[2]==\"*49\" else (20))))))) if x[3]==\"*54\" else (((19) if x[2]==\"*45xN\" else ((18) if x[2]==\"*53\" else ((18) if x[2]==\"*55\" else ((18) if x[2]==\"*50\" else ((18) if x[2]==\"*54\" else ((18) if x[2]==\"*41\" else ((18) if x[2]==\"*49\" else (20)))))))) if x[3]==\"*55\" else (((19) if x[2]==\"*45xN\" else ((18) if x[2]==\"*49\" else ((18) if x[2]==\"*50\" else ((18) if x[2]==\"*41\" else (20))))) if x[3]==\"*50\" else (((19) if x[2]==\"*45xN\" else ((18) if x[2]==\"*41\" else ((18) if x[2]==\"*49\" else (20)))) if x[3]==\"*49\" else (((18) if x[2]==\"*41\" else (20)) if 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