vaccini_spaghetti.r

gistfile1.txt

# Plot vaccini Italia per eta' 
# Nicoletta V. @vi__enne

# Install packages if missing
list.of.packages = c("ggplot2", "ggrepel", "tidyverse", "jsonlite", "padr", "curl", "dplyr", 'utf8')
new.packages = list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]
if(length(new.packages)) install.packages(new.packages)

# Load packages
library(ggplot2)
library(ggrepel)
library(tidyverse)
library(jsonlite)
library(padr)
library(dplyr)


Sys.setlocale("LC_TIME", "Italian")

last_update = fromJSON("https://raw.githubusercontent.com/italia/covid19-opendata-vaccini/master/dati/last-update-dataset.json")
last_update = substr(last_update[[1]],1,19)
last_update = gsub("T", " ", last_update)
last_update = as.POSIXct(last_update) + 2*60*60

last_save = gsub(" ", "_", last_update)
last_save = gsub(":", "-", last_save)


file_eta = "https://t.co/y0WuiQutG8?amp=1" #Credits to Lorenzo Ruffino @Ruffino_Lorenzo
eta = read.csv(file_eta)

file = "https://raw.githubusercontent.com/italia/covid19-opendata-vaccini/master/dati/somministrazioni-vaccini-latest.csv"
data = read.csv(file)


# Prima dose ----
data1 = data[, c("data_somministrazione", "area", "fascia_anagrafica", "prima_dose")]
data1$data_somministrazione = as.Date(data1$data_somministrazione)

data_tot = data1[, c("data_somministrazione", "fascia_anagrafica", "prima_dose")]
data_tot = aggregate(prima_dose ~ data_somministrazione + fascia_anagrafica, data_tot, sum)
data_tot = data_tot[order(data_tot$data_somministrazione),]

eta_tot = eta[, c("fascia_anagrafica", "pop")]
eta_tot = aggregate(pop ~ fascia_anagrafica, eta_tot, sum)

dataPlot = data_tot %>% group_by(fascia_anagrafica) %>% arrange(data_somministrazione) %>% mutate(cs = cumsum(prima_dose))
dataPlot = merge(dataPlot, eta_tot)

dataPlot$cumPrimaDose = dataPlot$cs/dataPlot$pop
dataPlot = dataPlot[order(dataPlot$data_somministrazione),]
dataPlot = dataPlot[, c("data_somministrazione", "fascia_anagrafica", "cumPrimaDose")]

png(filename = "prima_dose_latest.png", width = 465, height = 225, units='mm', res = 300)
ggplot(dataPlot, aes(x = data_somministrazione, y = cumPrimaDose, group = fascia_anagrafica, col = fascia_anagrafica)) +
  geom_line(size = 1) + 
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format(accuracy = 1), limits = c(0,1), breaks = seq(0,1,0.1)) +
  scale_x_date(date_breaks = "1 week", date_labels =  "%Y-%m-%d") +
  theme_minimal() +
  theme(text = element_text(size = 16), legend.position="none", axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1),
        panel.grid.major.y =   element_line(colour = "gray",size=0.5)) +
  labs(title = paste0("Percentuale popolazione con almeno una dose (aggiornato al ", last_update, ")"), 
       x = "Data", 
       y = "Rt",
       caption = "Elaborazione V. Nicoletta | Fonte dati: Covid-19 Opendata Vaccini e ISTAT") +
  xlab("Data") +
  ylab("% popolazione con almeno una dose") +
  geom_text_repel(
    data = subset(dataPlot, data_somministrazione == max(data_somministrazione)),
    aes(label = fascia_anagrafica),
    size = 5,
    hjust = 0,
    direction = "y",
    nudge_x = 0,
    segment.color = NA,
    show.legend = FALSE
  )
dev.off()

