jupyter/r-notebook:4.2.2 をベースに日本語環境、Language serverなどを導入したもの。

00_jupyter_r-notebook_with_Ja_2023Mar.md

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jupyter/r-notebook:4.2.2 に日本語環境と自動補完の jupyterlab-lsp ほかを導入したもの

• 日本語ロケール他：Ubuntu の language-pack-ja-base パッケージ
• TZ は Asia/Tokyo に変更
• 日本語フォントとして Noto Sans/Serif CJK JP：fonts-noto-cjk
• 日本語を含むノートブックをPDFエクスポートできるよう日本語TeX環境：texlive-lang-japanese
  • XeLaTeX + Bxjsarticle + Zxjafont で Noto CJK JP フォントを使用するようテンプレートを修正
    • /opt/conda/share/jupyter/nbconvert/templates/latex/index.tex.j2
    • IPA (ex|) Gothic/Mincho も導入されているので、jafont=ipa or jafont=ipaex とすれば IPAフォントも可
  • ctexhook.sty 他の不足に対して、texlive-lang-chinese を追加
    • 以前は出なかった LaTeX Error: File 'ctexhook.sty' not found. エラーが出るようになったことへの対策
• 対応するカッコを自動で閉じる、コードセルの行番号、日本語表示などはイメージ作成時に予め設定しておく
  • /opt/conda/share/jupyter/lab/settings/overrides.json がうまく反映されない？
  • overrides.json より優先される ~/.jupyter/lab/user-settings/\@jupyterlab 以下の個人設定を使用

起動時の設定

• Jupyter Lab をパスワードなしで起動する
  • jupyter/r-notebook:r-4.2.2 はもともと Jupyter Lab が起動される
  • パスワードなしとするため、start.sh jupyter lab --LabApp.token='' で起動（docker-compose.yml）

docker-compose.yml

version: "3"
services:
  jupyter:
    image: "mokztk/r-notebook:r-4.2.2"
    container_name: "jupyter"
    command: >
      start.sh 
      jupyter lab
      --no-browser
      --LabApp.token=''
    ports:
      - "8888:8888"
    volumes:
      - .:/home/jovyan/work

Dockerfile

# customize jupyter/r-notebook

FROM jupyter/r-notebook:r-4.2.2

# Ubuntuミラーサイトの設定
#   x86_64 の場合は日本のミラーサーバーで一番回線が太い ICSCoE（IPA産業サイバーセキュリティセンター）に変更
USER root
RUN if [ `uname -m` = "x86_64" ]; then \
        sed -i.bak -e "s%http://[^ ]\+%http://ftp.udx.icscoe.jp/Linux/ubuntu/%g" /etc/apt/sources.list; \
    fi

# 日本語環境の導入（ロケール、TimeZone、フォント、TeX環境）
RUN set -x \
    && apt-get update \
    && apt-get install -y --no-install-recommends \
        language-pack-ja-base \
        fonts-noto-cjk \
        texlive-lang-japanese \
        texlive-lang-chinese \
    && /usr/sbin/update-locale LANG=ja_JP.UTF-8 LANGUAGE="ja_JP:ja" \
    && /bin/bash -c "source /etc/default/locale" \
    && ln -sf /usr/share/zoneinfo/Asia/Tokyo /etc/localtime \
    && apt-get clean \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

USER ${NB_UID}
RUN set -x \
  # Jupyter Lab extensions のインストール
    && mamba install -y \
        jupyterlab-language-pack-ja-jp \
        jupyter-lsp \
        jupyterlab-lsp \
        nodejs \
        python-lsp-server \
  # R Lanugage server は linux-arm64 版が conda-forge にないので CRAN からインストール
    && echo "options(repos = c(CRAN='https://cloud.r-project.org'))" > ~/.Rprofile \
    && Rscript -e "install.packages('languageserver')" \
  # R の追加パッケージ from conda-forge
    && mamba install -y \
        r-pacman \
        r-here \
        r-tidylog \
        r-proc \
        r-cmprsk \
        r-psych \
        r-clinfun \
        r-car \
        r-survminer \
        r-ggally \
        r-ggrepel \
        r-ggsci \
        r-patchwork \
        r-gridextra \
        r-gt \
        r-gtsummary \
        r-flextable \
        r-palmerpenguins \
  # 上記のうち、arm64 で conda-forge から入らないもの（上をコメントアウトしてこちらを有効に）
  #  && Rscript -e "install.packages(c('cmprsk', 'clinfun', 'car', 'survminer', 'ggrepel'))" \
  # Python の追加パッケージ
    && mamba install -y \
        pandas \
        seaborn \
  # その他のツール類
    && mamba install -y \
        jupytext \
  # cleaning
    && mamba clean --all -f -y \
    && fix-permissions "${CONDA_DIR}" \
    && fix-permissions "/home/${NB_USER}"

