Graph on hospital discharges of malignant neoplasms in Chile (2022)

malignant_neoplasms.R

library(tidyverse)
library(ggdist)
library(glue)
library(ggtext)

#url <- "https://www.fonasa.cl/sites/fonasa/datos-abiertos/bases-grd"

# Unzip file
unzip("raw-data/2022.zip", exdir = "raw-data/")

# Delete zip file
file.remove("raw-data/2022.zip")

# Save file into a variable
grd_2022 <- read_delim("raw-data/GRD_PUBLICO_EXTERNO_2022.txt",
  delim = "|",
  locale = locale(encoding = "UTF-16LE")
)

# Read ICE-10 codes
icd_10 <- openxlsx::read.xlsx("src/CIE-10.xlsx") |>
  janitor::clean_names()

# Join with ICD-10 codes
grd_2022 <- grd_2022 |>
  janitor::clean_names() |>
  left_join(icd_10, by = c("diagnostico1" = "codigo"))

# Discharge malignant neoplasm cases

icd10_malignant_neoplasms <- c(
  "c0[0-9].*?|c0[0-9].*?",
  "c1[0-9].*?|c1[0-9].*?",
  "c2[0-9].*?|c2[0-9].*?",
  "c3[0-9].*?|c3[0-9].*?",
  "c4[0-9].*?|c4[0-9].*?",
  "c5[0-9].*?|c5[0-9].*?",
  "c6[0-9].*?|c6[0-9].*?",
  "c7[0-9].*?|c7[0-9].*?",
  "c8[0-9].*?|c8[0-9].*?",
  "c9[0-9].*?|c9[0-9].*?"
)

malignant_neoplasms <- grd_2022 |>
  janitor::clean_names() |>
  filter(
    tipo_actividad == "HOSPITALIZACIÓN",
    str_detect(str_to_lower(categoria), paste(icd10_malignant_neoplasms, collapse = "|"))
  ) |>
  mutate(estancia = as.Date(fechaalta) - as.Date(fecha_ingreso)) |>
  select(diagnostico1, descripcion, categoria, estancia)

# Plot

mean_stay <- mean(malignant_neoplasms$estancia)
median_stay <- median(malignant_neoplasms$estancia)
n_discharges <- nrow(malignant_neoplasms)
n_discharges_colon <- malignant_neoplasms |>
  filter(categoria == "C18 TUMOR MALIGNO DEL COLON") |>
  nrow()
median_stay <- median(malignant_neoplasms$estancia)
bg_color <- "grey90"


plot_subtitle <- glue("En base a datos disponibles de egresos hospitalarios GRD 2022. La base fue filtradas
                     para los casos de neoplasias malignas (código CIE-10: C18).
                     Total de egresos por neoplasias malignas: {n_discharges}, de las cuales {n_discharges_colon} corresponden a tumores malignos de colon.
                     Se muestra la distribución de los días de estancias por topografía.")

p <- malignant_neoplasms |>
  filter(categoria == "C18 TUMOR MALIGNO DEL COLON") |>
  group_by(descripcion) |>
  mutate(
    discharge_total = n(),
    mean_stay = mean(estancia),
    median_stay = median(estancia),
    descripcion = str_remove(descripcion, "Tumor maligno del "),
    descripcion = str_to_upper(descripcion)
  ) |>
  ungroup() |>
  mutate(descripcion = fct_reorder(descripcion, -median_stay)) |>
  ggplot(aes(descripcion, estancia)) +
  ggdist::stat_halfeye(fill_type = "segments", alpha = 0.5, ) +
  ggdist::stat_interval() +
  stat_summary(geom = "point", fun = median) +
  geom_hline(yintercept = median_stay, col = "grey30", lty = "dashed") +
  scale_y_continuous(breaks = seq(0, 70, 10)) +
  annotate("text",
    y = median_stay + 10, x = 11.5, label = "Mediana estancia (neoplasias malignas)",
    size = 3, vjust = 0
  ) +
  scale_color_manual(
    values = MetBrewer::met.brewer("Monet"),
    labels = c(
      "0.95" = "95% de las estancias",
      "0.8" = "80% de las estancias",
      "0.5" = "50% de las estancias"
    )
  ) +
  coord_flip(ylim = c(0, 70), clip = "off") +
  labs(
    title = toupper("Estancias hospitalarias por neoplasias malignas de colon"),
    subtitle = plot_subtitle,
    caption = "Eje acortado a 70 días de estancia hospitalaria
    Data: FONASA | Datos abiertos
    Egresos hospitalarios base GRD 2022 - Chile
    Extraído desde https://www.fonasa.cl/sites/fonasa/datos-abiertos/bases-grd
    Visualización: Paulo Villarroel",
    x = NULL,
    y = "Estancia (días)",
    color = "Distribución:"
  ) +
  theme_minimal() +
  theme(
    legend.position = "bottom",
    plot.background = element_rect(color = NA, fill = bg_color),
    panel.grid = element_blank(),
    panel.grid.major.x = element_line(size = 0.1, color = "grey75"),
    plot.title.position = "plot",
    plot.title = element_text(size = 17, margin = margin(b = 10), face = "bold"),
    plot.subtitle = element_textbox_simple(margin = margin(t = 4, b = 16), size = 13),
    plot.caption.position = "plot",
    axis.text.y = element_text(hjust = 1, margin = margin(l = 10, r = -2), face = "bold"),
    plot.margin = margin(4, 4, 4, 4)
  )

p