Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

@mipearson

mipearson/gist:992489

Created May 26, 2011 03:27
Show Gist options
  • Star 0 You must be signed in to star a gist
  • Fork 0 You must be signed in to fork a gist
  • Save mipearson/992489 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Save mipearson/992489 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Download ZIP
Failed migrate-3.2.7 run on ubuntu 11.04
Raw
gistfile1.txt
buntu@ip-10-131-18-9:~/migrate-3.2.7/src$ ./configure --enable-sse2 && make -k
checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking target system type... x86_64-unknown-linux-gnu
./configure: line 1912: svn: command not found
./configure: line 1913: svn: command not found
checking for gmake... make
Linux
===============================
.
unknown
linux-gnu + + Linux + +
x86_64
===============================
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables...
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking for g++... g++
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether g++ accepts -g... yes
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
gcc
g++
-O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking for pthread_create in -lpthread... yes
checking for MPI_Init in -lmpi... no
checking for exp in -lm... yes
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking limits.h usability... yes
checking limits.h presence... yes
checking for limits.h... yes
checking for strings.h... (cached) yes
checking pthread.h usability... yes
checking pthread.h presence... yes
checking for pthread.h... yes
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking for size_t... yes
checking for int... yes
checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h
checking for inline... inline
checking return type of signal handlers... void
checking for strftime... yes
checking for strcspn... yes
checking for strsep... yes
checking for lgamma... yes
checking which zlib implementation to use... autodetect
checking for main in -lz... yes
checking for gzbuffer... no
Copying source from Mersenne-Twister directory into main source directory
configure: creating ./config.status
config.status: creating Makefile
config.status: creating conf.h
-----------------------------------------------------------------------
MIGRATE-N is now setup
to compile the program you need to type one of the
commands below (ordered by preference):
SINGLE CPU machines
make # with PDF output support
# this might fail on first attempt,
# if the make fails, please let me know
# often linking fails because the C++ pdf library
# and the core migrate parts (C) mismatch
# check the Makefile line for STDLIB= -lstdc++
SMP machines more than 1 CPU in machine
make thread # uses the thread library if present
make # on macs running macos 10.6+ using GrandCentral
PARALLEL Computers, Clusters with MPI software
make mpis # each cpu-core can be treated as a node
make mpis-thread # experimental, may increase load per node!
------------------------------------------------------------------------
SPEED and other TESTING
make single_short_test #this will run a short test and produce
#a single_short_test.log file showing
#the speed of your machine for a single
# CPU run, send this file to beerli@fsu.edu
------------------------------------------------------------------------
-----------------------------------------------------
Migrate 3.2.7
please **read** the documentation
this Makefile will produce an executable: migrate-n
or migrate-n-mpi for the parallel version
For more Makefile options type make help
I am interested in getting email about any problems.
Please send all compile warning or error messages
to beerli@fsu.edu [Peter Beerli]
----------------------------------------------------
make all
make[1]: Entering directory `/home/ubuntu/migrate-3.2.7/src'
(cd ./haru ; make -f makefile.gcc "CC=g++" "CPP=gcc" "ARCH=" "MACOSVERSION=" "MYCPPFLAGS=-DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER ")
make[2]: Entering directory `/home/ubuntu/migrate-3.2.7/src/haru'
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfExceptions.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfList.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfUtils.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfStreams.cc
PdfStreams.cc: In member function ‘size_t PdfMemStream::WriteToStreamDeflate(PdfStreamBase*, PdfEncryptor*)’:
PdfStreams.cc:390:12: warning: suggest explicit braces to avoid ambiguous ‘else’
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfAutoPtrObjects.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfObjects.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfContents.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfPages.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfFonts.cc
PdfFonts.cc: In member function ‘virtual unsigned int PdfType1Font::MeasureText(const char*, double, double, double, double, double*)’:
PdfFonts.cc:270:12: warning: suggest explicit braces to avoid ambiguous ‘else’
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfXref.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfDestinations.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfOutlines.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfBorderStyle.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfAnnotations.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfDoc.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfCatalog.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfInfo.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfEncoding.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfFontDef.cc
