numpy_to_imagej.py

# open numpy array in imagej
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# Installation:

# 1. conda create -n pyimagej -c conda-forge pyimagej openjdk=8 
# 2. conda activate pyimagej
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import imagej
import numpy as np

ij = imagej.init('/home/beams/TOMO/Software/Fiji.app',mode='interactive')
ij.ui().showUI()
from jpype import JClass
WindowManager = JClass('ij.WindowManager')

a = np.random.random([5,128,128]).astype('float32')
ij.ui().show('recon', ij.py.to_dataset(a))

while True:
   pass