png(filename = paste0("prima_dose_", last_save, ".png"), width = 465, height = 225, units='mm', res = 300)
ggplot(dataPlot, aes(x = data_somministrazione, y = cumPrimaDose, group = fascia_anagrafica, col = fascia_anagrafica)) +
  geom_line(size = 1) + 
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format(accuracy = 1), limits = c(0,1), breaks = seq(0,1,0.1)) +
  scale_x_date(date_breaks = "1 week", date_labels =  "%Y-%m-%d") +
  theme_minimal() +
  theme(text = element_text(size = 16), legend.position="none", axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1),
        panel.grid.major.y =   element_line(colour = "gray",size=0.5)) +
  labs(title = paste0("Percentuale popolazione con almeno una dose (aggiornato al ", last_update, ")"), 
       x = "Data", 
       y = "Rt",
       caption = "Elaborazione V. Nicoletta | Fonte dati: Covid-19 Opendata Vaccini e ISTAT") +
  xlab("Data") +
  ylab("% popolazione con almeno una dose") +
  geom_text_repel(
    data = subset(dataPlot, data_somministrazione == max(data_somministrazione)),
    aes(label = fascia_anagrafica),
    size = 5,
    hjust = 0,
    direction = "y",
    nudge_x = 0,
    segment.color = NA,
    show.legend = FALSE
  )
dev.off()

write.csv(dataPlot, file = "primaDose_latest.csv", row.names = F)
write.csv(dataPlot, file = paste0("prima_dose_", last_save, ".csv"), row.names = F)


## Protezione 14 seconda ----
data2 = data[, c("data_somministrazione", "area", "fascia_anagrafica", "fornitore", "prima_dose", "seconda_dose")]
data2$protezione = data2$seconda_dose
data2$protezione[data$fornitore=="Jannsen"] = data2$protezione[data2$fornitore=="Jannsen"] + data2$prima_dose[data2$fornitore=="Jannsen"]
data2$data_somministrazione = as.Date(data2$data_somministrazione)
data2$data_somministrazione = data2$data_somministrazione + 14

data_tot = data2[, c("data_somministrazione", "fascia_anagrafica", "protezione")]
data_tot = aggregate(protezione ~ data_somministrazione + fascia_anagrafica, data_tot, sum)
data_tot = data_tot[order(data_tot$data_somministrazione),]

dataPlot = data_tot %>% group_by(fascia_anagrafica) %>% arrange(data_somministrazione) %>% mutate(cs = cumsum(protezione))
dataPlot = merge(dataPlot, eta_tot)
dataPlot$cumPrimaDose = dataPlot$cs/dataPlot$pop
dataPlot = dataPlot[dataPlot$data_somministrazione <= Sys.Date(),]

png(filename = "14_seconda_dose.png", width = 465, height = 225, units='mm', res = 300)
ggplot(dataPlot, aes(x = data_somministrazione, y = cumPrimaDose, group = fascia_anagrafica, col = fascia_anagrafica)) +
  geom_line(size = 1) + 
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format(accuracy = 1), limits = c(0,1), breaks = seq(0,1,0.1)) +
  scale_x_date(date_breaks = "1 week", date_labels =  "%Y-%m-%d") +
  theme_minimal() +
  theme(text = element_text(size = 16), legend.position="none", axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1),
        panel.grid.major.y =   element_line(colour = "gray",size=0.5)) +
  labs(title = paste0("Percentuale popolazione per la quale sono trascorsi 14 giorni dal completamento del ciclo vaccinale (aggiornato al ", last_update, ")"), 
       x = "Data", 
       y = "Rt",
       caption = "Elaborazione V. Nicoletta | Fonte dati: Covid-19 Opendata Vaccini e ISTAT") +
  xlab("Data") +
  ylab("% popolazione 14 giorni da completamento ciclo vaccinale") +
  geom_text_repel(
    data = subset(dataPlot, data_somministrazione == max(data_somministrazione)),
    aes(label = fascia_anagrafica),
    size = 5,
    hjust = 0,
    direction = "y",
    nudge_x = 0,
    segment.color = NA,
    show.legend = FALSE
  )
dev.off()