PdfFontDef.cc: In member function ‘void PdfType1FontDef::LoadFontFile(const char*)’:
PdfFontDef.cc:265:25: warning: ignoring return value of ‘size_t fread(void*, size_t, size_t, FILE*)’, declared with attribute warn_unused_result
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfXObjects.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfFontDef_Courier.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfFontDef_Helvetica.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfFontDef_Times.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfFontDef_Symbol.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfFontDef_ZapfDingbats.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfEncoding_ISO8859.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfEncoding_KOI8.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfEncoding_MSCP.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfMbFonts.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfCMap.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfUnicodeText.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfMbFontDef_Gothic.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfMbFontDef_Mincyo.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfMbFontDef_SimHei.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfMbFontDef_SimSun.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfMbFontDef_Ming.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfMbFontDef_Batang.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfMbFontDef_Dotum.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfCMap_RKSJ.cc
PdfCMap_RKSJ.cc: In function ‘void ParseSJISText(const char*, pdf_byte_type*)’:
PdfCMap_RKSJ.cc:7652:17: warning: suggest explicit braces to avoid ambiguous ‘else’
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfCMap_EUC.cc
PdfCMap_EUC.cc: In function ‘void ParseEUCText(const char*, pdf_byte_type*)’:
PdfCMap_EUC.cc:7324:17: warning: suggest explicit braces to avoid ambiguous ‘else’
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfCMap_GB_EUC.cc
PdfCMap_GB_EUC.cc: In member function ‘virtual void PdfCMap_GB_EUC_H::ParseText(const char*, pdf_byte_type*)’:
PdfCMap_GB_EUC.cc:10549:17: warning: suggest explicit braces to avoid ambiguous ‘else’
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfCMap_ETen_B5.cc
PdfCMap_ETen_B5.cc: In member function ‘virtual void PdfCMap_ETen_B5_H::ParseText(const char*, pdf_byte_type*)’:
PdfCMap_ETen_B5.cc:13175:17: warning: suggest explicit braces to avoid ambiguous ‘else’
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfCMap_KSCms_UHC.cc
PdfCMap_KSCms_UHC.cc: In member function ‘virtual void PdfCMap_KSCms_UHC_H::ParseText(const char*, pdf_byte_type*)’:
PdfCMap_KSCms_UHC.cc:9183:17: warning: suggest explicit braces to avoid ambiguous ‘else’
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfCMap_KSC_EUC.cc
PdfCMap_KSC_EUC.cc: In member function ‘virtual void PdfCMap_KSC_EUC_H::ParseText(const char*, pdf_byte_type*)’:
PdfCMap_KSC_EUC.cc:509:17: warning: suggest explicit braces to avoid ambiguous ‘else’
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfPngImage.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfJpegImage.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c PdfEncrypt.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c libharuc.cc
libharuc.cc: In function ‘int pdf_cid_type2_fontdef_ascent(void*)’:
libharuc.cc:164:69: warning: converting to non-pointer type ‘long int’ from NULL
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c libharuc_jpfonts.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c libharuc_krfonts.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c libharuc_cnsfonts.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c libharuc_cntfonts.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c libharu_png.cc
gcc -I. -Wall -O3 -DNDEBUG -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c libharu_jpeg.cc
ar rc libharu.a PdfExceptions.o PdfList.o PdfUtils.o PdfStreams.o PdfAutoPtrObjects.o PdfObjects.o PdfContents.o PdfPages.o PdfFonts.o PdfXref.o PdfDestinations.o PdfOutlines.o PdfBorderStyle.o PdfAnnotations.o PdfDoc.o PdfCatalog.o PdfInfo.o PdfEncoding.o PdfFontDef.o PdfXObjects.o PdfFontDef_Courier.o PdfFontDef_Helvetica.o PdfFontDef_Times.o PdfFontDef_Symbol.o PdfFontDef_ZapfDingbats.o PdfEncoding_ISO8859.o PdfEncoding_KOI8.o PdfEncoding_MSCP.o PdfMbFonts.o PdfCMap.o PdfUnicodeText.o PdfMbFontDef_Gothic.o PdfMbFontDef_Mincyo.o PdfMbFontDef_SimHei.o PdfMbFontDef_SimSun.o PdfMbFontDef_Ming.o PdfMbFontDef_Batang.o PdfMbFontDef_Dotum.o PdfCMap_RKSJ.o PdfCMap_EUC.o PdfCMap_GB_EUC.o PdfCMap_ETen_B5.o PdfCMap_KSCms_UHC.o PdfCMap_KSC_EUC.o PdfPngImage.o PdfJpegImage.o PdfEncrypt.o libharuc.o libharuc_jpfonts.o libharuc_krfonts.o libharuc_cnsfonts.o libharuc_cntfonts.o libharu_png.o libharu_jpeg.o
ranlib libharu.a
make[2]: Leaving directory `/home/ubuntu/migrate-3.2.7/src/haru'
Using system zlib architecture
make migrate-n "CFLAGS = -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION=\"\\\"\\\"\" -DMIGRATEVERSION=\"\\\"3.2.7\\\"\" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER " "LIBS = -Lharu -lharu -lstdc++ -lz -lm " "LDFLAGS = -fexceptions"
