TesteStringInteger.java

public class TesteStringInteger {

	public static void main(String[] args) {
		
		String numeroDoArquivo = "99 ";
		//numeroDoArquivo = numeroDoArquivo.trim(); //remove espaços das extremidades
		numeroDoArquivo = numeroDoArquivo.replaceAll(" ", ""); //remove todos os espaços
		
		long numero = Long.parseLong(numeroDoArquivo);
		
		System.out.println(numero);
		
		String[] dados = {"abc", "def", "99 "};
		
		numero = Long.parseLong(dados[2].replaceAll(" ", ""));

		System.out.println(numero);

	}

}