データフレームでネットワークらしきものの関係を渡したら，隣接行列っぽいものに変換して返す．

README

入力はどの属性が有効かってデータを表現してるつもり．
入力例は
{
 {am,loc1,act1},
 {pm,loc2,act2},
 {am,loc3,act2},
 {pm,loc3,act2}
}
ってデータを表現してるつもり．

出力は隣接行列っぽく変換してる．
縦横両軸に属性(am,pm,loc1,loc2,loc3,act1,act2)を取って，それぞれの関係が存在する回数をその要素にしてる．
(am,am)=2はam自身の出現回数，
(am,loc1)=1,(am,act1)=1は {am,loc1,act1}の関係から，
(am,loc3)=1,(am,act2)=1は {am,loc3,act2}の関係から，
(pm,act2)=2は{pm,loc2,act2},{pm,loc3,act2}の関係から，という感じ．
関係がないところは0になる．

adjacency()は単純に(i,j) = iかつjの出現回数
adjacencyNormalize()は(i,j) = (iかつjの出現回数) / (iの出現回数)．なので対角行列は1になってるはず
adjacencyBinominal()は(i,j) = iかつjが回数に関わらず出現すれば1，出現しなければ0

dataframe2adjacency.R

adjacency <- function(n){
  ## 出力行列の初期化
  mydata <- diag(0,length(colnames(n)))
  ## 行，列に名前を付ける
  colnames(mydata) <- colnames(n)
  rownames(mydata) <- colnames(n)

  ## rは列番号
  for(r in 1:length(colnames(n))){
    ## r行目に，縦方向に合計したものを代入
    mydata[r,] <- colSums(
                    ## r列目が1になっている行を対象にして
                    n[n[,r] == 1,]
                    )
  }
  mydata
}

## colSumsで，その値を割ったものを入れる
## am,loc1のエッジの値は，(amかつloc1の出現回数) / (amの出現回数)
## こんな感じ？ mydata[am,loc1] = n[am, n[,loc1] == 1] / colsums(n[am,])
adjacencyNormalize <- function(n){
  ## 出力行列の初期化
  mydata <- diag(0,length(colnames(n)))
  ## 行，列に名前を付ける
  colnames(mydata) <- colnames(n)
  rownames(mydata) <- colnames(n)

  ## rは列番号
  for(r in 1:length(colnames(n))){
    ## r行目に，縦方向に合計したものを(r列目の合計)で割って代入
    mydata[r,] <- colSums(
                    ## r列目が1になっている行を対象にして
                    n[n[,r] == 1,]
                    ## r列目の合計で割る
                    ) / sum(n[,r])
  }
  mydata
}

## 出現回数に関わらず，関係が存在すれば1,しなければ0
adjacencyBinominal <- function(n){
  ## 出力行列の初期化
  mydata <- diag(0,length(colnames(n)))
  ## 行，列に名前を付ける
  colnames(mydata) <- colnames(n)
  rownames(mydata) <- colnames(n)

  ## rは列番号
  for(r in 1:length(colnames(n))){
    ## r行目に，縦方向に合計してその合計で割ったもの(値があれば1,なければ0のまま？)を代入
    mydata[r,] <- colSums(n[n[,r] == 1,])
    mydata[r,mydata[r,] != 0] <- 1
  }
  mydata
}

## ファイルから読み込んで データフレーム→隣接行列 に変換
adjacencyFromFile <- function(file = "input.csv"){
  ## 列名がついたデータの読み込み．これはカンマ区切り
  (n <- read.table(file, header=TRUE,sep = ","))
  ## colnames(n)
  adjacency(n)
}
## adjacencyFromFile()

input.csv

output.txt

> (n <- read.table("input.csv", header=TRUE,sep = ","))
  am pm loc1 loc2 loc3 act1 act2
1  1  0    1    0    0    1    0
2  0  1    0    1    0    0    1
3  1  0    0    0    1    0    1
4  0  1    0    0    1    0    1
> adjacencyBinominal(n)
     am pm loc1 loc2 loc3 act1 act2
am    1  0    1    0    1    1    1
pm    0  1    0    1    1    0    1
loc1  1  0    1    0    0    1    0
loc2  0  1    0    1    0    0    1
loc3  1  1    0    0    1    0    1
act1  1  0    1    0    0    1    0
act2  1  1    0    1    1    0    1
> adjacencyNormalize(n)
            am        pm loc1      loc2      loc3 act1 act2
am   1.0000000 0.0000000  0.5 0.0000000 0.5000000  0.5  0.5
pm   0.0000000 1.0000000  0.0 0.5000000 0.5000000  0.0  1.0
loc1 1.0000000 0.0000000  1.0 0.0000000 0.0000000  1.0  0.0
loc2 0.0000000 1.0000000  0.0 1.0000000 0.0000000  0.0  1.0
loc3 0.5000000 0.5000000  0.0 0.0000000 1.0000000  0.0  1.0
act1 1.0000000 0.0000000  1.0 0.0000000 0.0000000  1.0  0.0
act2 0.3333333 0.6666667  0.0 0.3333333 0.6666667  0.0  1.0
> adjacency(n)
     am pm loc1 loc2 loc3 act1 act2
am    2  0    1    0    1    1    1
pm    0  2    0    1    1    0    2
loc1  1  0    1    0    0    1    0
loc2  0  1    0    1    0    0    1
loc3  1  1    0    0    2    0    2
act1  1  0    1    0    0    1    0
act2  1  2    0    1    2    0    3
>