make[2]: Entering directory `/home/ubuntu/migrate-3.2.7/src'
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c aic.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c altivec.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c bayes.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c broyden.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c calculator.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c combroyden2.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c data.c
data.c: In function ‘read_distance_fromfile’:
data.c:1596:24: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c gammalike.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c fst.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c heating.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c histogram.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c inthp.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c joint-chains.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c laguerre.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c lrt.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c main.c
main.c: In function ‘profile_tables’:
main.c:1575:3: warning: implicit declaration of function ‘fprintf2’
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c migrate_mpi.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c mutationmodel.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c mcmc1.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c mcmc2.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c menu.c
menu.c: In function ‘menuParameters’:
menu.c:1929:9: warning: ignoring return value of ‘scanf’, declared with attribute warn_unused_result
menu.c:1978:9: warning: ignoring return value of ‘scanf’, declared with attribute warn_unused_result
menu.c:2000:11: warning: ignoring return value of ‘scanf’, declared with attribute warn_unused_result
menu.c: In function ‘menuInput’:
menu.c:1393:11: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
menu.c:1402:8: warning: ignoring return value of ‘scanf’, declared with attribute warn_unused_result
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c migevents.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c options.c
options.c: In function ‘read_random_mig’:
options.c:5224:13: warning: ignoring return value of ‘fgets’, declared with attribute warn_unused_result
options.c: In function ‘read_random_theta’:
options.c:5189:13: warning: ignoring return value of ‘fgets’, declared with attribute warn_unused_result
options.c: In function ‘numbercheck’:
options.c:4304:20: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
In file included from /usr/include/string.h:642:0,
from definitions.h:186,
from migration.h:5,
from options.c:30:
In function ‘strcpy’,
inlined from ‘init_options’ at options.c:294:11:
/usr/include/bits/string3.h:105:3: warning: call to __builtin___strcpy_chk will always overflow destination buffer
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c profile.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c random.c
random.c: In function ‘random_seed’:
random.c:454:12: warning: ignoring return value of ‘fread’, declared with attribute warn_unused_result
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c reporter.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c spline.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c tools.c
tools.c: In function ‘read_savesum’:
tools.c:1315:24: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
tools.c:1324:24: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
tools.c:1334:28: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
tools.c:1342:32: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
tools.c:1353:36: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
tools.c:1368:40: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
tools.c:1385:28: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
tools.c:1398:24: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c tree.c
tree.c: In function ‘processbracket’:
tree.c:4914:12: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
tree.c: In function ‘treeread’:
tree.c:4705:12: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c sequence.c
sequence.c: In function ‘initlambda’:
sequence.c:1424:15: warning: ignoring return value of ‘scanf’, declared with attribute warn_unused_result
sequence.c: In function ‘inputcategs’:
sequence.c:1335:12: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
sequence.c:1343:16: warning: ignoring return value of ‘fscanf’, declared with attribute warn_unused_result
sequence.c: In function ‘initcatn’:
sequence.c:214:15: warning: ignoring return value of ‘scanf’, declared with attribute warn_unused_result
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c sighandler.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c slice.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c sort.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c uep.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c world.c
world.c: In function ‘print_menu_chain’:
world.c:2022:4: warning: implicit declaration of function ‘fprintf2’
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c pretty.c
pretty.c: In function ‘pdf_print_tableline’:
pretty.c:3765:13: warning: value computed is not used
