mokztk/00_r-ver_4.1.3_with_code-server.md

## 00_r-ver_4.1.3_with_code-server.md

      
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              00_r-ver_4.1.3_with_code-server.md
            
          
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r-ver:4.1.3 をベースに、UIとして code-server を導入したもの。ARM64 の環境でも使える解析環境を目指す。

rocker/r-ver:4.1.3

CRAN repository は Public Rstudio Package Manager の 2022-04-21 で固定されている


code-server

https://github.com/coder/code-server のインストールスクリプトを使用
Extensions:

R Extension for Visual Studio Code (Ikuyadeu.r)
R Debugger (RDebugger.r-debugger)
R LSP Client for VS Code (REditorSupport.r-lsp) 2022-06-02 削除


エディタフォントは UDEV Gothic （BIZ UD Gothic + JetBrains Mono）のリガチャ対応版を使用
RStudio のように Ctrl + Shift + m で %>% を入力できるように設定
Plot は {httpgd} を使って表示するよう設定（0.0.0.0:59531 を使用）


Ubuntu mirror

自動選択の mirror://mirrors.ubuntu.com/mirrors.txt に変更
x86_64 の場合は日本のミラーサーバーで一番回線が太い ICSCoE（IPA産業サイバーセキュリティセンター）に変更
Ref: https://launchpad.net/ubuntu/+archivemirrors


日本語ロケール

Ubuntu の language-pack-ja, language-pack-ja-base
環境変数で ja_JP.UTF-8 ロケールとタイムゾーン Asia/Tokyo を指定
フォントは容量節約のためパッケージを使わず下記を手動で追加

Noto Sans/Serif JP（Google Fonts で配布されている日本語サブセット版）
UDEV Gothic LG（BIZ UD Gothic + JetBrains Mono のリガチャ対応版）


R pachages

rocker/tidyverse に導入されているものから、容量の大きな database backend を省略したもの
関連して必要となる Pandoc は、Ubuntu 20.04LTS のものはバージョンが古いので公式サイトの deb を使用
個人的な頻用パッケージも追加しておく
install2.r --ncpus -1 ... で並列化すると、ARM64でうまくいかない場合があった(big.LITTLE構成のため？）ので --ncpus 指定を削除


radian: A 21 century R console
Python

Python3 のインストールには /rocker_scripts/install_python.sh を使用
グローバルに pandas と matplotlib/seaborn を入れておく


rocker-org/rocker-versioned2 のように、目的別のスクリプトを使って Dockerfile 自体は極力シンプルにしてみる。
Gist ではディレクトリが使えないので、各インストールスクリプトは "my_scripts__*" として保存してある。

docker image build の際は Dockerfile と同じ階層の "my_scripts" というディレクトリに "install_*.sh" と改名して格納しておく。改行コードが LF(UNIX) でないとエラーになるので注意。
unzip {id_of_this_gist}.zip
cd {id_of_this_gist}
mkdir my_scripts
find my_scripts* | sed -e 's%\(my_scripts__\(.*\)\)%mv \1 my_scripts\/\2%g' | sh
docker image build -t "mokztk/rcodeserver:4.1.3" .

  
## Dockerfile
# rocker/r-ver:4.1.3 に Radian + Code-server と頻用パッケージを追加する
#   CRAN snapshot: https://packagemanager.rstudio.com/cran/__linux__/focal/2022-04-21

FROM rocker/r-ver:4.1.3

# Ubuntuミラーサイトの設定
#RUN sed -i.bak -e 's%http://[^ ]\+%mirror://mirrors.ubuntu.com/mirrors.txt%g' /etc/apt/sources.list
RUN if [ `uname -m` = "x86_64" ]; then \
        sed -i.bak -e "s%http://[^ ]\+%http://ftp.udx.icscoe.jp/Linux/ubuntu/%g" /etc/apt/sources.list; \
    fi

