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@maelle

maelle/java.R

Created July 25, 2018 07:15
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Tell me which R packages have a Java dependency https://twitter.com/mattmoehr/status/1021979537905790982
Raw
java.R
``` r
cran_db <- tools::CRAN_package_db()
cran_db <- cran_db[, c("Package", "SystemRequirements",
"Imports", "Depends", "Suggests")]
java <- dplyr::filter(cran_db,
stringr::str_detect(Imports, "rJava") |
stringr::str_detect(Imports, "rJava") |
stringr::str_detect(Depends, "rJava")|
stringr::str_detect(SystemRequirements, "[Jj]ava"))
nrow(java)
#> [1] 138
java
#> Package
#> 1 AntAngioCOOL
#> 2 arulesNBMiner
#> 3 asymmetry
#> 4 AWR
#> 5 AWR.Athena
#> 6 AWR.Kinesis
#> 7 AWR.KMS
#> 8 awsjavasdk
#> 9 BACA
#> 10 bartMachine
#> 11 bartMachineJARs
#> 12 BASiNET
#> 13 BEACH
#> 14 bfw
#> 15 BiBitR
#> 16 blkbox
#> 17 boilerpipeR
#> 18 CADStat
#> 19 causalMGM
#> 20 ChoR
#> 21 cleanNLP
#> 22 CollapsABEL
#> 23 collUtils
#> 24 CommonJavaJars
#> 25 corehunter
#> 26 coreNLP
#> 27 Crossover
#> 28 cycleRtools
#> 29 DatabaseConnector
#> 30 DatabaseConnectorJars
#> 31 DecorateR
#> 32 Deducer
#> 33 DeducerExtras
#> 34 DeducerSpatial
#> 35 DeducerText
#> 36 deisotoper
#> 37 edeR
#> 38 ENMeval
#> 39 expands
#> 40 extraTrees
#> 41 fsdaR
#> 42 G2Sd
#> 43 glmulti
#> 44 gMCP
#> 45 GreedyExperimentalDesign
#> 46 GreedyExperimentalDesignJARs
#> 47 GREP2
#> 48 h2o
#> 49 helloJavaWorld
#> 50 hive
#> 51 InSilicoVA
#> 52 iplots
#> 53 ISM
#> 54 jdx
#> 55 JGR
#> 56 joinXL
#> 57 jsr223
#> 58 KoNLP
#> 59 LeafArea
#> 60 llama
#> 61 mailR
#> 62 mallet
#> 63 matchingMarkets
#> 64 mdendro
#> 65 MIAmaxent
#> 66 mleap
#> 67 MSIseq
#> 68 mutossGUI
#> 69 mwa
#> 70 Myrrix
#> 71 Myrrixjars
#> 72 NoiseFiltersR
#> 73 openNLP
#> 74 openNLPdata
#> 75 OpenStreetMap
#> 76 osmose
#> 77 pathfindR
#> 78 PortfolioEffectEstim
#> 79 PortfolioEffectHFT
#> 80 prcbench
#> 81 qCBA
#> 82 rapidraker
#> 83 Rbgs
#> 84 rCBA
#> 85 rcdk
#> 86 rcdklibs
#> 87 rChoiceDialogs
#> 88 Rdrools
#> 89 Rdroolsjars
#> 90 REPPlab
#> 91 RFreak
#> 92 rGroovy
#> 93 RH2
#> 94 rJava
#> 95 RJDBC
#> 96 rJPSGCS
#> 97 RJSDMX
#> 98 rJython
#> 99 rkafka
#> 100 rkafkajars
#> 101 RKEA
#> 102 RKEAjars
#> 103 RKEEL
#> 104 rmcfs
#> 105 RMOA
#> 106 RMOAjars
#> 107 RMongo
#> 108 rMouse
#> 109 RNCBIEUtilsLibs
#> 110 RNetLogo
#> 111 RQDA
#> 112 rrepast
#> 113 rsparkling
#> 114 rsubgroup
#> 115 rtika
#> 116 RWeka
#> 117 RWekajars
#> 118 RxnSim
#> 119 SBRect
#> 120 scagnostics
#> 121 sjdbc
#> 122 slowraker
#> 123 spcosa
#> 124 SqlRender
