При работе с Alfred было бы логично вовсе убрать иконку Spotlight из верхнего меню. Для этого запустите терминал и введите команду:
$ sudo chmod 600 /System/Library/CoreServices/Search.bundle/Contents/MacOS/Search
Вернуть иконку можно командой:
$ sudo chmod 755 /System/Library/CoreServices/Search.bundle/Contents/MacOS/Search
Не забывайте каждый раз пререзагружать меню командой:
$ killall SystemUIServer