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pgsin/proteinGroups.txt

Created March 11, 2020 17:27
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Protein groups from SMC1 interactomics tutorial
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proteinGroups.txt
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Protein IDs Majority protein IDs Peptide counts (all) Peptide counts (razor+unique) Peptide counts (unique) Fasta headers Number of proteins Peptides Razor + unique peptides Unique peptides Peptides pHis3_01 Peptides pHis3_02 Peptides pHis3_03 Peptides SMC1_01 Peptides SMC1_02 Peptides SMC1_03 Razor + unique peptides pHis3_01 Razor + unique peptides pHis3_02 Razor + unique peptides pHis3_03 Razor + unique peptides SMC1_01 Razor + unique peptides SMC1_02 Razor + unique peptides SMC1_03 Unique peptides pHis3_01 Unique peptides pHis3_02 Unique peptides pHis3_03 Unique peptides SMC1_01 Unique peptides SMC1_02 Unique peptides SMC1_03 Sequence coverage [%] Unique + razor sequence coverage [%] Unique sequence coverage [%] Mol. weight [kDa] Sequence length Sequence lengths Q-value Score Sequence coverage pHis3_01 [%] Sequence coverage pHis3_02 [%] Sequence coverage pHis3_03 [%] Sequence coverage SMC1_01 [%] Sequence coverage SMC1_02 [%] Sequence coverage SMC1_03 [%] Intensity Intensity pHis3_01 Intensity pHis3_02 Intensity pHis3_03 Intensity SMC1_01 Intensity SMC1_02 Intensity SMC1_03 LFQ intensity pHis3_01 LFQ intensity pHis3_02 LFQ intensity pHis3_03 LFQ intensity SMC1_01 LFQ intensity SMC1_02 LFQ intensity SMC1_03 MS/MS count pHis3_01 MS/MS count pHis3_02 MS/MS count pHis3_03 MS/MS count SMC1_01 MS/MS count SMC1_02 MS/MS count SMC1_03 MS/MS count Only identified by site Reverse Potential contaminant id Peptide IDs Peptide is razor Mod. peptide IDs Evidence IDs MS/MS IDs Best MS/MS Oxidation (M) site IDs Oxidation (M) site positions Taxonomy IDs
CON__P00761 CON__P00761 5 5 5 1 5 5 5 4 4 4 4 3 4 4 4 4 4 3 4 4 4 4 4 3 4 32.9 32.9 32.9 24.409 231 231 0 118.51 29.4 29.4 25.1 28.6 25.1 29.4 3464200000 406930000 444450000 1285900000 590390000 301420000 435160000 478880000 1512100000 363480000 784760000 1308500000 290940000 7 7 6 6 5 6 37 + 0 4179;5798;6722;8745;10839 True;True;True;True;True 4349;4350;6040;7002;9173;11359 15895;15896;15897;15898;15899;15900;15901;15902;15903;15904;15905;15906;15907;22209;22210;22211;22212;22213;22214;22215;22216;22217;22218;22219;25639;25640;25641;25642;33365;33366;33367;33368;33369;33370;33371;41718;41719 16004;16005;16006;16007;16008;16009;16010;16011;16012;16013;16014;16015;16016;22339;22340;22341;22342;22343;22344;22345;22346;22347;22348;22349;25793;25794;25795;25796;33565;33566;33567;33568;33569;33570;33571;41981;41982 16007;22342;25793;33566;41982 0 94 -1
