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Yuki Naito meso-cacase

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View GitHub Profile
View CRISPRdirect_update_cyanobase.md

[2017-11-30] Database added

  • Synechocystis sp. PCC 6803 genome, GCA_000009725.1
  • Nostoc sp. PCC 7120 genome, GCA_000009705.1
  • Thermosynechococcus elongatus BP-1 genome, GCA_000011345.1
  • Microcystis aeruginosa NIES-843 genome, GCA_000010625.1
  • Gloeobacter violaceus PCC 7421 genome, GCA_000011385.1
  • Chlorobium tepidum TLS genome, GCA_000006985.1
  • Prochlorococcus marinus subsp. marinus str. CCMP1375 genome, GCA_000007925.1
  • Synechococcus elongatus PCC 6301 genome, GCA_000010065.1
View 11mers_not_used_in_hg38.txt
ACCGATACGCG
ACCGTTCGTCG
ACGACCGTTCG
ACGATCGTCGG
ACGCGCGATAT
ACGGTACGTCG
AGCGTCGTACG
ATATCGCGCGG
ATATCGCGCGT
ATCGTCGACGA
View CRISPRdirect_update.md

[2018-09-02] Database added

  • Aedes aegypti genome, AaegL5 (Jun, 2017)
  • Aedes albopictus genome, AaloF1 (Nov, 2015)
  • Kluyveromyces marxianus genome, KM1777_03 (Oct, 2014)
  • Komagataella phaffii CBS 7435 genome, PicPas_Mar2011 (Oct, 2016)
  • Glycine max genome, v2.0 (Nov, 2015)
  • Sorghum bicolor genome, NCBIv3 (Jun, 2017)

[2018-05-10] Database added

View GGGenome_update.md
View U133P2GeneID.txt
1007_s_at 780
117_at 3310
1255_g_at 2978
1294_at 7318
1320_at 11099
1405_i_at 6352
1431_at 1571
1438_at 2049
1487_at 2101
1552256_a_at 949
@meso-cacase
meso-cacase / probe2gene_ggrna.pl
Created Feb 22, 2016
GGRNAをつかいプローブIDと遺伝子の対応表を作成
View probe2gene_ggrna.pl
#!/usr/bin/perl
use warnings ;
use strict ;
use LWP::Simple ;
while (<>){
chomp ;
# ProbeIDを標準入力から取得
View difffcmd.pl
#!/usr/bin/perl
# テキスト比較ツール difff《デュフフ》【コマンドライン版】
#
# 2つのテキストファイルを読み込み、差分をハイライト表示したHTMLを出力する
# diffコマンドを用いて文字ごと(英単語は単語ごと)に比較を行う
#
# 2012-10-22 Yuki Naito (@meso_cacase)
# 2013-03-07 Yuki Naito (@meso_cacase) 日本語処理をPerl5.8/UTF-8に変更
# 2013-03-12 Yuki Naito (@meso_cacase) ver.6 トップページを本CGIと統合
@meso-cacase
meso-cacase / parallel.pl
Created Nov 8, 2012
ファイルまたは標準入力からコマンドリストを読み込み並列実行
View parallel.pl
#!/usr/bin/perl
# ファイルまたは標準入力からコマンドリストを読み込み並列実行する
#
# Usage: ./parallel.pl [-MAX_PROC] commandlist.txt
#
# MAX_PROC は並列実行するコマンドの最大数(数値)
# 省略時は 1、つまり並列化せず1行ずつ順番に実行
# コマンドリストは1行に1コマンドを記載
#
@meso-cacase
meso-cacase / user_getfav.pl
Last active Dec 6, 2018
Twitterで特定ユーザのfavoritesを取得する
View user_getfav.pl
#!/usr/bin/perl
# Twitterで特定ユーザのfavoritesを取得し、タブ区切りテキスト形式で出力する
#
# Usage: ./user_getfav.pl [-u USER_ID] [-s SINCE_ID] [-m MAX_ID]
#
# Options:
# -u USER_ID, --user=USER_ID
# USER_ID(数値またはscreen name)で指定したユーザのfavoritesを取得する
# 省略時は、OAuthで認証した場合は自分自身のfavoritesを取得する
You can’t perform that action at this time.