#> 125 streamMOA
#> 126 subspace
#> 127 subspaceMOA
#> 128 tabulizer
#> 129 tabulizerjars
#> 130 textmining
#> 131 TSsdmx
#> 132 venneuler
#> 133 WebGestaltR
#> 134 wordnet
#> 135 XLConnect
#> 136 XLConnectJars
#> 137 xlsx
#> 138 xlsxjars
#> SystemRequirements
#> 1 <NA>
#> 2 Java (>= 5.0)
#> 3 Java JDK 1.2 or higher (for JRI/REngine JDK 1.4 or\nhigher), GNU make
#> 4 <NA>
#> 5 <NA>
#> 6 <NA>
#> 7 <NA>
#> 8 <NA>
#> 9 <NA>
#> 10 Java (>= 7.0)
#> 11 Java (>= 7.0)
#> 12 <NA>
#> 13 <NA>
#> 14 JAGS >=4.3.0 <http://mcmc-jags.sourceforge.net/>,\nJava JDK >=1.4 <https://www.java.com/en/download/manual.jsp>
#> 15 Java
#> 16 <NA>
#> 17 <NA>
#> 18 <NA>
#> 19 Java (>= 1.7), JRI
#> 20 Java (>= 8)
#> 21 Python (>= 2.7.0); spaCy <https://spacy.io/> (>=\n2.0); Java (>= 7.0); Stanford CoreNLP\n<http://nlp.stanford.edu/software/corenlp.shtml> (>= 3.7.0)
#> 22 PLINK2, Java (>= 8.0), mysql
#> 23 Java (>= 1.6)
#> 24 Java (>= 5.0)
#> 25 Java JRE 8 or higher
#> 26 Java (>= 7.0); Stanford CoreNLP\n<http://nlp.stanford.edu/ software/corenlp.shtml> (>= 3.5.2)
#> 27 Java (>= 5.0)
#> 28 Java (>= 1.5)
#> 29 <NA>
#> 30 <NA>
#> 31 <NA>
#> 32 Java (>= 1.4), JRI
#> 33 <NA>
#> 34 Java (>= 1.5), JRI
#> 35 Java (>= 1.5), JRI
#> 36 Java JDK 1.8 or higher, GNU make
#> 37 Java Runtime Environment
#> 38 <NA>
#> 39 Java (>= 5.0)
#> 40 Java (>= 1.6)
#> 41 MATLAB
#> 42 <NA>
#> 43 Java (>= 5.0)
#> 44 Java (>= 5.0)
#> 45 Java (>= 7.0)
#> 46 Java (>= 7.0)
#> 47 SRAtoolkit, Salmon, Java, FastQC, MultiQC
#> 48 Java (>= 7)
#> 49 Java (>= 1.5)
#> 50 Apache Hadoop >= 2.6.0\n(https://hadoop.apache.org/releases.html#Download); Obsolete:\nHadoop core >= 0.19.1 and <= 1.0.3 or CDH3\n(http://www.cloudera.com); standard unix tools (e.g., chmod)
#> 51 <NA>
#> 52 <NA>
#> 53 <NA>
#> 54 Java Runtime Environment (>= 8)
#> 55 Java JDK 1.4 or higher
#> 56 <NA>
#> 57 Java Runtime Environment (>= 8)
#> 58 Java (>= 1.6)
#> 59 ImageJ (>=1.48), ij.jar (see\nhttp://imagej.nih.gov/ij/), Java (>=1.6.0)
#> 60 <NA>
#> 61 Java
#> 62 java
#> 63 Java, C++11
#> 64 Java (>= 6)
#> 65 Maxent.jar software, Java Runtime Environment (JRE)
#> 66 Apache Spark 2.0+, Apache Maven 3.5+, Java JDK 8,\nMLeap Runtime 0.10.1+
#> 67 Java
#> 68 Java (>= 5.0)
#> 69 Java (>= 6.0)
#> 70 Java (>= 5.0)
#> 71 Java (>= 5.0)
#> 72 <NA>
#> 73 Java (>= 5.0)
#> 74 Java (>= 5.0)
#> 75 Java (>= 1.5), JRI
#> 76 Java (>= 8)
#> 77 Java JVM 1.8
#> 78 Java (>= 1.7)
#> 79 Java (>= 1.7)
#> 80 <NA>
#> 81 Java (>= 8)
#> 82 Java (>= 7.0)
#> 83 Java JRE 1.6 or higher ; Xuggle-xuggler-5.4.jar in\nlibrary paths and class paths.