# 日本語設定と必要なライブラリ（Rパッケージ用は別途スクリプト内で導入）
RUN set -x \
    && apt-get update \
    && apt-get install -y --no-install-recommends \
        language-pack-ja-base \
        ssh \
        libxt6 \
        patch \
    && /usr/sbin/update-locale LANG=ja_JP.UTF-8 LANGUAGE="ja_JP:ja" \
    && /bin/bash -c "source /etc/default/locale" \
    && ln -sf /usr/share/zoneinfo/Asia/Tokyo /etc/localtime \
    && apt-get clean \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# setup script
# 各スクリプトは改行コード LF(UNIX) でないとエラーになる
COPY my_scripts /my_scripts
RUN chmod 775 my_scripts/*

RUN /my_scripts/install_tidyverse.sh
RUN /my_scripts/install_r_packages.sh
RUN /my_scripts/install_radian.sh
RUN /my_scripts/install_codeserver.sh
RUN /my_scripts/install_fonts.sh

# non-root user を作成
# Ref: https://github.com/rocker-org/rocker-versioned2/blob/master/scripts/default_user.sh
ENV DEFAULT_USER=rserver
RUN useradd -s /bin/bash -m "$DEFAULT_USER" \
    && echo "${DEFAULT_USER}:${DEFAULT_USER}" | chpasswd \
    && addgroup "${DEFAULT_USER}" staff \
    && chown -R ${DEFAULT_USER}:${DEFAULT_USER} /home/${DEFAULT_USER}

USER ${DEFAULT_USER}
RUN /my_scripts/setup_codeserver.sh

# ${R_HOME}/etc/Renviron のタイムゾーン指定（Etc/UTC）を上書き
RUN echo "TZ=Asia/Tokyo" >> /home/${DEFAULT_USER}/.Renviron

ENV LANG=ja_JP.UTF-8 \
    LC_ALL=ja_JP.UTF-8 \
    TZ=Asia/Tokyo

EXPOSE 8080
EXPOSE 59531
CMD /usr/bin/code-server /home/${DEFAULT_USER}

## my_scripts__fonts.conf
<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE fontconfig SYSTEM "fonts.dtd">
<fontconfig>
    <alias>
        <family>serif</family>
        <prefer>
            <family>Noto Serif JP</family>
        </prefer>
    </alias>
    <alias>
        <family>sans-serif</family>
        <prefer>
            <family>Noto Sans JP</family>
        </prefer>
    </alias>

    <alias>
        <family>Noto Serif CJK JP</family>
        <prefer>
            <family>Noto Serif JP</family>
        </prefer>
    </alias>
    <alias>
        <family>Noto Sans CJK JP</family>
        <prefer>
            <family>Noto Sans JP</family>
        </prefer>
    </alias>
</fontconfig>

## my_scripts__install_codeserver.sh
#!/bin/bash
set -x

apt-get update

# Code-server のインストール（セットアップは別にユーザーアカウントで行う）
curl -fsSL https://code-server.dev/install.sh | sh

# aptキャッシュを消去
apt-get clean
rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# R Language server の導入
install2.r languageserver

## my_scripts__install_fonts.sh
#!/bin/bash
set -x

# Noto Sans/Serif JP フォントのインストール

# Google Fonts から日本語フォントのみダウンロードして手動でインストールする
# フォント名は、以前の Noto Sans/Serif CJK JP から "CJK" なしの Noto Sans/Serif JP になった

wget -q -O NotoSansJP.zip https://fonts.google.com/download?family=Noto%20Sans%20JP
wget -q -O NotoSerifJP.zip https://fonts.google.com/download?family=Noto%20Serif%20JP
unzip NotoSansJP.zip NotoSans*.otf
unzip NotoSerifJP.zip NotoSerif*.otf

mkdir -p /usr/share/fonts/notojp
mv NotoSerifJP-Light.otf /usr/share/fonts/notojp/
mv NotoSerifJP-Regular.otf /usr/share/fonts/notojp/
mv NotoSerifJP-Bold.otf /usr/share/fonts/notojp/
mv NotoSansJP-Regular.otf /usr/share/fonts/notojp/
mv NotoSansJP-Bold.otf /usr/share/fonts/notojp/
mv NotoSansJP-Black.otf /usr/share/fonts/notojp/
mv NotoSansJP-Medium.otf /usr/share/fonts/notojp/

