Example of run a R script in Python3

runr.py

import os
import sys
import subprocess
import textwrap
import random

def create_rscript(rscript_path):
    """Rスクリプトファイルの作成
    """
    r_script = textwrap.dedent("""
        # コマンドラインの引数取得
        args1 <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)[0:10]
        args2 <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)[11:20]

        g1 <- as.numeric(args1)
        g2 <- as.numeric(args2)
        cat('g1=\n')
        g1
        summary(g1)
        cat('g2=\n')
        g2
        summary(g2)

        # t検定の結果出力
        t.test(g1, g2, var.equal=TRUE)
        """).strip()

    with open(rscript_path,'w') as f:
        f.write(r_script)

def main():
    # Rスクリプトファイル名
    rscript_path = 'r_script.R'
    
    if not os.path.exists(rscript_path):
        create_rscript(rscript_path)
    else:
        print('{}と同名ファイルが存在します。'.format(rscript_path))
        sys.exit()

    # 平均が異なる正規分布に従う値を10ずつ生成
    # 値は文字列に変換しておく
    g1 = [str(random.normalvariate(0, 1)) for i in range(10)]
    g2 = [str(random.normalvariate(2, 1)) for i in range(10)]

    # --vanilla はRscript実行時に余計なオブジェクト等を読み込まないためのオプション
    cmd = ['Rscript', '--vanilla', rscript_path] + g1 + g2

    try:
        # check_outputでRスクリプトの実行結果を取得
        # 結果はバイト列だが、universal_newlines=Trueとするとエンコードされる
        res = subprocess.check_output(cmd, stderr=subprocess.STDOUT, universal_newlines=True)
    except subprocess.CalledProcessError as e:
        print(e.output)
    else:
        print(res)

    os.remove(rscript_path)

if __name__ == '__main__':
    main()