Iterando em uma matriz de duas dimensões, em apenas uma iteração.

gistfile1.java

public static void matriz() {
  int [][] vetor = new int[5][5];
  int tamanhoVetor = vetor.length;
  int tamanhoSubVetor = vetor[1].length;
  int tamanho = tamanhoVetor * tamanhoSubVetor;
  
  for(int i = 0; i < tamanho; i++) {
    int indiceDoSubvetor = i % tamanhoVetor;
    int indiceDoVetor = (i - indiceDoSubvetor) / tamanhoSubVetor;
    System.out.println("Vetor: " + indiceDoVetor + " Subvetor: " + indiceDoSubvetor);
    vetor[indiceDoVetor][indiceDoSubvetor] = i;
  }
  
  for(int i = 0; i < tamanho; i++) {
    int indiceDoSubvetor = i % tamanhoSubVetor;
    int indiceDoVetor = (i - indiceDoSubvetor) / tamanhoVetor;
    System.out.println(vetor[indiceDoVetor][indiceDoSubvetor]);
  }
}