Carte_vaccination_communes.R

library(tidyverse)
library(sf)
library(ggthemes)


#import des données spatiales
ContoursCommunes<-st_read("https://github.com/Valexandre/france-geojson/raw/master/communes.geojson")%>%st_transform(crs = 2154)
arr<-st_read("https://raw.githubusercontent.com/Valexandre/france-geojson/master/arrondissements-millesimes0.geojson")%>%st_transform(crs=2154)
DepsMetro<-st_read("https://raw.githubusercontent.com/Valexandre/france-geojson/master/departements.geojson")%>%
filter(nchar(code)==2)%>%
st_transform(crs=2154)

DonneesComm<- read_delim("https://datavaccin-covid.ameli.fr/explore/dataset/donnees-de-vaccination-par-commune/download/?format=csv&timezone=Europe/Helsinki&lang=fr&use_labels_for_header=true&csv_separator=%3B", 
";", escape_double = FALSE, col_types = cols(commune_residence = col_character()), trim_ws = TRUE)

#on trie les semaines
dernieredate<-sort(DonneesComm$semaine_injection,decreasing = T)[1]

DonneesComm<-DonneesComm%>%
    filter(semaine_injection==dernieredate)

#on joint avec le spatial pour les communes
COMMVACC<-DonneesComm %>% left_join(ContoursCommunes%>%dplyr::select(code,geometry),by=c("commune_residence"="code"))

#on joint avec le spatial pour les arrondissements, en commençant par Lyon
COMMVACC2<-DonneesComm%>%left_join(arr%>%dplyr::select(code_insee,geometry)%>%
                                     mutate(code_insee=as.character(code_insee)),by=c("commune_residence"="code_insee"))%>%
                                     filter(substr(commune_residence,1,2)=="69")%>%st_as_sf()%>%st_transform(crs=2154)

TotalVaccCom<-rbind(COMMVACC,COMMVACC2)%>%
  filter(substr(commune_residence,1,2)%in%c(69))%>%
  st_as_sf()

#On vérifie les bornes pour qu'elles soient à peu près égales
cut(TotalVaccCom$taux_cumu_1_inj,5)

#carte pour Lyon et le 69
TotalVaccCom%>%
  ggplot()+
  geom_sf(aes(fill=cut(taux_cumu_1_inj*100,breaks=c(0,33,40,45,50,55,70))),colour="#FFFFFF")+theme_map()+
    labs(title="Le niveau de la vaccination autour de Lyon",
    subtitle="Part de la population communale ayant reçu au moins une dose de vaccin",
         caption="Données Ameli, code @humeursdevictor pour Le Parisien")+
    geom_sf(data=DepsMetro%>%filter(code==69),fill=NA,colour="#222222",size=1)+
    theme(legend.position = "top",text=element_text(size=20))+
  scale_fill_brewer("Taux de primoinjection", palette="Blues")

# on fait Marseille

COMMVACC2<-DonneesComm%>%left_join(arr%>%dplyr::select(code_insee,geometry)%>%
                                     mutate(code_insee=as.character(code_insee)),by=c("commune_residence"="code_insee"))%>%
                                     filter(substr(commune_residence,1,2)=="13")%>%st_as_sf()%>%st_transform(crs=2154)

TotalVaccCom<-rbind(COMMVACC,COMMVACC2)%>%
  filter(substr(commune_residence,1,2)%in%c(13))%>%
  st_as_sf()

TotalVaccCom%>%
             ggplot()+
             geom_sf(aes(fill=cut(taux_cumu_1_inj*100,breaks=c(0,33,40,45,50,55,70))),colour="#FFFFFF")+theme_map()+
             labs(title="Le niveau de la vaccination autour de Marseille",
             subtitle="Part de la population communale ayant reçu au moins une dose de vaccin",
         caption="Données Ameli, code @humeursdevictor pour Le Parisien")+
    geom_sf(data=DepsMetro%>%filter(code==13),fill=NA,colour="#222222",size=1)+
    theme(legend.position = "top",text=element_text(size=20))+
             scale_fill_brewer("Taux de primoinjection", palette="Blues")


#Et la même pour la MGP

COMMVACC2<-DonneesComm%>%left_join(arr%>%dplyr::select(code_insee,geometry)%>%
                                     mutate(code_insee=as.character(code_insee)),by=c("commune_residence"="code_insee"))%>%
                                     filter(substr(commune_residence,1,2)%in%c(75,92:94))%>%st_as_sf()%>%st_transform(crs=2154)


TotalVaccCom<-rbind(COMMVACC,COMMVACC2)%>%
  filter(substr(commune_residence,1,2)%in%c(75,92:94))%>%
  st_as_sf()

TotalVaccCom%>%
            ggplot()+
            geom_sf(aes(fill=cut(taux_cumu_1_inj*100,breaks=c(0,33,40,45,50,55,70))),colour="#FFFFFF")+theme_map()+
            labs(title="L'ouest parisien toujours plus vacciné",
            subtitle="Part de la population communale ayant reçu au moins une dose de vaccin",
         caption="Données Ameli, code @humeursdevictor pour Le Parisien")+
            geom_sf(data=DepsMetro_S%>%filter(code%in%c(75,92,93,94)),fill=NA,colour="#222222",size=1)+
            theme(legend.position = "top",text=element_text(size=20))+
            scale_fill_brewer("Taux de primoinjection", palette="Blues")