rm -rf Noto*

# Coding font として、UDEV Gothic LG (BIZ UD Gothic + JetBrains Mono) https://github.com/yuru7/udev-gothic/ をインストール
# 半角：全角 1:2、リガチャ有効バージョンを使用

wget -q https://github.com/yuru7/udev-gothic/releases/download/v1.0.0/UDEVGothic_v1.0.0.zip
unzip UDEVGothic_v1.0.0.zip

mkdir -p /usr/share/fonts/UDEVGothic
mv UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-Regular.ttf /usr/share/fonts/UDEVGothic/
mv UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-Italic.ttf /usr/share/fonts/UDEVGothic/
mv UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-Bold.ttf /usr/share/fonts/UDEVGothic/
mv UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-BoldItalic.ttf /usr/share/fonts/UDEVGothic/

rm -rf UDEVGothic*

# 標準フォント sans/serif として手動で入れた Noto fonts を認識できるようにする
# Noto Sans/Serif CJK JP を Noto Sans/Serif JP の別名として登録しておく（過去のコードの文字化け回避）
# 設定しておけば、最低限グラフの文字化けはなくなる

cp /my_scripts/fonts.conf /etc/fonts/local.conf

chmod 644 /usr/share/fonts/notojp/*
chmod 644 /usr/share/fonts/UDEVGothic/*
fc-cache -fv

# Code-server で UDEV Gothic LG を使えるようにする
# Refs: https://qiita.com/BonyChops/items/2f78ec57d55db63cb7e3
#       https://github.com/coder/code-server/issues/1374

ln -s /usr/share/fonts/UDEVGothic/*.ttf /usr/lib/code-server/src/browser/media/

patch -u /usr/lib/code-server/lib/vscode/out/vs/code/browser/workbench/workbench.html << EOF
@@ -32,6 +32,33 @@
 		<link rel="manifest" href="{{VS_BASE}}/manifest.json" crossorigin="use-credentials" />
 		<link data-name="vs/workbench/workbench.web.main" rel="stylesheet" href="{{VS_BASE}}/static/out/vs/workbench/workbench.web.main.css">

+		<!-- Custom fonts -->
+		<style>
+			@font-face {
+				font-family: "UDEV Gothic LG";
+				src: url("{{BASE}}/_static/src/browser/media/UDEVGothicLG-Regular.ttf") format("truetype");
+				font-weight: 400;
+				font-style: normal;
+			}
+			@font-face {
+				font-family: "UDEV Gothic LG";
+				src: url("{{BASE}}/_static/src/browser/media/UDEVGothicLG-Italic.ttf") format("truetype");
+				font-weight: 400;
+				font-style: italic;
+			}
+			@font-face {
+				font-family: "UDEV Gothic LG";
+				src: url("{{BASE}}/_static/src/browser/media/UDEVGothicLG-Bold.ttf") format("truetype");
+				font-weight: 700;
+				font-style: normal;
+			}
+			@font-face {
+				font-family: "UDEV Gothic LG";
+				src: url("{{BASE}}/_static/src/browser/media/UDEVGothicLG-BoldItalic.ttf") format("truetype");
+				font-weight: 700;
+				font-style: italic;
+			}
+		</style>
 	</head>

 	<body aria-label="">
EOF

## my_scripts__install_r_packages.sh
#!/bin/bash
set -x

# 依存ライブラリ
apt-get update
apt-get install -y --no-install-recommends \
    libcairo2-dev \
    libcurl4-openssl-dev \
    libfontconfig1-dev \
    libfreetype6-dev \
    libgl1-mesa-dev \
    libglu1-mesa-dev \
    libjpeg-dev \
    libpng-dev \
    libssl-dev \
    libxft-dev \
    zlib1g-dev

apt-get clean
rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# RSPMのcheckpointが変わった場合に対応するため、まずcheckpointの状態まで更新する
Rscript -e "update.packages(ask = FALSE)"

