http://www.biostars.org/p/77828/ Programming Challenge: Divide The Human Genome Among X Cores, Taking Into Account Gaps

biostar77828.bed

##mean:1.3654571119047618E8
##stdev:4692537.603881687 
##cores:21
##generation:2424908
#cores[0]. N=7  size_bp=138582170 bp.
chr16	60000	8636921	8576921	chr16:60000:8636921
chr16	46385801	88389383	42003582	chr16:46385801:88389383
chr16	88439383	90294753	1855370	chr16:88439383:90294753
chr4	10000	1423146	1413146	chr4:10000:1423146
chr6	60000	58087659	58027659	chr6:60000:58087659
chrX	10788674	37098256	26309582	chrX:10788674:37098256
chrY	58967656	59363566	395910	chrY:58967656:59363566
#cores[1]. N=19  size_bp=137663728 bp.
chr1	317719	471368	153649	chr1:317719:471368
chr1	2684220	3845268	1161048	chr1:2684220:3845268
chr10	42596687	46426964	3830277	chr10:42596687:46426964
chr10	49195536	51137410	1941874	chr10:49195536:51137410
chr11	96437584	134946516	38508932	chr11:96437584:134946516
chr12	122580623	132706992	10126369	chr12:122580623:132706992
chr12	132806992	133841895	1034903	chr12:132806992:133841895
chr15	22646193	23514853	868660	chr15:22646193:23514853
chr18	72333353	75721820	3388467	chr18:72333353:75721820
chr22	50414777	51244566	829789	chr22:50414777:51244566
chr7	10000	232484	222484	chr7:10000:232484
chr8	7524649	12091854	4567205	chr8:7524649:12091854
chr8	12141854	43838887	31697033	chr8:12141854:43838887
chr9	40475834	40940341	464507	chr9:40475834:40940341
chr9	68137998	68514181	376183	chr9:68137998:68514181
chrUn_gl000220	0	161802	161802	chrUn_gl000220:0:161802
chrX	60000	94821	34821	chrX:60000:94821
chrX	76703692	113517668	36813976	chrX:76703692:113517668
chrY	22419679	23901428	1481749	chrY:22419679:23901428
#cores[2]. N=17  size_bp=145033050 bp.
chr1	206072707	206332221	259514	chr1:206072707:206332221
chr10	46476964	47429169	952205	chr10:46476964:47429169
chr10	133727527	135524747	1797220	chr10:133727527:135524747
chr11	87738378	96287584	8549206	chr11:87738378:96287584
chr18_gl000207_random	0	4262	4262	chr18_gl000207_random:0:4262
chr20	34947085	61091437	26144352	chr20:34947085:61091437
chr21	9825437	10034920	209483	chr21:9825437:10034920
chr4	59789333	75427379	15638046	chr4:59789333:75427379
chr6	58137659	58780166	642507	chr6:58137659:58780166
chr6	95830543	157559467	61728924	chr6:95830543:157559467
chr7	61967157	74715724	12748567	chr7:61967157:74715724
chr9	40990341	41143214	152873	chr9:40990341:41143214
chr9	139216997	141153431	1936434	chr9:139216997:141153431
chrM	0	16571	16571	chrM:0:16571
chrUn_gl000242	0	43523	43523	chrUn_gl000242:0:43523
chrX	37148256	49242997	12094741	chrX:37148256:49242997
chrX	113567668	115682290	2114622	chrX:113567668:115682290
#cores[3]. N=17  size_bp=131690178 bp.
chr1	13607162	17125658	3518496	chr1:13607162:17125658
chr1	121086695	121485434	398739	chr1:121086695:121485434
chr1	144810724	145833118	1022394	chr1:144810724:145833118
chr15	21885000	22212114	327114	chr15:21885000:22212114
chr19	27731782	59118983	31387201	chr19:27731782:59118983
chr2	110251337	149690582	39439245	chr2:110251337:149690582
chr21_gl000210_random	0	27682	27682	chr21_gl000210_random:0:27682
chr6	157691300	167942073	10250773	chr6:157691300:167942073
chr6	168042073	170279972	2237899	chr6:168042073:170279972
chr8	48135599	86576451	38440852	chr8:48135599:86576451
chr9	40024796	40233029	208233	chr9:40024796:40233029
chr9	44726646	44908293	181647	chr9:44726646:44908293
chr9	92443416	92528796	85380	chr9:92443416:92528796
chr9	133223060	137041193	3818133	chr9:133223060:137041193
chrUn_gl000217	0	172149	172149	chrUn_gl000217:0:172149
chrUn_gl000227	0	128374	128374	chrUn_gl000227:0:128374
chrUn_gl000237	0	45867	45867	chrUn_gl000237:0:45867
#cores[4]. N=10  size_bp=141650722 bp.