CON__P02533;CON__A2A4G1;CON__P08727;CON__P19001;CON__P08730-1;CON__Q9QWL7;CON__Q04695;CON__P19012;CON__P05784;CON__Q3ZAW8;CON__Q9Z2K1;CON__Q148H6;CON__Q7Z3Y7;CON__Q99456;CON__O76014;CON__Q7Z3Y8;CON__REFSEQ:XP_986630;CON__Q7Z3Y9;CON__O76013;CON__Q497I4;CON__O76015;CON__A2AB72;CON__Q6IFX2;CON__Q7Z3Z0;CON__Q14532;CON__Q92764;CON__ENSEMBL:ENSP00000377550;CON__Q15323;CON__A2A5Y0;CON__Q9UE12;CON__Q14525;CON__Q2M2I5 CON__P02533;CON__A2A4G1;CON__P08727;CON__P19001;CON__P08730-1;CON__Q9QWL7;CON__Q04695;CON__P19012 6;4;3;3;3;3;3;3;2;2;2;2;2;2;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 ;;;;;;; 32 6 1 1 3 1 0 0 1 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 10.8 3.2 3.2 51.621 472 472;456;400;403;437;433;432;456;423;474;469;464;486;494;471;459;476;468;467;455;456;453;452;450;448;425;420;416;416;416;404;525 0 10.212 5.3 2.3 0 0 1.5 5.5 6027700 0 0 0 0 0 6027700 0 0 0 0 0 6027700 0 0 0 0 0 1 1 + 1 692;4691;5447;5563;5565;11591 True;False;False;False;False;False 732;4888;5681;5800;5802;12137 2880;17823;17824;20941;21384;21386;44784 2890;17938;17939;21068;21511;21513;45090 2890;17938;21068;21511;21513;45090 -1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1;-1
CON__P02538;CON__Q8VED5;CON__Q5XKE5;CON__O95678;CON__P19013 CON__P02538 7;1;1;1;1 2;0;0;0;0 1;0;0;0;0 5 7 2 1 1 4 0 2 0 7 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 1 16.3 4.8 1.8 60.044 564 564;531;535;551;594 0 7.0978 2.1 8.5 0 3.7 0 16.3 52734000 0 3404200 0 0 0 49329000 0 0 0 0 0 49329000 0 1 0 0 0 2 3 + 2 340;746;3299;4641;7644;8949;9347 True;False;False;False;False;True;False 358;787;3419;4837;8025;9389;9804 1506;1507;3111;3112;3113;12497;17677;29298;29299;29300;29301;29302;34119;35855;35856 1509;1510;3122;3123;3124;12583;17792;29481;29482;29483;29484;29485;34324;36065;36066 1510;3124;12583;17792;29481;34324;36065 -1;-1;-1;-1;-1
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CON__P08779 CON__P08779 8 4 3 1 8 4 3 3 2 0 0 1 3 0 2 0 0 0 3 0 1 0 0 0 2 16.5 11.2 8.9 51.267 473 473 0 19.772 5.3 4.2 0 0 1.5 9.3 39317000 0 6184600 0 0 0 33132000 0 0 0 0 0 33132000 0 2 0 0 0 3 5 + 5 691;1060;4691;5447;5563;5565;9995;11591 True;True;True;False;False;False;True;False 731;1108;4888;5681;5800;5802;10484;12137 2879;4399;17823;17824;20941;21384;21386;38334;44784 2889;4423;17938;17939;21068;21511;21513;38566;45090 2889;4423;17938;21068;21511;21513;38566;45090 1 239 -1
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YDR064W YDR064W 12 12 12 YDR064W pep chromosome:R64-1-1:IV:579458:580452:1 gene:YDR064W transcript:YDR064W_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:RPS13 description:Protein component of the small (40S) ribosomal subunit; homologous to mammali 1 12 12 12 8 9 8 8 9 11 8 9 8 8 9 11 8 9 8 8 9 11 66.2 66.2 66.2 17.029 151 151 0 56.472 45 53 45.7 57.6 55.6 61.6 9281500000 1486700000 821960000 3266400000 742330000 529360000 2434700000 2210800000 1509800000 2163500000 1551100000 1825100000 2101400000 11 11 12 10 10 14 68 257 1069;2597;3052;3173;5071;5986;6714;7348;9382;9383;10676;11947 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1117;2691;3161;3286;5281;6237;6994;7713;9843;9844;11187;12510 4425;4426;4427;4428;4429;9828;9829;11544;11545;11546;11547;11994;11995;11996;11997;11998;19363;19364;19365;19366;19367;19368;19369;19370;19371;19372;22956;22957;22958;22959;22960;25614;25615;25616;25617;25618;28178;35976;35977;35978;35979;35980;35981;35982;35983;35984;35985;35986;35987;35988;35989;35990;35991;35992;35993;35994;35995;40877;40878;40879;40880;40881;40882;46229;46230;46231 4450;4451;4452;4453;4454;9879;9880;11624;11625;11626;11627;11628;12079;12080;12081;12082;12083;19486;19487;19488;19489;19490;19491;19492;19493;19494;19495;23091;23092;23093;23094;23095;25768;25769;25770;25771;25772;28353;36187;36188;36189;36190;36191;36192;36193;36194;36195;36196;36197;36198;36199;36200;36201;36202;36203;36204;36205;36206;41121;41122;41123;41124;41125;41126;41127;41128;41129;46546;46547;46548 4453;9880;11628;12080;19495;23094;25769;28353;36189;36198;41124;46547 -1
