Antes de mais nada: todo o trabalho precisa ser "commitado". Sem mais, nem menos. Esse é o primeiro passo.
Não reinvente a roda e não seja rebelde. Se o projeto que você começou a trabalhar, já tem um padrão definido e que atende a necessidade, não há razão para mudanças drásticas. Se o projeto já tem tempos de vivência, significa que o padrão atual já dá conta do recado (ou ao menos deveria).
O ideal para manter o código bem versionado é, para cada mudança, um commit. Seja adição de nova funcionalidade, correção de bug ou até remoção de uma funcionalidade antiga. Isso nos dá a facilidade de usar uma das principais funcionalidades do versionamento: retroceder ao código antes do commit indicado.