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Force Layout & Matrix Market Format
license: gpl-3.0

The University of Florida Sparse Matrix Collection provides a vast collection of interesting graphs in Matrix Market format. This example shows how to adapt this format to D3's force layout.

%%MatrixMarket matrix coordinate pattern symmetric
%-------------------------------------------------------------------------------
% UF Sparse Matrix Collection, Tim Davis
% http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/matrices/HB/can_161
% name: HB/can_161
% [SYMMETRIC PATTERN FROM CANNES,LUCIEN MARRO,JUNE 1981.]
% id: 94
% date: 1981
% author: L. Marro
% ed: I. Duff, R. Grimes, J. Lewis
% fields: title A name id date author ed kind
% kind: structural problem
%-------------------------------------------------------------------------------
161 161 769
1 1
2 1
16 1
17 1
18 1
32 1
65 1
66 1
80 1
2 2
3 2
17 2
18 2
19 2
65 2
66 2
67 2
3 3
4 3
18 3
19 3
20 3
66 3
67 3
68 3
4 4
5 4
19 4
20 4
21 4
67 4
68 4
69 4
5 5
6 5
20 5
21 5
22 5
68 5
69 5
70 5
6 6
7 6
21 6
22 6
23 6
69 6
70 6
71 6
7 7
8 7
22 7
23 7
24 7
70 7
71 7
72 7
8 8
9 8
23 8
24 8
25 8
71 8
72 8
73 8
9 9
10 9
24 9
25 9
26 9
72 9
73 9
74 9
10 10
11 10
25 10
26 10
27 10
73 10
74 10
75 10
11 11
12 11
26 11
27 11
28 11
74 11
75 11
76 11
12 12
13 12
27 12
28 12
29 12
75 12
76 12
77 12
13 13
14 13
28 13
29 13
30 13
76 13
77 13
78 13
14 14
15 14
29 14
30 14
31 14
77 14
78 14
79 14
15 15
16 15
30 15
31 15
32 15
78 15
79 15
80 15
16 16
17 16
31 16
32 16
65 16
79 16
80 16
17 17
18 17
32 17
33 17
34 17
48 17
18 18
19 18
33 18
34 18
35 18
19 19
20 19
34 19
35 19
36 19
20 20
21 20
35 20
36 20
37 20
21 21
22 21
36 21
37 21
38 21
22 22
23 22
37 22
38 22
39 22
23 23
24 23
38 23
39 23
40 23
24 24
25 24
39 24
40 24
41 24
25 25
26 25
40 25
41 25
42 25
26 26
27 26
41 26
42 26
43 26
27 27
28 27
42 27
43 27
44 27
28 28
29 28
43 28
44 28
45 28
29 29
30 29
44 29
45 29
46 29
30 30
31 30
45 30
46 30
47 30
31 31
32 31
46 31
47 31
48 31
32 32
33 32
47 32
48 32
33 33
34 33
48 33
49 33
50 33
64 33
34 34
35 34
49 34
50 34
51 34
35 35
36 35
50 35
51 35
52 35
36 36
37 36
51 36
52 36
53 36
37 37
38 37
52 37
53 37
54 37
38 38
39 38
53 38
54 38
55 38
39 39
40 39
54 39
55 39
56 39
40 40
41 40
55 40
56 40
57 40
41 41
42 41
56 41
57 41
58 41
42 42
43 42
57 42
58 42
59 42
43 43
44 43
58 43
59 43
60 43
44 44
45 44
59 44
60 44
61 44
45 45
46 45
60 45
61 45
62 45
46 46
47 46
61 46
62 46
63 46
47 47
48 47
62 47
63 47
64 47
48 48
49 48
63 48
64 48
49 49
50 49
64 49
50 50
51 50
51 51
52 51
52 52
53 52
53 53
54 53
54 54
55 54
55 55
56 55
56 56
57 56
57 57
58 57
58 58
59 58
59 59
60 59
60 60
61 60
61 61
62 61
62 62
63 62
63 63
64 63
64 64
65 65
66 65
80 65
81 65
82 65
96 65
66 66
67 66
81 66
82 66
83 66
67 67
68 67
82 67
83 67
84 67
68 68
69 68
83 68
84 68
85 68
69 69
70 69
84 69
85 69
86 69
70 70
71 70
85 70
86 70
87 70
71 71
72 71
86 71
87 71
88 71
72 72
73 72
87 72
88 72
89 72
73 73
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88 73
89 73
90 73
74 74
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75 75
76 75
90 75
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92 75
76 76
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91 76
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93 76
77 77
78 77
92 77
93 77
94 77
78 78
79 78
93 78
94 78
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79 79
80 79
94 79
95 79
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80 80
81 80
95 80
96 80
81 81
82 81
96 81
97 81
98 81
112 81
82 82
83 82
97 82
98 82
99 82
83 83
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98 83
99 83
100 83
84 84
85 84
99 84
100 84
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100 85
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102 85
86 86
87 86
101 86
102 86
103 86
87 87
88 87
102 87
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104 87
88 88
89 88
103 88
104 88
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90 89
104 89
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106 89
90 90
91 90
105 90
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106 91
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108 91
92 92
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107 92
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109 92
93 93
94 93
108 93
109 93
110 93
94 94
95 94
109 94
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111 96
112 96
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98 97
112 97
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128 97
98 98
99 98
113 98
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116 101
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102 102
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117 102
118 102
119 102
103 103
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118 103
119 103
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104 104
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119 104
120 104
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105 105
