Предположим что у вас есть два рабочих каталога
c:\workc:\hobby
в c:\work вы хотите коммитить с рабочего профиля гитхаб (ololoev@job.org), а в c:\hobby c личного (info@ololoev.ru)
для настройки необходимо перейти в домашнюю директрию текущего пользователя cd ~/