fmpeg_bug.sh

#!/bin/sh

while read f
do
  echo "$f"
  # ffmpeg -loglevel error -i "${f}" -f image2 -vcodec png -r 1 "%03d.png"
  # https://unix.stackexchange.com/a/36411
  ffmpeg -loglevel error -i "${f}" -f image2 -vcodec png -r 1 "%03d.png" </dev/null
done <<EOF
a.mp4
b.mp4
EOF

ffmpeg の実行に </dev/null を加えることで対処できた。