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Aligned sequences: AGAP001010-RA,CPIJ015759-RA

Identity: 1910/2702 (70.7%)

Gaps: 229/2702 ( 8.5%) Score: 6082

■: Match ■: Mismatch ■: Gap

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<title>Visualize Stretcher result</title>
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<div class="graphContainer"></div>
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Raw
myjson.json
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Raw
script.js
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//r zoom = d3.zoom().scaleExtent([1, 8]).on("zoom", zoomed);
var filename=file;
var width = 1900,
height = 530
active = d3.select(null);
var zoom = d3.zoom()
.scaleExtent([1, 8])
.on("zoom", zoomed)
var svg=d3.select(container)
.append("svg")
.attr("width",width)
.attr("height",height)
/* .call(d3.zoom() //this works, but wont locate in the middle
.scaleExtent([1 / 2, 4])
.on("zoom", zoomed))*/
.call(d3.zoom().on("zoom", function () {
g.attr("transform", d3.event.transform)
}))
svg
.call(zoom);
var g = svg.append("g");
d3.json(filename,function(data)
{
var datasize= data.length;
var sten_a=(findfirstexon(data,"a"));
var start_a=sten_a[0]
var end_a=sten_a[1]
var exonanno_a=[[start_a,(end_a-start_a)]]; //first exon
while(true){
sten_a=(findnextexon(data,end_a,"a"));
start_a=sten_a[0],end_a=sten_a[1];
if (end_a===data.length){break;}
exonanno_a.push([start_a,(end_a-start_a)]); //all middle exons
}
exonanno_a.push([start_a,(end_a-start_a)]);//add last exon
var sten_b=(findfirstexon(data,"b"));
var start_b=sten_b[0]
var end_b=sten_b[1]
var exonanno_b=[[start_b,(end_b-start_b)]]; //first exon
while(true){
sten_b=(findnextexon(data,end_b,"b"));
start_b=sten_b[0],end_b=sten_b[1];
if (end_b===data.length){break;}
exonanno_b.push([start_b,(end_b-start_b)]); //all middle exons
}
exonanno_b.push([start_b,(end_b-start_b)]);//add last exon
var scaling = d3.scaleLinear() //since the data is bigger than the canvas, scale it!
.domain([0,datasize])
.range([0,700]);
addstrline(0,700,30,g) //draw the middle line for the intron
addstrline(0,700,58,g)
g.selectAll("line")
.data(data)
.enter()
.append("line")
.attr("x1",function(d,i){
return scaling(i);
})
.attr("x2",function(d,i){
return scaling(i);
})
.attr("y1",15)
.attr("y2",40)
.attr("stroke",function(d){
if (d.a === '-') {return "#aab"}
else if (d.a === 'i') {return "#FF95A5"}
else if (d.a === 'n') {return "transparent"}
else if (d.a === 'o') {return "#FbE5D5"}
else { return "#F8D5A5" };
})
g.selectAll("line")
.data(data,function(d){return d;})
.enter()
.append("line")
.attr("x1",function(d,i){
return scaling(i);
})
.attr("x2",function(d,i){
return scaling(i);
})
.attr("y1",55)
.attr("y2",80)
.attr("stroke",function(d){
if (d.b === '-') {return "#aab"}
else if (d.b === 'i') {return "#FF95A5"}
else if (d.b === 'n') {return "transparent"}
else if (d.b === 'o') {return "#FbE5D5"}
else { return "#F8D5A5" };
});
g.selectAll("rect")
.data(exonanno_a,function(d){return d;})
.enter()
.append("rect")
.attr("x", function(d,i){
return scaling(d[0])
})
.attr("y", 15)
.attr("width", function(d,i){
return scaling(d[1])
})
.attr("height", 25)
.attr("ry", 1)
.attr("rx", 1)
.attr("fill","transparent")
.attr("stroke","#02B3E4")
.attr("stroke-width",1.5);
g.selectAll("rect")
.data(exonanno_b,function(d){return d;})
.enter()
.append("rect")
.attr("x", function(d,i){
return scaling(d[0])
})
.attr("y", 55)
.attr("width", function(d,i){
return scaling(d[1])
})
.attr("height", 25)
.attr("ry", 1)
.attr("rx", 1)
.attr("fill","transparent")
.attr("stroke","#02B3E4")
.attr("stroke-width",1.5);
}) //end of dataplot
svg.append("rect")
.attr("class", "background")
.attr("width", width)
.attr("height", height)
.on("click", reset);
function zoomed() {
g.style("stroke-width", 1.5 / d3.event.transform.k + "px");
// g.attr("transform", "translate(" + d3.event.translate + ")scale(" + d3.event.scale + ")"); // not in d3 v4
g.attr("transform", d3.event.transform); // updated for d3 v4
}
function reset() {
active.classed("active", false);
active = d3.select(null);
svg.transition()
.duration(750)
// .call( zoom.transform, d3.zoomIdentity.translate(0, 0).scale(1) ); // not in d3 v4
.call( zoom.transform, d3.zoomIdentity ); // updated for d3 v4
}
}
function addstrline(x1,x2,y,obj){
var myLine = obj.append("svg:line")
.attr("class", "background")
.attr("x1", x1)
.attr("y1", y)
.attr("x2", x2)
.attr("y2", y)
.style("stroke", "#02B3E4");
}
function findfirstexon(data,index){
var start=0,end=0;
for(i = 0; i < data.length; i++){
if (data[i][index]=='n'){end=i;break;}
}
return [start,end]
}
function findnextexon(data,start,index){
var start=start+30,end=0;
for(i = start; i < data.length; i++){
if (data[i][index]=='n'){end=i;break;}
end=data.length;
}
return [start,end]
}
Raw
style.css
svg {
}
p{
font-family: 'Dosis', sans-serif;
font-size:11px;
}
.arc text {
font-family: 'Dosis', sans-serif;
text-anchor: middle;
}
.arc path {
stroke: #ffffff;
}
body {
background: #fefcfc;
padding: 20px;
}
.overlay {
fill: none;
pointer-events: all;
}
button {
padding: 10px 20px;
}
.background {
fill: none;
pointer-events: all;
}
.info {
white-space: pre-line;
}
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