# 日本語を含む文書をPDFエクスポートできるよう、TeX template を上書き
# Bxjsarticle, Zxjafont で Noto CJK fonts を使用する設定
#   ref: https://home.hirosaki-u.ac.jp/heroic-2020/1781/
#        https://github.com/zr-tex8r/ZXjafont/blob/master/zxjafont.pdf
COPY --chown=${NB_UID}:${NB_GID} index.tex.j2 /opt/conda/share/jupyter/nbconvert/templates/latex/

# Jupyter Labの設定を上書き（テーマ、日本語表示の有効化、など）
COPY --chown=${NB_UID}:${NB_GID} jupyterlab-settings.sh /home/${NB_USER}
RUN chmod +x /home/${NB_USER}/jupyterlab-settings.sh \
  && /home/${NB_USER}/jupyterlab-settings.sh

ENV LANG=ja_JP.UTF-8 \
    LANGUAGE=ja_JP.UTF-8 \
    LC_ALL=ja_JP.UTF-8 \
    TZ=Asia/Tokyo

index.tex.j2

((=- Default to the notebook output style -=))
((*- if not cell_style is defined -*))
    ((* set cell_style = 'style_jupyter.tex.j2' *))
((*- endif -*))

((=- Inherit from the specified cell style. -=))
((* extends cell_style *))


%===============================================================================
% Latex Article
%===============================================================================

((*- block docclass -*))
%\documentclass[11pt]{article}
\documentclass[a4paper,xelatex,ja=standard,jafont=noto,nothreeweight]{bxjsarticle}
((*- endblock docclass -*))

jupyterlab-settings.sh

#!/bin/bash

# JupyterLab の各種設定（overrides.json より優先される）

## 言語設定
mkdir -p .jupyter/lab/user-settings/\@jupyterlab/translation-extension/
cat << EOF > .jupyter/lab/user-settings/\@jupyterlab/translation-extension/plugin.jupyterlab-settings
{
    "locale": "ja_JP"
}
EOF

## テーマ設定
mkdir -p .jupyter/lab/user-settings/\@jupyterlab/apputils-extension/
cat << EOF > .jupyter/lab/user-settings/\@jupyterlab/apputils-extension/themes.jupyterlab-settings
{
    "theme": "JupyterLab Dark",
    "overrides": {
        "content-font-size1": "18px",
        "code-font-size": "16px"
    }
}
EOF

## コード記載部分：カッコを自動で閉じる設定、タブ、行番号など
mkdir -p .jupyter/lab/user-settings/\@jupyterlab/notebook-extension/
cat << EOF > .jupyter/lab/user-settings/\@jupyterlab/notebook-extension/tracker.jupyterlab-settings
{
    "codeCellConfig": {
        "autoClosingBrackets": true,
        "lineNumbers": true,
        "matchBrackets": true,
        "insertSpaces": true,
        "tabSize": 4
    },
    "markdownCellConfig": {
        "autoClosingBrackets": true,
        "lineNumbers": true,
        "matchBrackets": true,
        "insertSpaces": true,
        "tabSize": 4
    }
}
EOF

mkdir -p .jupyter/lab/user-settings/\@jupyterlab/console-extension/
cat << EOF > .jupyter/lab/user-settings/\@jupyterlab/console-extension/tracker.jupyterlab-settings
{
    "promptCellConfig": {
        "autoClosingBrackets": true,
        "matchBrackets": true,
        "insertSpaces": true,
        "tabSize": 4
    }
}
EOF

• R Language server を conda-forge ではなく CRAN から導入するようにしたので、ARM版でも使用可能のはず
  • 以前と異なり、ARM版も jupyter/r-notebook のタグどおりのバージョンの R がインストールされている
• PDF以外の形式でノートブックをエクスポートすると日本語部分がみえない（要調査）
• Rがメインなので、code cell の tabSize は 2 の方がいいかも

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