ザックリ言うと、mxp 形式は古くからある形式で、古い Extension Manager でも扱える形式です。mxp 形式から拡張されたものがzxp 形式で、zxp 形式は Extension Manager CS5 から使えます。
一番の差異は、zxp 形式をインストールしておくと、Extension Manager を立ち上げた際、拡張機能のアップデートを確認できるようになっています。（アップデートを確認するよう、拡張機能をパッケージングする時に設定していれば、ですが）
ということで、基本的に CS5 以上の方は zxp 形式、それ未満の方は mxp 形式をお使いになるのが良いと思います。（ CS5 以上 CS6 以下はどちらでも使えますが、CC から zxp 形式のみとなりました）