Deleting .env:
git filter-branch --force --index-filter 'git rm --cached --ignore-unmatch .env' --prune-empty --tag-name-filter cat -- --all
Deleting .env inside the app directory:
git filter-branch --force --index-filter 'git rm --cached --ignore-unmatch src/app/.env' --prune-empty --tag-name-filter cat -- --all