seurat_cluster.R

seurat_cluster <- function(sce,
                           resolution = 0.8,
                           dims = 1:10,
                           reduction = "mnn",
                           algorithm = 1,
                           return_SCE = TRUE) {

  seu <- as.Seurat(sce, counts = "counts", data = "logcounts")
  seu <- FindNeighbors(seu, dims = dims, reduction = reduction)
  seu <- FindClusters(seu, resolution = resolution, algorithm = algorithm)

  sce2 <- as.SingleCellExperiment(seu)
  sce$seurat_clusters <- sce2$seurat_clusters
  if(return_SCE) {
    return(sce)
  } else {
    return(sce$seurat_clusters)
  }
}