chr1	144145783	144224481	78698	chr1:144145783:144224481
chr10	47529169	47792476	263307	chr10:47529169:47792476
chr10	51448845	125869472	74420627	chr10:51448845:125869472
chr15	29209443	82829645	53620202	chr15:29209443:82829645
chr19_gl000208_random	0	92689	92689	chr19_gl000208_random:0:92689
chr4	1478646	8799203	7320557	chr4:1478646:8799203
chr8_gl000197_random	0	37175	37175	chr8_gl000197_random:0:37175
chr9	44958293	45250203	291910	chr9:44958293:45250203
chrUn_gl000229	0	19913	19913	chrUn_gl000229:0:19913
chrX	2118238	7623882	5505644	chrX:2118238:7623882
#cores[5]. N=7  size_bp=134676260 bp.
chr17	25263006	34675848	9412842	chr17:25263006:34675848
chr17_gl000204_random	0	81310	81310	chr17_gl000204_random:0:81310
chr19	20573415	24631782	4058367	chr19:20573415:24631782
chr2	90371525	90545103	173578	chr2:90371525:90545103
chr21	10697896	11188129	490233	chr21:10697896:11188129
chr4	75452279	191044276	115591997	chr4:75452279:191044276
chrY	23951428	28819361	4867933	chrY:23951428:28819361
#cores[6]. N=13  size_bp=132484185 bp.
chr1	17175658	29878082	12702424	chr1:17175658:29878082
chr1	143644525	143771002	126477	chr1:143644525:143771002
chr1	146214650	146253299	38649	chr1:146214650:146253299
chr13	19020000	86760324	67740324	chr13:19020000:86760324
chr18	75771820	78017248	2245428	chr18:75771820:78017248
chr2	5118788	16279724	11160936	chr2:5118788:16279724
chr3	66270270	90504854	24234584	chr3:66270270:90504854
chr8	145432588	146304022	871434	chr8:145432588:146304022
chrUn_gl000233	0	45941	45941	chrUn_gl000233:0:45941
chrY	94821	181384	86563	chrY:94821:181384
chrY	2068238	8914955	6846717	chrY:2068238:8914955
chrY	13104553	13143954	39401	chrY:13104553:13143954
chrY	13798578	20143885	6345307	chrY:13798578:20143885
#cores[7]. N=33  size_bp=130937898 bp.
chr1	30028082	103863906	73835824	chr1:30028082:103863906
chr1	103913906	120697156	16783250	chr1:103913906:120697156
chr1	144274481	144401744	127263	chr1:144274481:144401744
chr1	148176038	148361358	185320	chr1:148176038:148361358
chr1	249058210	249240621	182411	chr1:249058210:249240621
chr11	54694205	69089801	14395596	chr11:54694205:69089801
chr11_gl000202_random	0	40103	40103	chr11_gl000202_random:0:40103
chr12	60000	95739	35739	chr12:60000:95739
chr15	20000000	20894633	894633	chr15:20000000:20894633
chr15	22262114	22596193	334079	chr15:22262114:22596193
chr17_gl000206_random	0	41001	41001	chr17_gl000206_random:0:41001
chr19_gl000209_random	0	159169	159169	chr19_gl000209_random:0:159169
chr21	9645548	9775437	129889	chr21:9645548:9775437
chr21	10365976	10647896	281920	chr21:10365976:10647896
chr6	157609467	157641300	31833	chr6:157609467:157641300
chr7	50410631	58054331	7643700	chr7:50410631:58054331
chr7	61054331	61310513	256182	chr7:61054331:61310513
chr7	130254523	139379377	9124854	chr7:130254523:139379377
chr7	142098195	142276197	178002	chr7:142098195:142276197
chr7_gl000195_random	0	182896	182896	chr7_gl000195_random:0:182896
chr8	142816515	145332588	2516073	chr8:142816515:145332588
chr9	41193214	41365793	172579	chr9:41193214:41365793
chr9	43996569	44676646	680077	chr9:43996569:44676646
chr9	46266430	46461039	194609	chr9:46266430:46461039
chr9	47160133	47317679	157546	chr9:47160133:47317679
chr9	67207834	67366296	158462	chr9:67207834:67366296
chr9	67516296	67987998	471702	chr9:67516296:67987998
chrUn_gl000228	0	129120	129120	chrUn_gl000228:0:129120
chrUn_gl000232	0	40652	40652	chrUn_gl000232:0:40652
chrUn_gl000238	0	39939	39939	chrUn_gl000238:0:39939
chrX	49292997	49974173	681176	chrX:49292997:49974173
chrY	1264234	2018238	754004	chrY:1264234:2018238
chrY	58819361	58917656	98295	chrY:58819361:58917656
#cores[8]. N=9  size_bp=149011394 bp.
