JavaFXのjarファイルをローカルのMavenレポジトリに追加してみます。
mvn install:install-file -DgroupId=local.oracle -DartifactId=javafxrt -Dversion=x.y.z -Dpackaging=jar -Dfile=/usr/lib/jvm/jdk1.7.0/jre/lib/jfxrt.jar
leiningenのdependenciesに以下を追加すればjfxrt.jarを使えます。
[local.oracle/javafxrt "x.y.z"]