#> 84 Java (>= 8)
#> 85 Java JDK 8 or higher
#> 86 <NA>
#> 87 <NA>
#> 88 Java (>= 7.0)
#> 89 Java (>= 7.0)
#> 90 <NA>
#> 91 Java (>= 5.0)
#> 92 Java (>= 7)
#> 93 java runtime
#> 94 Java JDK 1.2 or higher (for JRI/REngine JDK 1.4 or\nhigher), GNU make
#> 95 <NA>
#> 96 Java (>= 8), zlib headers and library.
#> 97 Java (>= 6)
#> 98 Java
#> 99 Oracle Java 7,Apache Kafka 2.8.0-0.8.1.1
#> 100 Oracle Java 7
#> 101 Java (>= 5.0)
#> 102 Java (>= 5.0)
#> 103 Java (>= 8)
#> 104 Java (>= 6)
#> 105 Java (>= 5.0)
#> 106 Java (>= 5.0)
#> 107 Java (>= 1.6), MongoDB (>= 1.6)
#> 108 Java >= 7
#> 109 Java
#> 110 Java (>= 8.0), NetLogo (>= 6.0)
#> 111 Java (>= 6) for rjpod
#> 112 <NA>
#> 113 Java (>6)
#> 114 Java (>= 6.0)
#> 115 Java (>=8)
#> 116 Java (>= 8)
#> 117 Java (>= 8)
#> 118 <NA>
#> 119 java
#> 120 <NA>
#> 121 <NA>
#> 122 Java (>= 5.0)
#> 123 Java (>= 6)
#> 124 <NA>
#> 125 Java (>= 5.0)
#> 126 Java (>= 6)
#> 127 <NA>
#> 128 Java (>= 7.0)
#> 129 Java (>= 7.0)
#> 130 <NA>
#> 131 <NA>
#> 132 <NA>
#> 133 Java, Python
#> 134 Java (>= 5.0); WordNet database files (direct\ndownload:\n<http://wordnetcode.princeton.edu/3.0/WNdb-3.0.tar.gz>; Debian\nand Fedora package: wordnet)
#> 135 Java (>= 6)
#> 136 Java (>= 6)
#> 137 java (>= 1.6)
#> 138 <NA>
#> Imports
#> 1 <NA>
#> 2 methods, stats, graphics
#> 3 rJava, gplots, stats, methods, smacof
#> 4 rJava, utils
#> 5 methods, RJDBC, rJava
#> 6 AWR, futile.logger, jsonlite, rJava
#> 7 AWR, rJava, jsonlite
#> 8 utils, rJava, R.utils, assertthat, rappdirs
#> 9 RDAVIDWebService, ggplot2, rJava
#> 10 graphics, grDevices, stats
#> 11 <NA>
#> 12 igraph, Biostrings, RWeka, randomForest, rmcfs, grDevices,\ngraphics, stats, rJava
#> 13 shiny (>= 0.12.2), DT (>= 0.1), haven (>= 0.1.1), xtable (>=\n1.7-4), rtf (>= 0.4-11), plyr (>= 1.8.2), sas7bdat (>= 0.5),\nWriteXLS (>= 3.5.1), readxl (>= 0.1.1), rJava(>= 0.9-6),\ndevtools (>= 1.9)
#> 14 coda (>= 0.19-1), MASS (>= 7.3-47), rJava (>= 0.9-9), runjags\n(>= 2.0.4-2)
#> 15 stats,foreign,methods,utils,viridis,cluster,dendextend,lattice,grDevices,graphics,randomcoloR,biclust
#> 16 dplyr, plyr, tidyr, magrittr, caret, ggplot2, glmnet,\nbartMachine, reshape2, randomForest, kknn, pamr, nnet, party,\nrJava, e1071, pROC, stringr, xgboost, parallel, knitr,\nrmarkdown, shiny, shinyjs, reshape, gtools, tibble
