Σήμερα υπάρχουν πάρα πολλές βάσεις δεδομένων που περιέχουν πολύτιμη πληροφορία για οποιαδήποτε έννοια της γενετικής. Κλασικά παραδείγματα είναι πληροφορίες για την ακολουθία ενός γονιδίου, τη θέση του στο γονιδιώματα, πόσα exons/introns έχει, κτλ. Η αναζήτηση σε μία τέτοια βάση δεδομένων γίνεται συνήθως με δύο τρόπους. Ο πρώτος είναι να πάμε σε κάποιο site (π.χ. http://www.ensembl.org) και μέσα από τη περιήγησή μας αλλά και τα πεδία που θα δώσουμε σε διάφορες φόρμες να βρούμε τη πληροφορία που θέλουμε. Ο δεύτερος τρόπος είναι να κάνουμε το ίδιο τρόπο προγραμματιστικά. Δηλαδή να φτιάξουμε ένα πρόγραμμα/script το οποίο θα "ρωτάει" μία βάση δεδομένων και θα τυπώνει το αποτέλεσμα.
Είναι προφανές ότι κάθε μέθοδος έχει τα θετικά και τα αρνητικά της. Το να αλληλεπιδρούμε με ένα site είναι αργό (και βαρετό) για επαναλαμβανόμενες ερωτήσεις ενώ ο προγραμματιστικός τρόπος απαιτεί τη γνώση κάποιας γλώσσας προγραμματισμού αλλά και τον τρόπο με τον οποία θα πρέπει να "μιλήσει" το πρόγραμμα με τη βάση.