chr16	8686921	34023150	25336229	chr16:8686921:34023150
chr17	62460760	77546461	15085701	chr17:62460760:77546461
chr18	52209136	72283353	20074217	chr18:52209136:72283353
chr1_gl000191_random	0	106433	106433	chr1_gl000191_random:0:106433
chr2	149790582	234003741	84213159	chr2:149790582:234003741
chr3	194047251	197962430	3915179	chr3:194047251:197962430
chrUn_gl000218	0	161147	161147	chrUn_gl000218:0:161147
chrUn_gl000230	0	43691	43691	chrUn_gl000230:0:43691
chrX	148956424	149032062	75638	chrX:148956424:149032062
#cores[9]. N=16  size_bp=132077769 bp.
chr1	13319912	13557162	237250	chr1:13319912:13557162
chr1	206482221	223747846	17265625	chr1:206482221:223747846
chr10	60000	17974675	17914675	chr10:60000:17974675
chr13	114425993	114639948	213955	chr13:114425993:114639948
chr17	396626	21566608	21169982	chr17:396626:21566608
chr1_gl000192_random	0	547496	547496	chr1_gl000192_random:0:547496
chr2	10000	3529312	3519312	chr2:10000:3529312
chr2	95326171	110109337	14783166	chr2:95326171:110109337
chr4_gl000193_random	0	189789	189789	chr4_gl000193_random:0:189789
chr5	17580657	46405641	28824984	chr5:17580657:46405641
chr9	65467679	65918360	450681	chr9:65467679:65918360
chr9	66913343	67107834	194491	chr9:66913343:67107834
chr9	70835468	92343416	21507948	chr9:70835468:92343416
chrUn_gl000213	0	164239	164239	chrUn_gl000213:0:164239
chrX	115732290	120013235	4280945	chrX:115732290:120013235
chrY	9291322	10104553	813231	chrY:9291322:10104553
#cores[10]. N=9  size_bp=136570729 bp.
chr17	0	296626	296626	chr17:0:296626
chr2	21178113	87668206	66490093	chr2:21178113:87668206
chr21	14338129	42955559	28617430	chr21:14338129:42955559
chr6	62178589	95680543	33501954	chr6:62178589:95680543
chr7	154370634	159128663	4758029	chr7:154370634:159128663
chr9	45350203	45815521	465318	chr9:45350203:45815521
chrUn_gl000231	0	27386	27386	chrUn_gl000231:0:27386
chrUn_gl000241	0	42152	42152	chrUn_gl000241:0:42152
chrX	50024173	52395914	2371741	chrX:50024173:52395914
#cores[11]. N=5  size_bp=140548523 bp.
chr1	143871002	144095783	224781	chr1:143871002:144095783
chr12	37856694	109373470	71516776	chr12:37856694:109373470
chr5	10000	17530657	17520657	chr5:10000:17530657
chr7	282484	50370631	50088147	chr7:282484:50370631
chr9	41415793	42613955	1198162	chr9:41415793:42613955
#cores[12]. N=6  size_bp=139631632 bp.