# CRANパッケージをRSPMからインストール
# --deps TRUE をつけると依存関係 Suggests までインストールされ膨大になる
install2.r --error --skipinstalled \
    pacman \
    here \
    tidylog \
    furrr \
    glmnetUtils \
    pROC \
    cmprsk \
    psych \
    clinfun \
    car \
    survminer \
    GGally \
    ggfortify \
    gghighlight \
    ggsci \
    ggrepel \
    patchwork \
    tableone \
    gt \
    gtsummary \
    flextable \
    formattable \
    ftExtra \
    minidown \
    palmerpenguins \
    svglite \
    httpgd

# install dev version of {export} from GitHub repo (commit 1afc8e2 / 2021-03-09)
install2.r --error --skipinstalled \
    officer \
    rvg \
    openxlsx \
    flextable \
    xtable \
    rgl \
    stargazer \
    devEMF

installGithub.r tomwenseleers/export@1afc8e2

# cleaning
rm /tmp/downloaded_packages/*

## my_scripts__install_radian.sh
#!/bin/bash
set -x

# Python3 のインストール
source /rocker_scripts/install_python.sh
install2.r --skipinstalled reticulate

# aptキャッシュを消去
apt-get clean
rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# グローバルに pandas と matplotlib/seaborn を入れておく
python3 -m pip --no-cache-dir install pandas seaborn

# radian: A 21 century R console. のインストール
python3 -m pip --no-cache-dir install radian jedi

## my_scripts__install_tidyverse.sh
#!/bin/bash
set -x

# まず、rocker/tidyverse 相当のパッケージを導入
# 容量の大きな database backend は省略
# Ref: https://github.com/eitsupi/r-ver/blob/main/scripts/install_editorsupports.sh
#      https://github.com/rocker-org/rocker-versioned2/blob/master/scripts/install_tidyverse.sh

# 依存ライブラリの追加
apt-get update
apt-get install -y --no-install-recommends \
    cmake \
    file \
    gdebi-core \
    git \
    lsb-release \
    procps \
    psmisc \
    python-setuptools \
    sudo \
    unixodbc-dev \
    wget \
    libapparmor1 \
    libcairo2-dev \
    libclang-dev \
    libcurl4-openssl-dev \
    libedit2 \
    libgc1c2 \
    libgit2-dev \
    libobjc4 \
    libsasl2-dev \
    libssh2-1-dev \
    libssl-dev \
    libxml2-dev \
    libxtst6 \
    libsqlite3-dev

# Pandoc は Ubuntu 20.04 LTS のものは ver.2.5 と古いので、新しいものをインストールする
if [ `uname -m` = "aarch64" ]; then
    PANDOC_DLFILE="pandoc-2.17.1.1-1-arm64.deb"
else
    PANDOC_DLFILE="pandoc-2.17.1.1-1-amd64.deb"
fi

wget -q https://github.com/jgm/pandoc/releases/download/2.17.1.1/${PANDOC_DLFILE}
gdebi -n $PANDOC_DLFILE
rm $PANDOC_DLFILE

apt-get clean
rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# R packages
install2.r --error --skipinstalled \
    tidyverse \
    devtools \
    rmarkdown \
    BiocManager \
    vroom \
    gert

## my_scripts__setup_codeserver.sh
#!/bin/bash

# Code-server のセットアップ

# 拡張機能の導入
code-server --install-extension Ikuyadeu.r
code-server --install-extension RDebugger.r-debugger

# 設定ファイル
cat << EOF > ~/.config/code-server/config.yaml
bind-addr: 0.0.0.0:8080
auth: none
cert: false
EOF

cat << EOF > ~/.local/share/code-server/User/settings.json
{
    "r.rpath.linux": "/usr/local/bin/R",
    "r.rterm.linux": "/usr/local/bin/radian",
    "r.bracketedPaste": true,
    "r.plot.useHttpgd": true,
    "workbench.colorTheme": "Monokai",
    "files.autoSave": "off",
    "editor.fontFamily": "'UDEV Gothic LG'",
    "editor.fontLigatures": true,
    "editor.fontSize": 16,
    "terminal.integrated.fontSize": 16,
    "editor.tabSize": 2
}
EOF