## Protezione 14 prima ----
data3 = data[, c("data_somministrazione", "area", "fascia_anagrafica", "fornitore", "prima_dose", "seconda_dose")]
data3$protezione = data3$prima_dose
data3$data_somministrazione = as.Date(data3$data_somministrazione)
data3$data_somministrazione = data3$data_somministrazione + 14

data_tot = data3[, c("data_somministrazione", "fascia_anagrafica", "protezione")]
data_tot = aggregate(protezione ~ data_somministrazione + fascia_anagrafica, data_tot, sum)
data_tot = data_tot[order(data_tot$data_somministrazione),]

dataPlot = data_tot %>% group_by(fascia_anagrafica) %>% arrange(data_somministrazione) %>% mutate(cs = cumsum(protezione))
dataPlot = merge(dataPlot, eta_tot)
dataPlot$cumPrimaDose = dataPlot$cs/dataPlot$pop
dataPlot = dataPlot[dataPlot$data_somministrazione <= Sys.Date(),]

png(filename = "14_prima_dose.png", width = 465, height = 225, units='mm', res = 300)
ggplot(dataPlot, aes(x = data_somministrazione, y = cumPrimaDose, group = fascia_anagrafica, col = fascia_anagrafica)) +
  geom_line(size = 1) + 
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format(accuracy = 1), limits = c(0,1), breaks = seq(0,1,0.1)) +
  scale_x_date(date_breaks = "1 week", date_labels =  "%Y-%m-%d") +
  theme_minimal() +
  theme(text = element_text(size = 16), legend.position="none", axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1),
        panel.grid.major.y =   element_line(colour = "gray",size=0.5)) +
  labs(title = paste0("Percentuale popolazione per la quale sono trascorsi 14 giorni dalla prima dose (aggiornato al ", last_update, ")"), 
       x = "Data", 
       y = "Rt",
       caption = "Elaborazione V. Nicoletta | Fonte dati: Covid-19 Opendata Vaccini e ISTAT") +
  xlab("Data") +
  ylab("% popolazione 14 giorni da prima dose") +
  geom_text_repel(
    data = subset(dataPlot, data_somministrazione == max(data_somministrazione)),
    aes(label = fascia_anagrafica),
    size = 5,
    hjust = 0,
    direction = "y",
    nudge_x = 0,
    segment.color = NA,
    show.legend = FALSE
  )
dev.off()


#Dettaglio per regione ----
data4 = data[, c("data_somministrazione", "area", "fascia_anagrafica", "prima_dose")]
data4 = aggregate(prima_dose ~ data_somministrazione + fascia_anagrafica + area, data4, sum)
data4$data_somministrazione = as.Date(data4$data_somministrazione)

data_tot = data4
data_tot = data_tot[order(data_tot$data_somministrazione),]

dataPlot = data_tot %>% group_by(fascia_anagrafica, area) %>% arrange(data_somministrazione) %>% mutate(cs = cumsum(prima_dose))
dataPlot = merge(dataPlot, eta)

dataPlot$cumPrimaDose = dataPlot$cs/dataPlot$pop

png(filename = "prima_dose_REG.png", width = 465, height = 225, units='mm', res = 300)
ggplot(dataPlot, aes(x = data_somministrazione, y = cumPrimaDose, group = fascia_anagrafica, col = fascia_anagrafica)) +
  facet_wrap(~ Regione, ncol = 7) +
  geom_line(size = 1) + 
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format(accuracy = 1), limits = c(0,1.1), breaks = seq(0,1,0.1)) +
  scale_x_date(date_breaks = "1 month", date_labels =  "%Y-%m-%d") +
  scale_color_discrete(name = "Fascia Anagrafica") + 
  theme_minimal() +
  theme(text = element_text(size = 16), legend.position="bottom", axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1),
        panel.grid.major.y =   element_line(colour = "gray",size=0.5),
        strip.background=element_rect(fill="gray")) +
  labs(title = paste0("Percentuale popolazione con almeno una dose (aggiornato al ", last_update, ")"), 
       x = "Data", 
       y = "Rt",
       caption = "Elaborazione V. Nicoletta | Fonte dati: Covid-19 Opendata Vaccini e ISTAT") +
  xlab("Data") +
  ylab("% popolazione con almeno una dose")
dev.off()