chr1	13102998	13219912	116914	chr1:13102998:13219912
chr1	235242211	248908210	13665999	chr1:235242211:248908210
chr10	51187410	51398845	211435	chr10:51187410:51398845
chr4	9324642	31820917	22496275	chr4:9324642:31820917
chr5	91686128	138787073	47100945	chr5:91686128:138787073
chr8	86726451	142766515	56040064	chr8:86726451:142766515
#cores[13]. N=12  size_bp=133438225 bp.
chr1	143117761	143292816	175055	chr1:143117761:143292816
chr13	86910324	112353994	25443670	chr13:86910324:112353994
chr14	19000000	107289540	88289540	chr14:19000000:107289540
chr17	79759049	81195210	1436161	chr17:79759049:81195210
chr4_gl000194_random	0	191469	191469	chr4_gl000194_random:0:191469
chr9	40283029	40425834	142805	chr9:40283029:40425834
chr9	65968360	66192215	223855	chr9:65968360:66192215
chr9	70318729	70506535	187806	chr9:70318729:70506535
chrUn_gl000211	0	166566	166566	chrUn_gl000211:0:166566
chrUn_gl000239	0	33824	33824	chrUn_gl000239:0:33824
chrX	61682012	76653692	14971680	chrX:61682012:76653692
chrY	20193885	22369679	2175794	chrY:20193885:22369679
#cores[14]. N=40  size_bp=131321763 bp.
chr1	10000	177417	167417	chr1:10000:177417
chr1	3995268	13052998	9057730	chr1:3995268:13052998
chr1	120747156	120936695	189539	chr1:120747156:120936695
chr1	142535434	142731022	195588	chr1:142535434:142731022
chr1	142781022	142967761	186739	chr1:142781022:142967761
chr1	143342816	143544525	201709	chr1:143342816:143544525
chr1	144672413	144710724	38311	chr1:144672413:144710724
chr1	149004460	149459645	455185	chr1:149004460:149459645
chr10	42354935	42546687	191752	chr10:42354935:42546687
chr10	47892476	48055707	163231	chr10:47892476:48055707
chr10	125919472	128616069	2696597	chr10:125919472:128616069
chr11	60000	1162759	1102759	chr11:60000:1162759
chr11	69139801	69724695	584894	chr11:69139801:69724695
chr11	69774695	87688378	17913683	chr11:69774695:87688378
chr13	112503994	114325993	1821999	chr13:112503994:114325993
chr15	23564853	29159443	5594590	chr15:23564853:29159443
chr19	60000	7346004	7286004	chr19:60000:7346004
chr2	91595103	92326171	731068	chr2:91595103:92326171
chr2	240809132	243102476	2293344	chr2:240809132:243102476
chr21	43005559	44632664	1627105	chr21:43005559:44632664
chr22	20609431	50364777	29755346	chr22:20609431:50364777
chr4	31837417	32834638	997221	chr4:31837417:32834638
chr4	32840638	40296396	7455758	chr4:32840638:40296396
chr4	40297096	49338941	9041845	chr4:40297096:49338941
chr7	74765724	100556043	25790319	chr7:74765724:100556043
chr9	42663955	43213698	549743	chr9:42663955:43213698
chr9	68664181	68838946	174765	chr9:68664181:68838946
chr9	69328385	70010542	682157	chr9:69328385:70010542
chr9_gl000198_random	0	90085	90085	chr9_gl000198_random:0:90085
chr9_gl000199_random	0	169874	169874	chr9_gl000199_random:0:169874
chrUn_gl000214	0	137718	137718	chrUn_gl000214:0:137718
chrUn_gl000219	0	179198	179198	chrUn_gl000219:0:179198
chrUn_gl000222	0	186861	186861	chrUn_gl000222:0:186861
chrUn_gl000224	0	179693	179693	chrUn_gl000224:0:179693
chrUn_gl000236	0	41934	41934	chrUn_gl000236:0:41934
chrUn_gl000248	0	39786	39786	chrUn_gl000248:0:39786
chrUn_gl000249	0	38502	38502	chrUn_gl000249:0:38502
chrX	1097557	1134113	36556	chrX:1097557:1134113
chrX	1184113	1264234	80121	chrX:1184113:1264234
chrX	149082062	152277099	3195037	chrX:149082062:152277099
#cores[15]. N=13  size_bp=135599695 bp.