cat << EOF > ~/.local/share/code-server/User/keybindings.json
[
    {
        "key": "ctrl+shift+m",
        "command": "type",
        "args": {
          "text": " %>% "
        },
        "when": "editorTextFocus && editorLangId == 'r'"
    },
    {
        "key": "ctrl+shift+m",
        "command": "type",
        "args": {
          "text": " %>% "
        },
        "when": "editorTextFocus && editorLangId == 'rmd'"
    },
]
EOF

cat << EOF > ~/.radian_profile
options(radian.auto_match = TRUE)
options(radian.highlight_matching_bracket = TRUE)
options(radian.prompt = "\033[0;32mr$>\033[0m ")
options(radian.escape_key_map = list(
  list(key = "-", value = " <- "),
  list(key = "m", value = " %>% ")
))
options(radian.force_reticulate_python = TRUE)
EOF

cat << EOF > ~/.Rprofile
# httpgd settings
options(httpgd.host = "0.0.0.0")
options(httpgd.port = 59531)
EOF
	# rocker/r-ver:4.1.3 に Radian + Code-server と頻用パッケージを追加する
	# CRAN snapshot: https://packagemanager.rstudio.com/cran/__linux__/focal/2022-04-21

	FROM rocker/r-ver:4.1.3

	# Ubuntuミラーサイトの設定
	#RUN sed -i.bak -e 's%http://[^ ]\+%mirror://mirrors.ubuntu.com/mirrors.txt%g' /etc/apt/sources.list
	RUN if [ `uname -m` = "x86_64" ]; then \
	sed -i.bak -e "s%http://[^ ]\+%http://ftp.udx.icscoe.jp/Linux/ubuntu/%g" /etc/apt/sources.list; \
	fi

	# 日本語設定と必要なライブラリ（Rパッケージ用は別途スクリプト内で導入）
	RUN set -x \
	&& apt-get update \
	&& apt-get install -y --no-install-recommends \
	language-pack-ja-base \
	ssh \
	libxt6 \
	patch \
	&& /usr/sbin/update-locale LANG=ja_JP.UTF-8 LANGUAGE="ja_JP:ja" \
	&& /bin/bash -c "source /etc/default/locale" \
	&& ln -sf /usr/share/zoneinfo/Asia/Tokyo /etc/localtime \
	&& apt-get clean \
	&& rm -rf /var/lib/apt/lists/*

	# setup script
	# 各スクリプトは改行コード LF(UNIX) でないとエラーになる
	COPY my_scripts /my_scripts
	RUN chmod 775 my_scripts/*

	RUN /my_scripts/install_tidyverse.sh
	RUN /my_scripts/install_r_packages.sh
	RUN /my_scripts/install_radian.sh
	RUN /my_scripts/install_codeserver.sh
	RUN /my_scripts/install_fonts.sh

	# non-root user を作成
	# Ref: https://github.com/rocker-org/rocker-versioned2/blob/master/scripts/default_user.sh
	ENV DEFAULT_USER=rserver
	RUN useradd -s /bin/bash -m "$DEFAULT_USER" \
	&& echo "${DEFAULT_USER}:${DEFAULT_USER}" \| chpasswd \
	&& addgroup "${DEFAULT_USER}" staff \
	&& chown -R ${DEFAULT_USER}:${DEFAULT_USER} /home/${DEFAULT_USER}

