MouseWheelSample.cs

// マウスホイールの回転量（マイナスで下回転、プラスで上回転）
int amount = -3;    // 下に3段階回転させる。

// マウスポインタの左右位置（左端が0）
int x = 100;

// マウスポインタの上下位置（上端が0）
int y = 200;

INPUT input = new INPUT
{
    type = NativeMethods.INPUT_MOUSE,
    ui = new INPUT_UNION
    {
        mouse = new MOUSEINPUT
        {
            dwFlags = NativeMethods.MOUSEEVENTF_WHEEL,
            dx = x,
            dy = y,
            mouseData = amount * 120,   // もっと細かく制御したい場合は、ここでより細かな単位で整数を指定してあげればよい。
            dwExtraInfo = IntPtr.Zero,
            time = 0
        }
    }
};

NativeMethods.SendInput(1, ref input, Marshal.SizeOf(input));