Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

Avatar

Alexandros Kanterakis kantale

View GitHub Profile
View aaa.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
View HLA-LA.pl
#!/usr/bin/env perl
# ./inferHLATypes.pl --BAM /gpfs1/well/gsk_hla/bam_output/AA02O9Q_Z2.bam --graph PRG_MHC_GRCh38_withIMGT --sampleID NA12878Direct
use warnings;
use strict;
use FindBin;
use File::Spec;
use Getopt::Long;
use Data::Dumper;
@kantale
kantale / workflow_dag.json
Created Nov 30, 2021
workflow_dag (with environments)
View workflow_dag.json
{
"environment_variables": {
"OBC_WORKFLOW_NAME": "my_fab_wf",
"OBC_WORKFLOW_EDIT": "1",
"OBC_NICE_ID": "my_fab_wf__1",
"OBC_RANDOM_NICE_ID": "v29sj",
"OBC_SERVER": "http://0.0.0.0:8200/platform"
},
"steps": {
"INIT_STEP": {
View workflow_dag.json
{
"environment_variables": {
"OBC_WORKFLOW_NAME": "my_fab_wf",
"OBC_WORKFLOW_EDIT": "2",
"OBC_NICE_ID": "my_fab_wf__2",
"OBC_RANDOM_NICE_ID": "TSgb2",
"OBC_SERVER": "http://0.0.0.0:8200/platform"
},
"steps": {
"INIT_STEP": {
@kantale
kantale / chi2.py
Created May 25, 2021
Basic chi2 statistical test with python
View chi2.py
import random
class StatisticalTest:
def __init__(self,
D_M, D_NM, H_M, H_NM
):
self.D_M = D_M
self.D_NM = D_NM
self.H_M = H_M
@kantale
kantale / themata.md
Last active May 31, 2021
Θέματα τελικής εξέτασης ΒΙΟΛ-494, Πανεπιστήμιο Κρήτης . 24 Μαΐου 2021
View themata.md

Λίστα με θέματα για τη τελική εξέταση του μαθήματος ΒΙΟΛ-494, "Εισαγωγή στον προγραμματισμό", Τμήμα Βιολογίας, Πανεπιστήμιο Κρήτης. 24 Μαΐου 2021.

Διδάσκοντας: Αλέξανδρος Καντεράκης

Άσκηση 1

Φτιάξτε μία συνάρτηση η οποία θα παίρνει σαν παράμετρο έναν αριθμό. Η συνάρτηση θα υπολογίζει την απόσταση του αριθμού της παραμέτρου από το 0 και το 10. Η συνάρτηση θα επιστρέφει:

  • 0 Αν ο αριθμός της παραμέτρου είναι πιο κοντά στο 0 από ότι στο 10.
  • 10 Αν ο αριθμός της παραμέτρου είναι πιο κοντά στο 10 από ότι στο 0 ή η απόσταση είναι ίδια.

Σημείωση 1: η απόσταση μεταξύ δύο αριθμών a και b είναι abs(a-b).

View HGVS regular expression
How to reproduce:
```bash
pip3 install mavehgvs
```
```python
from mavehgvs.patterns.combined import any_variant
print (any_variant)
```
@kantale
kantale / do.py
Last active Jul 17, 2020
Create random VCXF file from 1000 Genomes Project
View do.py
import random
import re
import gzip
import glob
def get_chr(x):
return int(re.search(r'chr([\d]+)', x).group(1))
def fil(lg):
@kantale
kantale / Dockerfile
Last active Mar 23, 2020
netdata + nginx as proxy
View Dockerfile
FROM ubuntu:16.04
RUN apt-get update && \
apt-get install -y uuid-dev zlib1g-dev gcc make autoconf automake pkg-config libtool libpcre3-dev wget && \
wget -O "libuv-v1.35.0.tar.gz" https://github.com/libuv/libuv/archive/v1.35.0.tar.gz && \
tar zxvf libuv-v1.35.0.tar.gz && \
mkdir -p /libuv-build && \
(cd libuv-1.35.0/; sh autogen.sh; ./configure --prefix=/libuv-build; make; make install)
RUN mkdir -p /netdata-build && \
@kantale
kantale / lesson_1.ipynb
Created Oct 17, 2019
Μάθημα python 17 Οκτωβρίου 2019
View lesson_1.ipynb
Sorry, something went wrong. Reload?
Sorry, we cannot display this file.
Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.