#> 17 rJava
#> 18 rJava, XML, lattice, bio.infer, gdata, gmodels, quantreg,\nrpart, JavaGD, car, MASS,
#> 19 <NA>
#> 20 rJava (>= 0.9.9), commonsMath, stats
#> 21 dplyr (>= 0.7.4), Matrix (>= 1.2), stringi, stats, methods,\nutils
#> 22 R.utils, RSQLite, biganalytics, bigmemory, collUtils, dplyr,\nggplot2, methods, stringr, stats, haplo.stats
#> 23 <NA>
#> 24 <NA>
#> 25 naturalsort (>= 0.1.2), methods
#> 26 rJava, XML
#> 27 MASS, crossdes (>= 1.1-1), xtable, methods, Matrix, multcomp,\nstats4, digest
#> 28 Rcpp, xml2, stats, graphics, grDevices, utils
#> 29 DatabaseConnectorJars, rJava, bit, ff, ffbase (>= 0.12.1),\nSqlRender, methods, utils, DBI (>= 1.0.0), urltools
#> 30 rJava
#> 31 RWeka, RWekajars, rJava, stats
#> 32 rJava, e1071, scales, plyr, foreign, multcomp, effects
#> 33 rJava
#> 34 UScensus2010, Hmisc
#> 35 SnowballC
#> 36 <NA>
#> 37 <NA>
#> 38 doParallel, foreach, utils, graphics, stats, grDevices, raster
#> 39 flexclust, plyr, RColorBrewer, gplots, NbClust, moments (>=\n0.13), rJava (>= 0.5-0), flexmix (>= 2.3), matlab (>= 0.8.9),\nape (>= 3.2), commonsMath (>= 1.1), parallel
#> 40 <NA>
#> 41 rJava, methods, stats4
#> 42 shiny, xlsx, rJava, xlsxjars, reshape2, ggplot2, stats,\ngraphics, grDevices
#> 43 <NA>
#> 44 MASS, PolynomF, multcomp (>= 1.1), mvtnorm, Matrix,\nCommonJavaJars (>= 1.0.5), rJava (>= 0.6-3), JavaGD, xlsxjars\n(>= 0.6.1), stats4
#> 45 graphics, grDevices, stats
#> 46 <NA>
#> 47 XML, rentrez, RCurl, GEOquery, Biobase, parallel, tximport,\nEnsDb.Hsapiens.v86, EnsDb.Rnorvegicus.v79, EnsDb.Mmusculus.v79,\nAnnotationDbi, org.Hs.eg.db, org.Mm.eg.db, org.Rn.eg.db,\nGenomicFeatures, utils
#> 48 graphics, tools, utils, RCurl, jsonlite
#> 49 <NA>
#> 50 methods, rJava (>= 0.9-3), tools, XML
#> 51 <NA>
#> 52 grDevices, png
#> 53 <NA>
#> 54 rJava (>= 0.9-8), utils (>= 3.3.0)
#> 55 <NA>
#> 56 readxl (>= 0.1.1), openxlsx (>= 3.0.0), timeSeries (>=\n3022.101.2), data.table (>= 1.9.6), rChoiceDialogs(>= 1.0.6),\nR.utils(>= 2.3.0), rJava (>= 0.9-8), graphics (>= 3.3.1), Rcpp\n(>= 0.11.1), grDevices (>= 3.3.1), stats (>= 3.3.1), timeDate\n(>= 2150.95)
#> 57 jdx (>= 0.1.0), rJava (>= 0.9-8), R6 (>= 2.2.0), utils (>=\n3.3.0), curl (>= 3.0.0)
#> 58 rJava (>= 0.9-8), utils (>= 3.3.1), stringr (>= 1.1.0), hash\n(>= 2.2.6), tau (>= 0.0-18), Sejong (>= 0.01), RSQLite (>=\n1.0.0), devtools (>= 1.12.0)