	USER ${DEFAULT_USER}
	RUN /my_scripts/setup_codeserver.sh

	# ${R_HOME}/etc/Renviron のタイムゾーン指定（Etc/UTC）を上書き
	RUN echo "TZ=Asia/Tokyo" >> /home/${DEFAULT_USER}/.Renviron

	ENV LANG=ja_JP.UTF-8 \
	LC_ALL=ja_JP.UTF-8 \
	TZ=Asia/Tokyo

	EXPOSE 8080
	EXPOSE 59531
	CMD /usr/bin/code-server /home/${DEFAULT_USER}
	<?xml version="1.0"?>
	<!DOCTYPE fontconfig SYSTEM "fonts.dtd">
	<fontconfig>
	<alias>
	<family>serif</family>
	<prefer>
	<family>Noto Serif JP</family>
	</prefer>
	</alias>
	<alias>
	<family>sans-serif</family>
	<prefer>
	<family>Noto Sans JP</family>
	</prefer>
	</alias>

	<alias>
	<family>Noto Serif CJK JP</family>
	<prefer>
	<family>Noto Serif JP</family>
	</prefer>
	</alias>
	<alias>
	<family>Noto Sans CJK JP</family>
	<prefer>
	<family>Noto Sans JP</family>
	</prefer>
	</alias>
	</fontconfig>
	#!/bin/bash
	set -x

	apt-get update

	# Code-server のインストール（セットアップは別にユーザーアカウントで行う）
	curl -fsSL https://code-server.dev/install.sh \| sh

	# aptキャッシュを消去
	apt-get clean
	rm -rf /var/lib/apt/lists/*

	# R Language server の導入
	install2.r languageserver
	#!/bin/bash
	set -x

	# Noto Sans/Serif JP フォントのインストール

	# Google Fonts から日本語フォントのみダウンロードして手動でインストールする
	# フォント名は、以前の Noto Sans/Serif CJK JP から "CJK" なしの Noto Sans/Serif JP になった

	wget -q -O NotoSansJP.zip https://fonts.google.com/download?family=Noto%20Sans%20JP
	wget -q -O NotoSerifJP.zip https://fonts.google.com/download?family=Noto%20Serif%20JP
	unzip NotoSansJP.zip NotoSans*.otf
	unzip NotoSerifJP.zip NotoSerif*.otf

	mkdir -p /usr/share/fonts/notojp
	mv NotoSerifJP-Light.otf /usr/share/fonts/notojp/
	mv NotoSerifJP-Regular.otf /usr/share/fonts/notojp/
	mv NotoSerifJP-Bold.otf /usr/share/fonts/notojp/
	mv NotoSansJP-Regular.otf /usr/share/fonts/notojp/
	mv NotoSansJP-Bold.otf /usr/share/fonts/notojp/
	mv NotoSansJP-Black.otf /usr/share/fonts/notojp/
	mv NotoSansJP-Medium.otf /usr/share/fonts/notojp/

	rm -rf Noto*

	# Coding font として、UDEV Gothic LG (BIZ UD Gothic + JetBrains Mono) https://github.com/yuru7/udev-gothic/ をインストール
	# 半角：全角 1:2、リガチャ有効バージョンを使用

	wget -q https://github.com/yuru7/udev-gothic/releases/download/v1.0.0/UDEVGothic_v1.0.0.zip
	unzip UDEVGothic_v1.0.0.zip

	mkdir -p /usr/share/fonts/UDEVGothic
	mv UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-Regular.ttf /usr/share/fonts/UDEVGothic/
	mv UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-Italic.ttf /usr/share/fonts/UDEVGothic/
	mv UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-Bold.ttf /usr/share/fonts/UDEVGothic/
	mv UDEVGothic_v1.0.0/UDEVGothicLG-BoldItalic.ttf /usr/share/fonts/UDEVGothic/

	rm -rf UDEVGothic*

	# 標準フォント sans/serif として手動で入れた Noto fonts を認識できるようにする
	# Noto Sans/Serif CJK JP を Noto Sans/Serif JP の別名として登録しておく（過去のコードの文字化け回避）
	# 設定しておけば、最低限グラフの文字化けはなくなる

	cp /my_scripts/fonts.conf /etc/fonts/local.conf

	chmod 644 /usr/share/fonts/notojp/*
	chmod 644 /usr/share/fonts/UDEVGothic/*
	fc-cache -fv

