Para detener Jekyll server cuando por alguna razon no se detiene:
$ lsof -wni tcp:4000
$ kill -9 <PID of process>
La proxima vez que use el comando bundle exec jekyll server asegurese de detenerlo con la combinación de teclas Ctrl+C
Update otra alternativa
ps aux |grep jekyll |awk '{print $2}' | xargs kill -9