#> 59 stats, utils
#> 60 rJava, parallelMap, ggplot2, checkmate, BBmisc, plyr
#> 61 rJava, stringr, R.utils
#> 62 <NA>
#> 63 Rcpp (>= 0.12.12), RcppProgress (>= 0.2), rJava, lpSolve,\nlattice, partitions, parallel, stats, utils
#> 64 rJava (>= 0.9.8)
#> 65 dplyr (>= 0.4.3), e1071 (>= 1.6-7), graphics, grDevices,\nraster (>= 2.5-8), stats, utils
#> 66 sparklyr, jsonlite, purrr, fs, tibble, rJava, digest
#> 67 <NA>
#> 68 rJava (>= 0.8-0), JavaGD (>= 0.5-2), CommonJavaJars (>=\n1.0.5), JGR
#> 69 <NA>
#> 70 methods, rJava (>= 0.6-3)
#> 71 rJava (>= 0.6-3)
#> 72 RWeka, kknn, nnet, caret, e1071, rpart, randomForest, MASS,\nrJava, stats, utils
#> 73 NLP (>= 0.1-6.3), openNLPdata (>= 1.5.3-1), rJava (>= 0.6-3)
#> 74 rJava (>= 0.6-3)
#> 75 grDevices, ggplot2 (>= 0.9.0), rJava, raster, rgdal, sp
#> 76 graphics, grDevices, rlist, stats, stringr, utils
#> 77 AnnotationDbi, DBI, doParallel, foreach, rmarkdown,\norg.Hs.eg.db, ggplot2, fpc
#> 78 rJava
#> 79 methods, rJava, grid, zoo
#> 80 ROCR (>= 1.0-7), PRROC (>= 1.1), precrec (>= 0.1), rJava (>=\n0.9-7), R6 (>= 2.1.1), assertthat (>= 0.1), grid, gridExtra (>=\n2.0.0), graphics, ggplot2 (>= 2.1.0), methods, memoise (>=\n1.0.0)
#> 81 <NA>
#> 82 rJava, openNLPdata, slowraker, utils
#> 83 rJava, imager,base,magrittr,graphics,stats
#> 84 R.utils, TunePareto, methods, stats, utils
#> 85 fingerprint, rJava, methods, png, iterators, itertools
#> 86 <NA>
#> 87 tcltk
#> 88 magrittr, dplyr, purrr, tibble, rlang
#> 89 <NA>
#> 90 <NA>
#> 91 methods, rJava (>= 0.5.0)
#> 92 <NA>
#> 93 <NA>
#> 94 <NA>
#> 95 <NA>
#> 96 methods (>= 3.1.0), utils (>= 3.1.0), chopsticks (>= 1.18.0)
#> 97 <NA>
#> 98 <NA>
#> 99 <NA>
#> 100 RUnit
#> 101 RKEAjars (>= 5.0-1), rJava (>= 0.6-3), tm
#> 102 rJava (>= 0.6-3)
#> 103 R6, XML, doParallel, foreach, gdata, RKEELjars (>= 1.0.18),\nRKEELdata (>= 1.0.5), pmml, arules, Matrix, rJava
#> 104 yaml, ggplot2, reshape2, dplyr, igraph (>= 1.0.1)
#> 105 <NA>
#> 106 rJava (>= 0.6-3)
#> 107 <NA>
#> 108 rJava (>= 0.9-8)
#> 109 methods
#> 110 <NA>
#> 111 RGtk2 (>= 2.20), igraph, gWidgets (>= 0.0-31), methods
#> 112 lhs, sensitivity, ggplot2, digest, xlsx, gridExtra,\ndoParallel, parallel, foreach
#> 113 utils, sparklyr (>= 0.3), h2o (>= 3.8.3.3)
#> 114 <NA>
