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@mvdbeek
Last active June 19, 2024 07:59
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docker manifest inspect
import json
import subprocess
import time
from requests import Session
from galaxy.tool_util.deps.mulled.util import quay_versions
from galaxy.tool_util.deps.mulled.util import _get_namespace
# get all repos in bioconda namespace
bioconda = _get_namespace('biocontainers')
with open('bioconda.json', 'w') as out:
out.write(json.dumps(bioconda))
# get all versions for all packages
session = Session()
versions = {}
for i, package in enumerate(bioconda):
if i % 100 == 0:
print(i)
versions[package] = quay_versions('biocontainers', package, session)
versions['bwa']
with open('versions.json', 'w') as out:
out.write(json.dumps(versions))
# count all tags so we know how long this is going to take
total_count = 0
for package_name, version_tags in versions.items():
for version_tag in version_tags:
total_count += 1
# get manifest
inspect_output = {}
i = 0
start = time.time()
for package_name, version_tags in versions.items():
inspect_output[package_name] = {}
for version_tag in version_tags:
i += 1
if i % 10 == 0:
elapsed = time.time() - start
percent_complete = (i / total_count) * 100
estimated_total_time = elapsed * total_count / i
print(f"{i} tags complete in {elapsed} seconds, estimated total time {estimated_total_time / 3600} hours")
if i % 100 == 0:
with open('inspect_output.json', 'w') as out:
out.write(json.dumps(inspect_output))
p =subprocess.run(['docker', 'manifest', 'inspect', f"quay.io/biocontainers/{package_name}:{version_tag}"], capture_output=True)
inspect_output[package_name][version_tag] = {'exit_code': p.returncode, 'stdout': p.stdout.decode(), 'stderr': p.stderr.decode()}
unsupported_manifest_images = []
for package, tags in inspect_output.items():
for tag_string, tag_data in tags.items():
if tag_data['exit_code'] == 1:
unsupported_manifest_images.append(f"quay.io/biocontainers/{package}:{tag_string}")
with open('unsupported_manifest_images.txt', 'w') as out:
out.write("\n".join(unsupported_manifest_images))
This file has been truncated, but you can view the full file.
quay.io/biocontainers/coreutils:8.31--h14c3975_0
quay.io/biocontainers/coreutils:8.30--h14c3975_1000
quay.io/biocontainers/coreutils:8.25--1
quay.io/biocontainers/coreutils:8.25--0
quay.io/biocontainers/jq:1.5--0
quay.io/biocontainers/jq:1.5--4
quay.io/biocontainers/samtools:1.2--0
quay.io/biocontainers/samtools:1.2-0
quay.io/biocontainers/samtools:1.10--h9402c20_2
quay.io/biocontainers/samtools:1.10--h9402c20_1
quay.io/biocontainers/samtools:1.10--h9402c20_0
quay.io/biocontainers/samtools:1.3.1--h0592bc0_6
quay.io/biocontainers/samtools:1.6--h244ad75_5
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h10a08f8_12
quay.io/biocontainers/samtools:1.1--hf89b575_4
quay.io/biocontainers/samtools:1.6--h244ad75_4
quay.io/biocontainers/samtools:0.1.19--h94a8ba4_6
quay.io/biocontainers/samtools:1.1--h94a8ba4_3
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h8571acd_11
quay.io/biocontainers/samtools:1.6--he673b24_3
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h8571acd_10
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h43f6869_9
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h91753b0_8
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h57cc563_7
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h57cc563_6
quay.io/biocontainers/samtools:0.1.19--h94a8ba4_5
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h91753b0_5
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h91753b0_4
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h91753b0_3
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h91753b0_2
quay.io/biocontainers/samtools:1.6--h02bfda8_2
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h8ee4bcc_1
quay.io/biocontainers/samtools:1.9--h46bd0b3_0
quay.io/biocontainers/samtools:1.6--h4da6232_1
quay.io/biocontainers/samtools:1.8--h46bd0b3_5
quay.io/biocontainers/samtools:1.0--hdd8ed8b_2
quay.io/biocontainers/samtools:1.8--4
quay.io/biocontainers/samtools:1.8--3
quay.io/biocontainers/samtools:1.8--2
quay.io/biocontainers/samtools:1.2.rglab--0
quay.io/biocontainers/samtools:1.7--2
quay.io/biocontainers/samtools:1.0--1
quay.io/biocontainers/samtools:0.1.19--3
