さかさめさんにsystemdによるサービスの実行をオススメしたのは、Mastodonを含め、多くのサーバプロセスがsystemdを使用していて、その利用経験が今後の役に立つという観点からです。少々難しいところがあるかとも思いますが、ぜひ覚えておきましょう。
systemdなどでサービスとして実行する場合、普段使っているユーザーとは別の専用のユーザーを作成し、その権限の中で実行します。 (例:ユーザー bot を作成する)
このユーザーは、暴走したり、脆弱性をつかれて乗っ取られたりしても、周囲に悪い影響を与えないように、余計なアクセス権限を持たせないようにします。また逆に、このユーザーにだけアクセス・実行を許可したりします。
Mastodonでは、インストール手順の中で、mastodonユーザーを作成します。
adduser --disabled-login mastodon
直接ログインできないように指定してますね。(パスワード未設定にすることで実現しているので、passwordコマンドでパスワードを設定するとログインできようになる)
このユーザーを使う時は、suコマンドやsudoコマンドでユーザーを切り替えます。
su - mastodon
sudo -iu mastodon
sudoの利用をおすすめします。
もちろん、journaldでログをみるのが基本です。
その前に……。
[Service] で User=bot にしたとして、botユーザーでExecStart=に指定したコマンドが実行できなければダメです。 その前に、WorkingDirectory=に指定したディレクトリに移動できる必要があります。
sudo -iu bot
cd /home/bot/bot01_sonya
/usr/bin/bash run
これが実行できなければ、systemd以前の問題ということになります。