	# Code-server で UDEV Gothic LG を使えるようにする
	# Refs: https://qiita.com/BonyChops/items/2f78ec57d55db63cb7e3
	# https://github.com/coder/code-server/issues/1374

	ln -s /usr/share/fonts/UDEVGothic/*.ttf /usr/lib/code-server/src/browser/media/

	patch -u /usr/lib/code-server/lib/vscode/out/vs/code/browser/workbench/workbench.html << EOF
	@@ -32,6 +32,33 @@
	<link rel="manifest" href="{{VS_BASE}}/manifest.json" crossorigin="use-credentials" />
	<link data-name="vs/workbench/workbench.web.main" rel="stylesheet" href="{{VS_BASE}}/static/out/vs/workbench/workbench.web.main.css">

	+ <!-- Custom fonts -->
	+ <style>
	+ @font-face {
	+ font-family: "UDEV Gothic LG";
	+ src: url("{{BASE}}/_static/src/browser/media/UDEVGothicLG-Regular.ttf") format("truetype");
	+ font-weight: 400;
	+ font-style: normal;
	+ }
	+ @font-face {
	+ font-family: "UDEV Gothic LG";
	+ src: url("{{BASE}}/_static/src/browser/media/UDEVGothicLG-Italic.ttf") format("truetype");
	+ font-weight: 400;
	+ font-style: italic;
	+ }
	+ @font-face {
	+ font-family: "UDEV Gothic LG";
	+ src: url("{{BASE}}/_static/src/browser/media/UDEVGothicLG-Bold.ttf") format("truetype");
	+ font-weight: 700;
	+ font-style: normal;
	+ }
	+ @font-face {
	+ font-family: "UDEV Gothic LG";
	+ src: url("{{BASE}}/_static/src/browser/media/UDEVGothicLG-BoldItalic.ttf") format("truetype");
	+ font-weight: 700;
	+ font-style: italic;
	+ }
	+ </style>
	</head>

	<body aria-label="">
	EOF
	#!/bin/bash
	set -x

	# 依存ライブラリ
	apt-get update
	apt-get install -y --no-install-recommends \
	libcairo2-dev \
	libcurl4-openssl-dev \
	libfontconfig1-dev \
	libfreetype6-dev \
	libgl1-mesa-dev \
	libglu1-mesa-dev \
	libjpeg-dev \
	libpng-dev \
	libssl-dev \
	libxft-dev \
	zlib1g-dev

	apt-get clean
	rm -rf /var/lib/apt/lists/*

	# RSPMのcheckpointが変わった場合に対応するため、まずcheckpointの状態まで更新する
	Rscript -e "update.packages(ask = FALSE)"

	# CRANパッケージをRSPMからインストール
	# --deps TRUE をつけると依存関係 Suggests までインストールされ膨大になる
	install2.r --error --skipinstalled \
	pacman \
	here \
	tidylog \
	furrr \
	glmnetUtils \
	pROC \
	cmprsk \
	psych \
	clinfun \
	car \
	survminer \
	GGally \
	ggfortify \
	gghighlight \
	ggsci \
	ggrepel \
	patchwork \
	tableone \
	gt \
	gtsummary \
	flextable \
	formattable \
	ftExtra \
	minidown \
	palmerpenguins \
	svglite \
	httpgd

	# install dev version of {export} from GitHub repo (commit 1afc8e2 / 2021-03-09)
	install2.r --error --skipinstalled \
	officer \
	rvg \
	openxlsx \
	flextable \
	xtable \
	rgl \
	stargazer \
	devEMF

	installGithub.r tomwenseleers/export@1afc8e2

	# cleaning
	rm /tmp/downloaded_packages/*
	#!/bin/bash
	set -x

	# Python3 のインストール
	source /rocker_scripts/install_python.sh
	install2.r --skipinstalled reticulate

	# aptキャッシュを消去
	apt-get clean
	rm -rf /var/lib/apt/lists/*

	# グローバルに pandas と matplotlib/seaborn を入れておく
	python3 -m pip --no-cache-dir install pandas seaborn

	# radian: A 21 century R console. のインストール
	python3 -m pip --no-cache-dir install radian jedi
	#!/bin/bash
	set -x

	# まず、rocker/tidyverse 相当のパッケージを導入
	# 容量の大きな database backend は省略
	# Ref: https://github.com/eitsupi/r-ver/blob/main/scripts/install_editorsupports.sh
	# https://github.com/rocker-org/rocker-versioned2/blob/master/scripts/install_tidyverse.sh

