Import GAD (Genetic Association Database, http://geneticassociationdb.nih.gov/) to SQLite

gad_import_to_sqlite.sh

#!/bin/bash

echo "
CREATE TABLE gadcdc (
        'ID' integer,
        'ALTNAME' text,
        'DISEASE' text,
        'DIS_CLAS' text,
        'CH_BAND' text,
        'GENE' text,
        'DNAPOST' numeric,
        'P_VALUE' text,
        'REFERENC' text,
        'PUBMEDID' numeric,
        'ALLEL_AU' text,
        'ALLEL_EF' text,
        'ALLEL_PT' text,
        'PLYM_CLS' text,
        'PATHSRCH' text,
        'PUBMED' text,
        'LOCUSLNK' text,
        'GENECARD' text,
        'PUBMGNDS' text,
        'PBGNPLYM' text,
        'GENENAME' text,
        'GENECMNT' text,
        'ERROR' text,
        'POPULATN' text,
        'STDYSIZE' text,
        'PCRPROTO' text,
        'STDYSZB' text,
        'STDYSZTT' numeric,
        'COMMENS' text,
        'SUBMITR' text,
        'LOCUSNUM' numeric,
        'UNIGENE' text,
        'RECORD' numeric,
        'RCRDOWNR' text,
        'LSTMDFBY' text,
        'SUBMTREM' text,
        'NCBISNPS' text,
        'NRPHENOT' text,
        'LACKASSO' text,
        'REPSEQ' text,
        'LASTUPDT' DATE,
        'RASTATUS' numeric,
        'MOLEPHEN' text,
        'MAPVIEW' text,
        'HGV' text,
        'TITLE' text,
        'STATUS' text,
        'JOURNAL' text,
        'UGREPACC' text,
        'INDEX4' NUMBER,
        'GAD_ID' NUMBER,
        'DNA_START' text,
        'DNA_END' text,
        'GAD_CDC' text,
        'MYYEAR' text,
        'CONCLUSION' text,
        'CDCRECORD' text,
        'STUDY_INFO' text,
        'ENV_FACTOR' text,
        'GI_GENE_A' text,
        'GI_ALLELE_A' text,
        'GI_GENE_B' text,
        'GI_ALLELE_B' text,
        'GI_GENE_C' text,
        'GI_ALLELE_C' text,
        'GI_ASSOCIATIONYN' text,
        'GI_COMB_ENV' text,
        'GI_RELEV2DISEASE' text,
        'OMIMNUM' text,
        'ENSEMBL' text,
        'GENE_EX_ID' text,
        'DIS_EX_ID' text,
        'SNPPER' text,
        'ASAP' text,
        'CDC' text,
        'HAPMAP' text,
        'RSNUM' text,
        'LSDB' text,
        'CHR' text,
        'I_CHECK' text,
        'UCSC' text,
        'CHECKED' text,
        'IPADDR' text,
        'CNV' text,
        'GEOLOC' text,
        'MESHDIS' text,
        'ACEVIEW' text,
        'CTD' text,
        'SNPEDIA' text
);
.mode tabs
.import data/GADCDC/GADCDC_data.tsv GADCDC" | sqlite3 $1