Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

Avatar

Alexandros Kanterakis kantale

View GitHub Profile
@kantale
kantale / chi2.py
Created May 25, 2021
Basic chi2 statistical test with python
View chi2.py
import random
class StatisticalTest:
def __init__(self,
D_M, D_NM, H_M, H_NM
):
self.D_M = D_M
self.D_NM = D_NM
self.H_M = H_M
@kantale
kantale / themata.md
Last active May 31, 2021
Θέματα τελικής εξέτασης ΒΙΟΛ-494, Πανεπιστήμιο Κρήτης . 24 Μαΐου 2021
View themata.md

Λίστα με θέματα για τη τελική εξέταση του μαθήματος ΒΙΟΛ-494, "Εισαγωγή στον προγραμματισμό", Τμήμα Βιολογίας, Πανεπιστήμιο Κρήτης. 24 Μαΐου 2021.

Διδάσκοντας: Αλέξανδρος Καντεράκης

Άσκηση 1

Φτιάξτε μία συνάρτηση η οποία θα παίρνει σαν παράμετρο έναν αριθμό. Η συνάρτηση θα υπολογίζει την απόσταση του αριθμού της παραμέτρου από το 0 και το 10. Η συνάρτηση θα επιστρέφει:

  • 0 Αν ο αριθμός της παραμέτρου είναι πιο κοντά στο 0 από ότι στο 10.
  • 10 Αν ο αριθμός της παραμέτρου είναι πιο κοντά στο 10 από ότι στο 0 ή η απόσταση είναι ίδια.

Σημείωση 1: η απόσταση μεταξύ δύο αριθμών a και b είναι abs(a-b).

View HGVS regular expression
How to reproduce:
```bash
pip3 install mavehgvs
```
```python
from mavehgvs.patterns.combined import any_variant
print (any_variant)
```
@kantale
kantale / do.py
Last active Jul 17, 2020
Create random VCXF file from 1000 Genomes Project
View do.py
import random
import re
import gzip
import glob
def get_chr(x):
return int(re.search(r'chr([\d]+)', x).group(1))
def fil(lg):
@kantale
kantale / Dockerfile
Last active Mar 23, 2020
netdata + nginx as proxy
View Dockerfile
FROM ubuntu:16.04
RUN apt-get update && \
apt-get install -y uuid-dev zlib1g-dev gcc make autoconf automake pkg-config libtool libpcre3-dev wget && \
wget -O "libuv-v1.35.0.tar.gz" https://github.com/libuv/libuv/archive/v1.35.0.tar.gz && \
tar zxvf libuv-v1.35.0.tar.gz && \
mkdir -p /libuv-build && \
(cd libuv-1.35.0/; sh autogen.sh; ./configure --prefix=/libuv-build; make; make install)
RUN mkdir -p /netdata-build && \
@kantale
kantale / lesson_1.ipynb
Created Oct 17, 2019
Μάθημα python 17 Οκτωβρίου 2019
View lesson_1.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
@kantale
kantale / notes.md
Last active Oct 17, 2019
Προγραμματισμός με τη γλώσσα python 2019-2020
View notes.md

Επικοινωνία

Πρόγραμμα

  • Week 1: Εισαγωγή στη python, γιατί python; anaconda installation, περιβάλλον ανάπτυξης jupyter, markdown, social coding, primitive data types and operations, strings, boolean logic, slicing
  • Week 2: Lists, tuples, for, while, if_then_else, continue, break. Whitespaces for indentation
  • Week 3: List comprehensions
  • Week 4: functions, variable scope, map/reduce, functional programming, recursive functions
  • Week 5: Dictionaries, complex data types, dictionary comprehensions, sets, set comprehensions
  • Week 6: Sorting, Counting, Filtering, lambda functions, generators, generator comprehensions
@kantale
kantale / lesson_1.ipynb
Created Oct 17, 2019
First lesson in python
View lesson_1.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
@kantale
kantale / scripts.md
Last active Jul 20, 2019
Useful scripts for installing tools
View scripts.md

hapgen2 2.1.2

Install

wget https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/hapgen/download/builds/macosx_intel/v2.1.2/hapgen2_macosx_intel.tar.gz
tar zxvf hapgen2_macosx_intel.tar.gz

validate

@kantale
kantale / notes.md
Last active Jun 15, 2019
TEI_assignments_notes
View notes.md

This is a list of common mistakes and bad practices seen in assignments submitted for the Bioinformatics lesson.

Note 1

Prefer using with instead of open/close

https://www.pythonforbeginners.com/files/reading-and-writing-files-in-python

One bonus of using this method is that any files opened will be closed automatically after you are done. This leaves less to worry about during cleanup.

Avoid: