Martin Bohun's SMILES tokenizer (re-formatted by JSLint)

gistfile1.js

var smiles_tokenize = (function () {
        "use strict";
        var PTE = [
                "H", "He", "Li", "Be", "B", "C", "N", "O", "F", "Ne", "Na",
                "Mg", "Al", "Si", "P", "S", "Cl", "Ar", "K", "Ca", "Sc", "Ti",
                "V", "Cr", "Mn", "Fe", "Co", "Ni", "Cu", "Zn", "Ga", "Ge",
                "As", "Se", "Br", "Kr", "Rb", "Sr", "Y", "Zr", "Nb", "Mo",
                "Tc", "Ru", "Rh", "Pd", "Ag", "Cd", "In", "Sn", "Sb", "Te",
                "I", "Xe", "Cs", "Ba", "La", "Ce", "Pr", "Nd", "Pm", "Sm",
                "Eu", "Gd", "Tb", "Dy", "Ho", "Er", "Tm", "Yb", "Lu", "Hf",
                "Ta", "W", "Re", "Os", "Ir", "Pt", "Au", "Hg", "Tl", "Pb",
                "Bi", "Po", "At", "Rn", "Fr", "Ra", "Ac", "Th", "Pa", "U",
                "Np", "Pu", "Am", "Cm", "Bk", "Cf", "Es", "Fm", "Md", "No",
                "Lr", "Rf", "Db", "Sg", "Bh", "Hs", "Mt", "Ds", "Rg", "Cn",
                "Uut", "Uuq", "Uup", "Uuh", "Uus", "Uuo"
            ],
            special = [ //aromatic: C, N, O, P, S, As, Se, and *
                "(", ")", "[", "]", "=", "#", "@", "*", "%", "1", "2", "3", "4",
                "5", "6", "7", "8", "9", ".", "/", "\\", "+", "-", "c", "n",
                "o"
            ],

            table = PTE.sort().reverse().concat(special),

            match_symbol = function (smiles, offset, tokens) {
                var i, symbol;
                for (i = 0; i < table.length; i += 1) {
                    symbol = table[i];
                    if (symbol === smiles.substr(offset, symbol.length)) {
                        tokens.push(symbol);
                        return symbol.length;
                    }
                }
                return 0;
            };

        return function (smiles) {
            var tok = [],
                i = 0,
                match = 0;

            while (i < smiles.length) {
                match = match_symbol(smiles, i, tok);
                if (match > 0) {
                    i = i + match;

                } else {
                    print("smiles_tokenize error - no match[" + i + "]:"
                          + smiles.substr(i, 1));
                    i = i + 1;
                }
            }
            return tok;
        };
    }()),
    smiles,
    i,
    read_file;

// spidermonkey (1.8.5) requires the explicit this.hasOwnProperty
print("read():"     + this.hasOwnProperty("read"));
print("readFile():" + this.hasOwnProperty("readFile"));

if (this.hasOwnProperty("read")) {
    read_file = read;
}
if (this.hasOwnProperty("readFile")) {
    read_file = readFile;
}
// what if read_file is udnefined?
// print(typeof read_file);

smiles = read_file("data.smi").trim().split("\n");
for (i = 0; i < smiles.length; i += 1) {
    print("smiles[" + i + "]:"  + smiles[i]
          + "   " + smiles_tokenize(smiles[i]));
}