quay.io/biocontainers/samtools:0.1.12--2
quay.io/biocontainers/samtools:0.1.14--1
quay.io/biocontainers/samtools:0.1.13--1
quay.io/biocontainers/samtools:1.7--1
quay.io/biocontainers/samtools:1.7--0
quay.io/biocontainers/samtools:0.1.12--1
quay.io/biocontainers/samtools:1.6--0
quay.io/biocontainers/samtools:0.1.13--0
quay.io/biocontainers/samtools:0.1.15--0
quay.io/biocontainers/samtools:0.1.12--0
quay.io/biocontainers/samtools:0.1.14--0
quay.io/biocontainers/samtools:1.5--2
quay.io/biocontainers/samtools:1.5--1
quay.io/biocontainers/samtools:1.5--0
quay.io/biocontainers/samtools:1.4.1--0
quay.io/biocontainers/samtools:1.4--0
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quay.io/biocontainers/samtools:1.3.1--5
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quay.io/biocontainers/samtools:1.3.1--3
quay.io/biocontainers/samtools:1.3.1--2
quay.io/biocontainers/samtools:1.0--0
quay.io/biocontainers/samtools:1.3--1
quay.io/biocontainers/cufflinks:2.2.1--py27_2
quay.io/biocontainers/cufflinks:2.2.1--py35_2
quay.io/biocontainers/cufflinks:2.2.1--py36_2
quay.io/biocontainers/cufflinks:2.2.1--py36_1
quay.io/biocontainers/cufflinks:2.2.1--py35_1
quay.io/biocontainers/cufflinks:2.2.1--py27_1
quay.io/biocontainers/tophat:2.1.1--py27_3
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quay.io/biocontainers/tophat:2.1.1--py27_1
quay.io/biocontainers/tophat:2.1.1--py35_0
quay.io/biocontainers/tophat:2.1.1--py27_0
quay.io/biocontainers/tophat:2.1.0--py27_0
quay.io/biocontainers/curl:7.45.0--2
quay.io/biocontainers/curl:7.45.0--1
quay.io/biocontainers/bcftools:1.10.2--hd2cd319_0
quay.io/biocontainers/bcftools:1.10.1--hd2cd319_0
quay.io/biocontainers/bcftools:1.10--h5d15f04_0
quay.io/biocontainers/bcftools:1.9--h68d8f2e_9
quay.io/biocontainers/bcftools:1.3--hed695b0_5
quay.io/biocontainers/bcftools:1.9--h68d8f2e_8
quay.io/biocontainers/bcftools:1.9--h68d8f2e_7
quay.io/biocontainers/bcftools:1.9--h5c2b69b_6
quay.io/biocontainers/bcftools:1.9--h5c2b69b_5
quay.io/biocontainers/bcftools:1.3.1--h84994c4_5
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quay.io/biocontainers/bcftools:1.9--ha228f0b_3
quay.io/biocontainers/bcftools:1.9--h47928c2_2
quay.io/biocontainers/bcftools:1.9--h47928c2_1
quay.io/biocontainers/bcftools:1.3.1--h84994c4_4
quay.io/biocontainers/bcftools:1.3--h84994c4_3
quay.io/biocontainers/bcftools:1.2--h02bfda8_4
quay.io/biocontainers/bcftools:1.3--ha92aebf_2
quay.io/biocontainers/bcftools:1.2--h4da6232_3
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quay.io/biocontainers/bcftools:1.3.1--ha92aebf_3
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quay.io/biocontainers/bcftools:1.8--2
quay.io/biocontainers/bcftools:1.8--1
quay.io/biocontainers/bcftools:1.8--0
quay.io/biocontainers/bcftools:1.7--0
quay.io/biocontainers/bcftools:1.3.1--2
quay.io/biocontainers/bcftools:1.3--1
quay.io/biocontainers/bcftools:1.6--1
quay.io/biocontainers/bcftools:1.6--0
quay.io/biocontainers/bcftools:1.5--3
quay.io/biocontainers/bcftools:1.5--2
quay.io/biocontainers/bcftools:1.5--1
quay.io/biocontainers/bcftools:1.5--0
quay.io/biocontainers/bcftools:1.4.1--0
quay.io/biocontainers/bcftools:1.4--0
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quay.io/biocontainers/tmux:1.9a--1
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quay.io/biocontainers/pyrad:3.0.64--py27_0
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quay.io/biocontainers/bowtie2:2.2.5--py36h6bb024c_4
quay.io/biocontainers/bowtie2:2.2.5--py37h6bb024c_4
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quay.io/biocontainers/bowtie2:2.2.1--py36h6bb024c_1
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quay.io/biocontainers/bowtie2:2.3.4.3--py37he860b03_1
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quay.io/biocontainers/bowtie2:2.3.4.3--py35h2d50403_0
quay.io/biocontainers/bowtie2:2.2.1--py36h2d50403_0
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quay.io/biocontainers/bowtie2:2.3.3.1--py27pl5.22.0_0
quay.io/biocontainers/bowtie2:2.3.3.1--py35pl5.22.0_0
quay.io/biocontainers/bowtie2:2.3.3.1--py36pl5.22.0_0
quay.io/biocontainers/bowtie2:2.3.2--py36pl5.22.0_1
quay.io/biocontainers/bowtie2:2.3.2--py27pl5.22.0_1
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quay.
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