Git: removendo arquivos deletados do versionamento

gistfile1.txt

Para remover os arquivos deletados que antes haviam sido versionados, executar:

git ls-files --deleted | xargs git rm

git add .
git commit

Ou:

git add -u
git commit

Note que -u não adiciona arquivos novos ao versionamento, apenas atualiza os já adicionados e remove os deletados.