actualizar.php

<?php
$baseDeDatos = obtenerBaseDeDatos();
$coleccion = $baseDeDatos->contactos;
$resultado = $coleccion->updateOne(
    // El criterio, algo así como where
    ["_id" => new MongoDB\BSON\ObjectId($id)],
    // Nuevos valores, no es necesario poner todos pero aquí es para ejemplificar
    [
        '$set' => [
            "campo" => "valor actualizado",
            "otro campo" => "otro valor actualizado",
        ],
    ]
);
# Recuerda que puedes ver a cuántos afectó con $resultado->getModifiedCount()