	# 依存ライブラリの追加
	apt-get update
	apt-get install -y --no-install-recommends \
	cmake \
	file \
	gdebi-core \
	git \
	lsb-release \
	procps \
	psmisc \
	python-setuptools \
	sudo \
	unixodbc-dev \
	wget \
	libapparmor1 \
	libcairo2-dev \
	libclang-dev \
	libcurl4-openssl-dev \
	libedit2 \
	libgc1c2 \
	libgit2-dev \
	libobjc4 \
	libsasl2-dev \
	libssh2-1-dev \
	libssl-dev \
	libxml2-dev \
	libxtst6 \
	libsqlite3-dev

	# Pandoc は Ubuntu 20.04 LTS のものは ver.2.5 と古いので、新しいものをインストールする
	if [ `uname -m` = "aarch64" ]; then
	PANDOC_DLFILE="pandoc-2.17.1.1-1-arm64.deb"
	else
	PANDOC_DLFILE="pandoc-2.17.1.1-1-amd64.deb"
	fi

	wget -q https://github.com/jgm/pandoc/releases/download/2.17.1.1/${PANDOC_DLFILE}
	gdebi -n $PANDOC_DLFILE
	rm $PANDOC_DLFILE

	apt-get clean
	rm -rf /var/lib/apt/lists/*

	# R packages
	install2.r --error --skipinstalled \
	tidyverse \
	devtools \
	rmarkdown \
	BiocManager \
	vroom \
	gert
	#!/bin/bash

	# Code-server のセットアップ

	# 拡張機能の導入
	code-server --install-extension Ikuyadeu.r
	code-server --install-extension RDebugger.r-debugger

	# 設定ファイル
	cat << EOF > ~/.config/code-server/config.yaml
	bind-addr: 0.0.0.0:8080
	auth: none
	cert: false
	EOF

	cat << EOF > ~/.local/share/code-server/User/settings.json
	{
	"r.rpath.linux": "/usr/local/bin/R",
	"r.rterm.linux": "/usr/local/bin/radian",
	"r.bracketedPaste": true,
	"r.plot.useHttpgd": true,
	"workbench.colorTheme": "Monokai",
	"files.autoSave": "off",
	"editor.fontFamily": "'UDEV Gothic LG'",
	"editor.fontLigatures": true,
	"editor.fontSize": 16,
	"terminal.integrated.fontSize": 16,
	"editor.tabSize": 2
	}
	EOF

	cat << EOF > ~/.local/share/code-server/User/keybindings.json
	[
	{
	"key": "ctrl+shift+m",
	"command": "type",
	"args": {
	"text": " %>% "
	},
	"when": "editorTextFocus && editorLangId == 'r'"
	},
	{
	"key": "ctrl+shift+m",
	"command": "type",
	"args": {
	"text": " %>% "
	},
	"when": "editorTextFocus && editorLangId == 'rmd'"
	},
	]
	EOF

	cat << EOF > ~/.radian_profile
	options(radian.auto_match = TRUE)
	options(radian.highlight_matching_bracket = TRUE)
	options(radian.prompt = "\033[0;32mr$>\033[0m ")
	options(radian.escape_key_map = list(
	list(key = "-", value = " <- "),
	list(key = "m", value = " %>% ")
	))
	options(radian.force_reticulate_python = TRUE)
	EOF

	cat << EOF > ~/.Rprofile
	# httpgd settings
	options(httpgd.host = "0.0.0.0")
	options(httpgd.port = 59531)
	EOF