#> 115 curl, sys, stats, utils, rappdirs
#> 116 RWekajars (>= 3.9.2-1), rJava (>= 0.6-3), graphics, stats,\nutils, grid
#> 117 rJava (>= 0.6-3)
#> 118 rJava, fingerprint, data.table, rcdk (>= 3.4.3)
#> 119 <NA>
#> 120 <NA>
#> 121 <NA>
#> 122 SnowballC, NLP, openNLP, utils
#> 123 sp (>= 1.1-0), ggplot2 (>= 1.0.0)
#> 124 rJava
#> 125 graphics, stats, methods
#> 126 ggvis (>= 0.4.2), colorspace (>= 1.0), stringr (>= 1.0.0),\nrJava(>= 0.9)
#> 127 rJava(>= 0.9), ggplot2 (>= 1.0.1), gridExtra (>= 2.0.0), grid\n(>= 3.2.2), fields (>= 8.3), magrittr (>= 1.5), shiny (>=\n1.0.2), methods, stats (>= 3.2.2)
#> 128 png, rJava, tabulizerjars, tools, utils
#> 129 rJava
#> 130 mallet, rJava, networkD3, wordcloud, dplyr, koRpus,\ntopicmodels, slam, methods, SnowballC
#> 131 methods, DBI (>= 0.3.1), tframe, tframePlus, RJSDMX(>= 1.3),\nrJava
#> 132 <NA>
#> 133 methods, data.table (>= 1.10.0), parallel (>= 3.3.2),\ndoParallel (>= 1.0.10), foreach (>= 1.4.0), PythonInR (>=\n0.1-3), pkgmaker (>= 0.22), rjson (>= 0.2.15)
#> 134 rJava (>= 0.6-3)
#> 135 methods, rJava
#> 136 rJava
#> 137 rJava, xlsxjars, grDevices, utils
#> 138 <NA>
#> Depends
#> 1 caret,rJava,RWeka,rpart, R(>= 2.10.0)
#> 2 R (>= 2.10), arules (>= 0.6-6), rJava (>= 0.6-3)
#> 3 <NA>
#> 4 <NA>
#> 5 <NA>
#> 6 <NA>
#> 7 <NA>
#> 8 <NA>
#> 9 R (>= 3.0.0)
#> 10 R (>= 2.14.0), rJava (>= 0.9-8), bartMachineJARs (>= 1.0),\ncar, randomForest, missForest
#> 11 R (>= 2.14.0), rJava (>= 0.9-8)
#> 12 R (>= 3.4.0)
#> 13 R (>= 3.1.0)
#> 14 R (>= 3.5.0),
#> 15 <NA>
#> 16 R (>= 3.0.0), methods
#> 17 <NA>
#> 18 R (>= 2.15.0), JGR (>= 1.7-10)
#> 19 R (>= 3.2.0), rJava
#> 20 <NA>
#> 21 R (>= 2.10)
#> 22 R (>= 3.1.0), rJava (>= 0.9-6)
#> 23 R (>= 3.1.3), rJava (>= 0.9-6), Rcpp (>= 0.11.2)
#> 24 R (>= 2.8.0)
#> 25 R (>= 3.2.3), rJava (>= 0.9-8)
#> 26 <NA>
#> 27 R (>= 3.0.2), rJava (>= 0.8-3), CommonJavaJars (>= 1.0.5),\nJavaGD, ggplot2
#> 28 R (>= 3.2.1)
#> 29 <NA>
#> 30 <NA>
#> 31 R(>= 2.10.0)
#> 32 R (>= 2.15.0), ggplot2 (>= 2.0.0), JGR(>= 1.7-10), car, MASS
#> 33 Deducer (>= 0.4-4), irr
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#> 35 R (>= 2.10.0), Deducer (>= 0.7-0), tm (>= 0.6), wordcloud (>=\n2.1), RColorBrewer
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#> 37 rJava, rjson, rJython
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