chr1	146303299	148026038	1722739	chr1:146303299:148026038
chr10	18024675	38818835	20794160	chr10:18024675:38818835
chr19	7396004	8687198	1291194	chr19:7396004:8687198
chr2	87718206	89630436	1912230	chr2:87718206:89630436
chr20	29419569	29653908	234339	chr20:29419569:29653908
chr20	61141437	61213369	71932	chr20:61141437:61213369
chr3	93504854	194041961	100537107	chr3:93504854:194041961
chr4	52660117	59739333	7079216	chr4:52660117:59739333
chr6	61880166	62128589	248423	chr6:61880166:62128589
chr6	170329972	171055067	725095	chr6:170329972:171055067
chr9	70556535	70735468	178933	chr9:70556535:70735468
chrUn_gl000246	0	38154	38154	chrUn_gl000246:0:38154
chrX	281384	1047557	766173	chrX:281384:1047557
#cores[16]. N=32  size_bp=133037257 bp.
chr1	148511358	148684147	172789	chr1:148511358:148684147
chr1	223797846	235192211	11394365	chr1:223797846:235192211
chr12	145739	7189876	7044137	chr12:145739:7189876
chr16	34173150	35285801	1112651	chr16:34173150:35285801
chr17	21666608	22263006	596398	chr17:21666608:22263006
chr18	10000	15410898	15400898	chr18:10000:15410898
chr2	3579312	5018788	1439476	chr2:3579312:5018788
chr2	89830436	90321525	491089	chr2:89830436:90321525
chr2	239831978	240784132	952154	chr2:239831978:240784132
chr20	60000	26319569	26259569	chr20:60000:26319569
chr22	16050000	16697850	647850	chr22:16050000:16697850
chr22	16847850	20509431	3661581	chr22:16847850:20509431
chr4	8818203	9274642	456439	chr4:8818203:9274642
chr7	61360513	61460465	99952	chr7:61360513:61460465
chr7	143397897	154270634	10872737	chr7:143397897:154270634
chr8	46838887	48130499	1291612	chr8:46838887:48130499
chr8_gl000196_random	0	38914	38914	chr8_gl000196_random:0:38914
chr9	10000	39663686	39653686	chr9:10000:39663686
chr9	45865521	46216430	350909	chr9:45865521:46216430
chr9	46561039	47060133	499094	chr9:46561039:47060133
chr9	66242215	66404656	162441	chr9:66242215:66404656
chr9	68988946	69278385	289439	chr9:68988946:69278385
chr9_gl000200_random	0	187035	187035	chr9_gl000200_random:0:187035
chrUn_gl000212	0	186858	186858	chrUn_gl000212:0:186858
chrUn_gl000225	0	211173	211173	chrUn_gl000225:0:211173
chrUn_gl000235	0	34474	34474	chrUn_gl000235:0:34474
chrUn_gl000240	0	41933	41933	chrUn_gl000240:0:41933
chrUn_gl000243	0	43341	43341	chrUn_gl000243:0:43341
chrX	1314234	2068238	754004	chrX:1314234:2068238
chrX	7673882	10738674	3064792	chrX:7673882:10738674
chrX	143557324	148906424	5349100	chrX:143557324:148906424
chrY	8964955	9241322	276367	chrY:8964955:9241322
#cores[17]. N=8  size_bp=135217571 bp.
chr1	149509645	205922707	56413062	chr1:149509645:205922707
chr10	133431404	133677527	246123	chr10:133431404:133677527
chr12	109423470	122530623	13107153	chr12:109423470:122530623
chr7	142326197	143347897	1021700	chr7:142326197:143347897
chr9	92678796	133073060	40394264	chr9:92678796:133073060
chrX	120063235	143507324	23444089	chrX:120063235:143507324
chrY	1047557	1084113	36556	chrY:1047557:1084113
chrY	13193954	13748578	554624	chrY:13193954:13748578
#cores[18]. N=18  size_bp=133234925 bp.