pretty.c:3837:13: warning: value computed is not used
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c skyline.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c watterson.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c znzlib.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c pretty-win32.cpp
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -c SFMT.c
gcc -O3 -Wall -funroll-loops -fomit-frame-pointer -falign-loops=16 -Dx86_64 -DNEWVERSION -DBFDEBUG -DNEXUSTREE -DHAVE_ZLIB -DZNZ -DHIGHBITS -DHAVE_CONFIG_H -DHAVE_MALLOCWRAP -DMERSENNE_TWISTER -DMEXP=19937 -msse2 -DSSE2 -DMIGRATESUBVERSION="\"\"" -DMIGRATEVERSION="\"3.2.7\"" -DNOJPEG -DNOPNG -Iharu -DPRETTY -DLETTERPAPER -fexceptions -o migrate-n aic.o altivec.o bayes.o broyden.o calculator.o combroyden2.o data.o gammalike.o fst.o heating.o histogram.o inthp.o joint-chains.o laguerre.o lrt.o main.o migrate_mpi.o mutationmodel.o mcmc1.o mcmc2.o menu.o migevents.o options.o profile.o random.o reporter.o spline.o tools.o tree.o sequence.o sighandler.o slice.o sort.o uep.o world.o pretty.o skyline.o watterson.o znzlib.o pretty-win32.o SFMT.o -Lharu -lharu -lstdc++ -lz -lm ;
make[2]: Leaving directory `/home/ubuntu/migrate-3.2.7/src'
make[1]: Leaving directory `/home/ubuntu/migrate-3.2.7/src'
ubuntu@ip-10-131-18-9:~/migrate-3.2.7/src$ cd ../example/
ubuntu@ip-10-131-18-9:~/migrate-3.2.7/example$ ../src/migrate-n parmfile.testbayes > /dev/null
*** buffer overflow detected ***: ../src/migrate-n terminated
======= Backtrace: =========
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__fortify_fail+0x37)[0x7f2697d361d7]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0xfd0f0)[0x7f2697d350f0]
../src/migrate-n[0x477fa4]
../src/migrate-n[0x45e96c]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xff)[0x7f2697c56eff]
../src/migrate-n[0x402a79]
======= Memory map: ========
00400000-005af000 r-xp 00000000 ca:01 395748 /home/ubuntu/migrate-3.2.7/src/migrate-n
007af000-007b0000 r--p 001af000 ca:01 395748 /home/ubuntu/migrate-3.2.7/src/migrate-n
007b0000-007b1000 rw-p 001b0000 ca:01 395748 /home/ubuntu/migrate-3.2.7/src/migrate-n
007b1000-007b3000 rw-p 00000000 00:00 0
026df000-02733000 rw-p 00000000 00:00 0 [heap]
7f2697c38000-7f2697dc2000 r-xp 00000000 ca:01 134217 /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.13.so
7f2697dc2000-7f2697fc1000 ---p 0018a000 ca:01 134217 /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.13.so
7f2697fc1000-7f2697fc5000 r--p 00189000 ca:01 134217 /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.13.so
7f2697fc5000-7f2697fc6000 rw-p 0018d000 ca:01 134217 /lib/x86_64-linux-gnu/libc-2.13.so
7f2697fc6000-7f2697fcc000 rw-p 00000000 00:00 0
7f2697fcc000-7f2697fe1000 r-xp 00000000 ca:01 134231 /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7f2697fe1000-7f26981e0000 ---p 00015000 ca:01 134231 /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7f26981e0000-7f26981e1000 r--p 00014000 ca:01 134231 /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7f26981e1000-7f26981e2000 rw-p 00015000 ca:01 134231 /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1
7f26981e2000-7f2698266000 r-xp 00000000 ca:01 134236 /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.13.so
7f2698266000-7f2698465000 ---p 00084000 ca:01 134236 /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.13.so
7f2698465000-7f2698466000 r--p 00083000 ca:01 134236 /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.13.so
7f2698466000-7f2698467000 rw-p 00084000 ca:01 134236 /lib/x86_64-linux-gnu/libm-2.13.so
7f2698467000-7f269847e000 r-xp 00000000 ca:01 134260 /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1.2.3.4
7f269847e000-7f269867d000 ---p 00017000 ca:01 134260 /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1.2.3.4
7f269867d000-7f269867e000 r--p 00016000 ca:01 134260 /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1.2.3.4
7f269867e000-7f269867f000 rw-p 00017000 ca:01 134260 /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1.2.3.4
7f269867f000-7f2698767000 r-xp 00000000 ca:01 8406 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.0.14
7f2698767000-7f2698966000 ---p 000e8000 ca:01 8406 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.0.14
7f2698966000-7f269896e000 r--p 000e7000 ca:01 8406 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.0.14
7f269896e000-7f2698970000 rw-p 000ef000 ca:01 8406 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6.0.14
7f2698970000-7f2698985000 rw-p 00000000 00:00 0
7f2698985000-7f26989a6000 r-xp 00000000 ca:01 134210 /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.13.so
7f2698b99000-7f2698b9e000 rw-p 00000000 00:00 0
7f2698ba3000-7f2698ba5000 rw-p 00000000 00:00 0
7f2698ba5000-7f2698ba6000 r--p 00020000 ca:01 134210 /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.13.so
7f2698ba6000-7f2698ba8000 rw-p 00021000 ca:01 134210 /lib/x86_64-linux-gnu/ld-2.13.so
7fff20dbc000-7fff20ddd000 rw-p 00000000 00:00 0 [stack]
7fff20dff000-7fff20e00000 r-xp 00000000 00:00 0 [vdso]
ffffffffff600000-ffffffffff601000 r-xp 00000000 00:00 0 [vsyscall]
SEVERE ERROR: Input/Output problem!
Most likely a fatal error in the infile or parmfile
Please report error with as much detail as possible to
Peter Beerli <beerli@fsu.edu>
ubuntu@ip-10-131-18-9:~/migrate-3.2.7/example$
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment