IMPORTANTE! Antes de executar essas ações, garanta que seu trabalho já tenha sido enviado para o servidor.
Remove a pasta .git
rm -rf .git
Reinicia o git
git init
Adiciona o link do repositório novamente
git remote add origin [url do repositório]
Faz o download e atualiza os objetos e referências
git fetch --prune origin
Efetua um hard reset para branch master
git reset --hard origin/master
Remove pastas vazias dentro do projeto
git clean -f -d