chr1	144451744	144622413	170669	chr1:144451744:144622413
chr11	1212759	50783853	49571094	chr11:1212759:50783853
chr13	114739948	115109878	369930	chr13:114739948:115109878
chr19	8737198	20523415	11786217	chr19:8737198:20523415
chr2	234053741	239801978	5748237	chr2:234053741:239801978
chr21	9411193	9595548	184355	chr21:9411193:9595548
chr21	44682664	48119895	3437231	chr21:44682664:48119895
chr5	49405641	91636128	42230487	chr5:49405641:91636128
chr7	61727020	61917157	190137	chr7:61727020:61917157
chr7	139404377	142048195	2643818	chr7:139404377:142048195
chr8	10000	7474649	7464649	chr8:10000:7474649
chr9	70060542	70218729	158187	chr9:70060542:70218729
chr9	137091193	139166997	2075804	chr9:137091193:139166997
chrUn_gl000223	0	180455	180455	chrUn_gl000223:0:180455
chrX	144821	231384	86563	chrX:144821:231384
chrX	52445914	58582012	6136098	chrX:52445914:58582012
chrY	10000	44821	34821	chrY:10000:44821
chrY	231384	997557	766173	chrY:231384:997557
#cores[19]. N=22  size_bp=134508640 bp.
chr1	227417	267719	40302	chr1:227417:267719
chr1	145883118	146164650	281532	chr1:145883118:146164650
chr10	38868835	39154935	286100	chr10:38868835:39154935
chr10	48105707	49095536	989829	chr10:48105707:49095536
chr12	7239876	34856694	27616818	chr12:7239876:34856694
chr15	20935075	21398819	463744	chr15:20935075:21398819
chr15	82879645	84984473	2104828	chr15:82879645:84984473
chr15	85034473	102521392	17486919	chr15:85034473:102521392
chr17	77596461	79709049	2112588	chr17:77596461:79709049
chr17_gl000203_random	0	37498	37498	chr17_gl000203_random:0:37498
chr17_gl000205_random	0	174588	174588	chr17_gl000205_random:0:174588
chr18	18510898	52059136	33548238	chr18:18510898:52059136
chr4	49488941	49660117	171176	chr4:49488941:49660117
chr5	138837073	155138727	16301654	chr5:138837073:155138727
chr7	100606043	130154523	29548480	chr7:100606043:130154523
chr9	66664195	66863343	199148	chr9:66664195:66863343
chr9_gl000201_random	0	36148	36148	chr9_gl000201_random:0:36148
chrUn_gl000226	0	15008	15008	chrUn_gl000226:0:15008
chrUn_gl000234	0	40531	40531	chrUn_gl000234:0:40531
chrUn_gl000244	0	39929	39929	chrUn_gl000244:0:39929
chrX	152327099	155260560	2933461	chrX:152327099:155260560
chrY	1134113	1214234	80121	chrY:1134113:1214234
#cores[20]. N=21  size_bp=140543621 bp.
chr1	521368	2634220	2112852	chr1:521368:2634220
chr1	148734147	148954460	220313	chr1:148734147:148954460
chr10	128766069	133381404	4615335	chr10:128766069:133381404
chr11	51090853	51594205	503352	chr11:51090853:51594205
chr17	34725848	62410760	27684912	chr17:34725848:62410760
chr2	16329724	21153113	4823389	chr2:16329724:21153113
chr2	243152476	243189373	36897	chr2:243152476:243189373
chr20	29803908	34897085	5093177	chr20:29803908:34897085
chr20	61263369	62965520	1702151	chr20:61263369:62965520
chr21	10084920	10215976	131056	chr21:10084920:10215976
chr3	60000	66170270	66110270	chr3:60000:66170270
chr5	155188727	180905260	25716533	chr5:155188727:180905260
chr7	61510465	61677020	166555	chr7:61510465:61677020
chr9	39713686	39974796	261110	chr9:39713686:39974796
chr9	43313698	43946569	632871	chr9:43313698:43946569
chr9	66454656	66614195	159539	chr9:66454656:66614195
chrUn_gl000215	0	172545	172545	chrUn_gl000215:0:172545
chrUn_gl000216	0	172294	172294	chrUn_gl000216:0:172294
chrUn_gl000221	0	155397	155397	chrUn_gl000221:0:155397
chrUn_gl000245	0	36651	36651	chrUn_gl000245:0:36651
chrUn_gl000247	0	36422	36422	chrUn_gl000247:0:36422