いわゆる目標症例数と症例登録の進捗状況のグラフを書いてみよう

ggRecruit.R

## いわゆる目標症例数とリクルートの進捗状況のグラフ

# ダミーの日付データを作る
# リクルート日付は2014-01-01からの２年間からランダムに１００日
dates <- as.Date("2014-01-01") + 365*2*runif(100)

# それぞれの日に１０人までのランダムな人数がリクルートされたとするダミーデータ、100日分
number <- floor(10*runif(100))

# １行１症例のデータセットのイメージ。登録日だけだけど。
data <- data.frame(date=rep(dates, number))

str(data)

# 1日ずつだと細かすぎるので、1週間ごとの集計にまとめよう。
# １週間ごとのリクルート数を集計した新たなデータセット:datacat
data$datecat <- cut(data$date, breaks="week")
datacat <- as.data.frame(table(data$datecat))
datacat$date <- as.Date(as.character(datacat$Var1))

# 累計症例数データを cumsum 関数を使って作ろう
datacat$cumFreq <- cumsum(datacat$Freq)

# グラフを作成
library(ggplot2)

g <- ggplot(
  datacat, # データセットはdatacat
  aes(
    x = date # X軸はdatacat$date
  )) + 
  xlim(c(as.Date("2014-01-01"),as.Date("2017-12-31"))) + # 横軸を2014-01-01から2017-12-31までとする
  ylim(c(0,1000)) +  # 縦軸を0から1000までとする。1000例が目標というイメージ。
  geom_bar(aes( y = Freq), stat="identity", col="green") + # １週間ごとの登録症例数の棒グラフ
  geom_path(aes(y = cumFreq, group=1)) # 累積症例数の線グラフ

g <- g+ geom_smooth(aes(y=cumFreq, group=1), method="lm",fullrange=TRUE) + # 累積登録症例数から回帰直線を追記
  geom_segment(aes(y = 1000, yend=1000, xend=as.Date("2017-12-31")),col="red") # 目標症例数(1000)のところに直線を引く

# プロット実行
plot(g)