eliminar.js

db.libros.aggregate([
    { "$group": {
        "_id": { "isbn": "$isbn" },
        "dups": { "$push": "$_id" },
        "count": { "$sum": 1 }
    }},
    { "$match": { "count": { "$gt": 1 } }}
]).forEach(function(doc) {
    doc.dups.shift();
    db.libros.remove({ "_id": {"$in": doc.dups }});
});