#Dettaglio per regione MIN MAX ----
data5 = data[, c("data_somministrazione", "area", "fascia_anagrafica", "prima_dose")]
data5$data_somministrazione = as.Date(data5$data_somministrazione)
data5 = padr::pad(data5, group = c('area', "fascia_anagrafica"))
data5[is.na(data5)] = 0
data5 = aggregate(prima_dose ~ data_somministrazione + fascia_anagrafica + area, data5, sum)

data_tot = data5
data_tot = data_tot[order(data_tot$data_somministrazione),]

dataPlot = data_tot %>% group_by(fascia_anagrafica, area) %>% arrange(data_somministrazione) %>% mutate(cs = cumsum(prima_dose))
dataPlot = merge(dataPlot, eta)
dataPlot$cumPrimaDose = dataPlot$cs/dataPlot$pop

dataPlot = dataPlot %>% 
  group_by(fascia_anagrafica, data_somministrazione) %>% 
  arrange(data_somministrazione) %>% 
  mutate(min = min(cumPrimaDose)) %>% 
  mutate(max = max(cumPrimaDose)) %>% 
  mutate(avg = mean(cumPrimaDose))

dataPlot = unique(dataPlot)

toPlot = dataPlot[dataPlot$fascia_anagrafica=="90+",]

png(filename = "prima_dose_90.png", width = 465, height = 225, units='mm', res = 300)
ggplot(toPlot, aes(x = data_somministrazione, y = cumPrimaDose, group = Regione, col = Regione)) +
  geom_ribbon(aes(y = avg, ymin=min, ymax=max, x=data_somministrazione), fill = "red", alpha = 0.002)+
  geom_line(size = 1, alpha = 0.5) +
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format(accuracy = 1), limits = c(0,1.1), breaks = seq(0,1,0.1)) +
  scale_x_date(date_breaks = "1 month", date_labels =  "%Y-%m-%d") +
  scale_color_discrete(name = "Regione/PA") +
  scale_fill_discrete(name = "") +
  theme_minimal() +
  theme(text = element_text(size = 16), legend.position="none", axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1),
        panel.grid.major.y =   element_line(colour = "gray",size=0.5),
        strip.background=element_rect(fill="gray")) +
  labs(title = paste0("Percentuale popolazione 90+ con almeno una dose (aggiornato al ", last_update, ")"),
       x = "Data",
       y = "Rt",
       subtitle = "La fascia rappresenta il valore minimo e il valore massimo considerando tutte le Regioni/PA",
       caption = "Elaborazione V. Nicoletta | Fonte dati: Covid-19 Opendata Vaccini e ISTAT") +
  xlab("Data") +
  ylab("% popolazione con almeno una dose") +
  geom_text_repel(
    data = subset(toPlot, data_somministrazione == max(data_somministrazione)),
    aes(label = Regione),
    size = 4,
    #hjust = 0,
    #direction = "y",
    #nudge_x = 45,
    #nudge_y = 45,
    segment.color = "black",
    # show.legend = FALSE
  )

write.csv(toPlot, file = "primaDose_90.csv", row.names = F)


dev.off()

toPlot = dataPlot[dataPlot$fascia_anagrafica=="80-89",]