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120 105
121 105
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121 106
122 106
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107 107
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122 107
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108 108
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123 108
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109 109
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124 109
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125 110
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126 111
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112 112
113 112
127 112
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128 113
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130 115
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131 116
132 116
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117 117
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132 117
133 117
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118 118
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133 118
134 118
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120 119
134 119
135 119
136 119
120 120
121 120
135 120
136 120
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121 121
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136 121
137 121
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123 122
137 122
138 122
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138 123
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124 124
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139 124
140 124
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140 125
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126 126
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142 126
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128 128
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145 130
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146 131
147 131
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148 133
149 133
150 133
134 134
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149 134
150 134
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135 135
136 135
150 135
151 135
152 135
136 136
137 136
151 136
152 136
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152 137
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154 138
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140 139
154 139
155 139
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155 140
156 140
157 140
141 141
142 141
156 141
157 141
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143 142
157 142
158 142
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144 143
158 143
159 143
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145 144
159 144
160 144
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146 145
160 145
161 145
146 146
147 146
161 146
147 147
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148 148
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149 149
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150 150
151 150
161 150
151 151
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161 151
152 152
153 152
161 152
153 153
154 153
161 153
154 154
155 154
161 154
155 155
156 155
161 155
156 156
157 156
161 156
157 157
158 157
161 157
158 158
159 158
161 158
159 159
160 159
161 159
160 160
161 160
161 161
<!DOCTYPE html>
<meta charset="utf-8">
<style>
body {
margin: 0;
}
.node {
fill: steelblue;
}
.link {
stroke: #ccc;
}
</style>
<body>
<script src="//d3js.org/d3.v3.min.js"></script>
<script>
var width = 960,
height = 500;
var svg = d3.select("body").append("svg")
.attr("width", width)
.attr("height", height);
var force = d3.layout.force()
.size([width, height]);
d3.text("can_161.mtx", function(error, text) {
if (error) throw error;
var graph = parseMtx(text);
var link = svg.selectAll(".link")
.data(graph.links)
.enter().append("line")
.attr("class", "link");
var node = svg.selectAll(".node")
.data(graph.nodes)
.enter().append("circle")
.attr("class", "node")
.attr("r", 4.5)
.call(force.drag);
force
.nodes(graph.nodes)
.links(graph.links)
.on("tick", tick)
.start();
function tick() {
link.attr("x1", function(d) { return d.source.x; })
.attr("y1", function(d) { return d.source.y; })
.attr("x2", function(d) { return d.target.x; })
.attr("y2", function(d) { return d.target.y; });
node.attr("cx", function(d) { return d.x; })
.attr("cy", function(d) { return d.y; });
}
});
function parseMtx(text) {
var nodes = [];
var links = text
.split(/\n/g) // split lines
.filter(function(d) { return d.charAt(0) != "%"; }) // skip comments
.slice(1, -1) // skip header line, last line
.map(function(d) {
d = d.split(/\s+/g);
var source = d[0] - 1, target = d[1] - 1;
return {
source: nodes[source] || (nodes[source] = {index: source}),
target: nodes[target] || (nodes[target] = {index: target})
};
});
return {
nodes: nodes,
links: links
};
}
</script>
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