- rocker/tidyverse
現時点では:4.0.1
で開発- 2020-10-14 に RSPM #344 (2020-10-13) で固定されたのでベースを
:4.0.2
に変更
- Ubuntu mirror
- 自動選択の
mirror://mirrors.ubuntu.com/mirrors.txt
に変更 - Ref: https://blog.amedama.jp/entry/2019/09/11/234050
- 自動選択の
- 日本語ロケール
- Ubuntu の
language-pack-ja
,language-pack-ja-base
- 環境変数で
ja_JP.UTF-8
ロケールとタイムゾーンAsia/Tokyo
を指定 - フォントは下記のいずれか
IPAex明朝/ゴシック(Ubuntu のfonts-ipaexfont
パッケージ)- Noto Sans/Serif JP(Google Fonts で配布されている日本語サブセット版)
- Noto Sans/Serif CJK JP(容量節約で
fonts-noto-cjk-extra
は使わず、Google Noto Fonts からOTF版をダウンロードして必要なものを手動でインストール)
- Ubuntu の
- radian: A 21 century R console
- https://github.com/randy3k/radian
- インストールには、Python 3用の pip (python3-pip) が必要
- Python
- radian で使うために python をセットアップするなら、R と連携できるようにする?
- そのままでは、Python共有ライブラリや Pandas がないので
reticulate
は動かない# apt-get install -y libpython3.8 python3-pandas
# echo "/usr/lib/x86_64-linux-gnu" > /etc/ld.so.conf.d/libpython3.8.conf
# ldconfig
# Rscript -e "install.packages('reticulate')"
- TinyTeX
- XeLaTeX + BXjscls で日本語PDFを作成するのに必要なパッケージも予めインストールしてしまう
rocker/tidyverse:4.0.2
になったら、install_tinytex(..., version = "2020.09")
など固定する?
- R の頻用パッケージ
- いつものものに、Causal Inference Slack で勧められたものをいくつか追加
- https://docs.google.com/spreadsheets/d/175Q_lzNG7P6TT2k9rUzzweoaKdJS_OJZ3lWpUuTfcvc/edit#gid=0
- 容量節約のため、インストール後にDLしたアーカイブは削除する(約300MB分)
- 環境変数 PASSWORD の仮設定
- 数ヶ月前から
DISABLE_AUTH
がうまく機能しなくなっていた(RStudio serverのcookie認証の問題とのこと)が、RStudio server 1.3.1093 では機能している DISABLE_AUTH=true
をイメージに埋め込んでしまうと、パスワードが有効にできなくなるのでDISABLE_AUTH
は起動オプションで- Docker Desktop など
-e PASSWORD=...
が設定できないGUIでも起動テストできるように仮のパスワードを埋め込んでおく
- 数ヶ月前から
rocker-org/rocker-versioned2 のように、目的別のスクリプトを使って Dockerfile 自体は極力シンプルにしてみる。
Gist ではディレクトリが使えないので、各インストールスクリプトは "scripts__*" として保存してある。
docker image build
の際は Dockerfile と同じ階層の "my_scripts" というディレクトリに "install_*.sh" と改名して格納しておく。
改行コードが LF(UNIX) でないとエラーになるので注意。
[2020-11-02]
以降の作業は https://github.com/mokztk/RStudio_docker でおこなうこととする。