png(filename = "prima_dose_80.png", width = 465, height = 225, units='mm', res = 300)
ggplot(toPlot, aes(x = data_somministrazione, y = cumPrimaDose, group = Regione, col = Regione)) +
  geom_ribbon(aes(y = avg, ymin=min, ymax=max, x=data_somministrazione, fill = "red"), alpha = 0.002)+
  geom_line(size = 1, alpha = 0.5) +
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format(accuracy = 1), limits = c(0,1.1), breaks = seq(0,1,0.1)) +
  scale_x_date(date_breaks = "1 month", date_labels =  "%Y-%m-%d") +
  scale_color_discrete(name = "Regione/PA") +
  theme_minimal() +
  theme(text = element_text(size = 16), legend.position="none", axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1),
        panel.grid.major.y =   element_line(colour = "gray",size=0.5),
        strip.background=element_rect(fill="gray")) +
  labs(title = paste0("Percentuale popolazione 80-89 con almeno una dose (aggiornato al ", last_update, ")"),
       x = "Data",
       y = "Rt",
       subtitle = "La fascia rappresenta il valore minimo e il valore massimo considerando tutte le Regioni/PA",
       caption = "Elaborazione V. Nicoletta | Fonte dati: Covid-19 Opendata Vaccini e ISTAT") +
  xlab("Data") +
  ylab("% popolazione con almeno una dose") +
  geom_text_repel(
    data = subset(toPlot, data_somministrazione == max(data_somministrazione)),
    aes(label = Regione),
    size = 4,
    #hjust = 0,
    #direction = "y",
    #nudge_x = 45,
    #nudge_y = 45,
    segment.color = "black",
    # show.legend = FALSE
  )

write.csv(toPlot, file = "primaDose_80-89.csv", row.names = F)

my_sel1 <- toPlot %>% select(area,data_somministrazione,cumPrimaDose) %>% spread(area,cumPrimaDose) 

my_sel2 <- toPlot %>% select(data_somministrazione,min,max,avg) %>% distinct(data_somministrazione, .keep_all = TRUE)

my_tot <- left_join(my_sel1, my_sel2, by = c("data_somministrazione"="data_somministrazione"))

write.csv(my_tot, file = "primaDose_80-89_pivot.csv", row.names = F)


dev.off()

toPlot = dataPlot[dataPlot$fascia_anagrafica=="70-79",]

png(filename = "prima_dose_70.png", width = 465, height = 225, units='mm', res = 300)
ggplot(toPlot, aes(x = data_somministrazione, y = cumPrimaDose, group = Regione, col = Regione)) +
  geom_ribbon(aes(y = avg, ymin=min, ymax=max, x=data_somministrazione, fill = "red"), alpha = 0.002)+
  geom_line(size = 1, alpha = 0.5) +
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format(accuracy = 1), limits = c(0,1.1), breaks = seq(0,1,0.1)) +
  scale_x_date(date_breaks = "1 month", date_labels =  "%Y-%m-%d") +
  scale_color_discrete(name = "Regione/PA") +
  theme_minimal() +
  theme(text = element_text(size = 16), legend.position="none", axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1),
        panel.grid.major.y =   element_line(colour = "gray",size=0.5),
        strip.background=element_rect(fill="gray")) +
  labs(title = paste0("Percentuale popolazione 70-79 con almeno una dose (aggiornato al ", last_update, ")"),
       x = "Data",
       y = "Rt",
       subtitle = "La fascia rappresenta il valore minimo e il valore massimo considerando tutte le Regioni/PA",
       caption = "Elaborazione V. Nicoletta | Fonte dati: Covid-19 Opendata Vaccini e ISTAT") +
  xlab("Data") +
  ylab("% popolazione con almeno una dose") +
  geom_text_repel(
    data = subset(toPlot, data_somministrazione == max(data_somministrazione)),
    aes(label = Regione),
    size = 4,
    #hjust = 0,
    #direction = "y",
    #nudge_x = 45,
    #nudge_y = 45,
    segment.color = "black",
    # show.legend = FALSE
  )

write.csv(toPlot, file = "primaDose_70-79.csv", row.names = F)

dev.off()