YDR067C YDR067C 2 2 2 YDR067C pep chromosome:R64-1-1:IV:582791:583465:-1 gene:YDR067C transcript:YDR067C_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:OCA6 description:Cytoplasmic protein required for replication of Brome mosaic virus; S. cerevi 1 2 2 2 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 1 0 11.2 11.2 11.2 26.024 224 224 0.00081833 3.005 0 0 3.6 0 7.6 0 3226400 0 0 1688300 0 1538100 0 0 0 0 0 5085300 0 0 0 1 0 1 0 2 258 1736;10409 True;True 1803;10911 6874;39909 6914;40146 6914;40146 -1
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YDR074W YDR074W 6 6 6 YDR074W pep chromosome:R64-1-1:IV:593893:596583:1 gene:YDR074W transcript:YDR074W_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:TPS2 description:Phosphatase subunit of the trehalose-6-P synthase/phosphatase complex; involve 1 6 6 6 3 0 1 0 2 2 3 0 1 0 2 2 3 0 1 0 2 2 9.3 9.3 9.3 102.98 896 896 0 8.9416 5.1 0 2.2 0 2.9 2.5 33682000 13172000 0 12872000 0 2326400 5310900 17205000 0 0 0 0 0 2 0 1 0 1 2 6 260 1783;1955;4152;8185;10010;10784 True;True;True;True;True;True 1850;2030;4322;8596;10499;11302 7025;7492;15771;31296;31297;38368;38369;41506 7065;7533;15879;31491;31492;38600;38601;41769 7065;7533;15879;31492;38601;41769 -1
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YEL046C YEL046C 2 2 2 YEL046C pep chromosome:R64-1-1:V:67629:68792:-1 gene:YEL046C transcript:YEL046C_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:GLY1 description:Threonine aldolase; catalyzes the cleavage of L-allo-threonine and L-threonine t 1 2 2 2 1 1 2 2 1 2 1 1 2 2 1 2 1 1 2 2 1 2 7.5 7.5 7.5 42.815 387 387 0 13.002 2.8 4.7 7.5 7.5 4.7 7.5 28416000 4166700 2534000 8603300 4190300 2012000 6910000 0 0 0 8678000 0 6852000 1 1 2 2 2 2 10 376 3039;7027 True;True 3148;7320 11488;11489;11490;11491;11492;11493;26850;26851;26852;26853 11567;11568;11569;11570;11571;11572;27011;27012;27013;27014 11572;27012 -1
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YGR103W YGR103W 15 15 15 YGR103W pep chromosome:R64-1-1:VII:695417:697234:1 gene:YGR103W transcript:YGR103W_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:NOP7 description:Component of several different pre-ribosomal particles; forms a complex with 1 15 15 15 11 10 10 10 8 12 11 10 10 10 8 12 11 10 10 10 8 12 26.3 26.3 26.3 69.876 605 605 0 85.644 20.3 17.2 23.1 21.8 18.3 25 1761500000 228530000 185190000 694940000 201290000 115440000 336100000 341700000 367550000 367110000 337050000 443770000 384400000 11 12 12 12 10 13 70 546 1217;1242;3333;3817;4174;5211;5643;5681;6562;6563;7129;8107;10759;11580;12280 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1268;1293;3455;3968;4344;5429;5881;5921;6838;6839;7443;8515;11275;12126;12851 4923;4924;4925;4926;4927;5003;5004;5005;5006;5007;5008;12622;12623;12624;12625;12626;12627;14504;14505;15875;15876;15877;15878;15879;15880;19942;19943;19944;19945;19946;19947;19948;19949;19950;21661;21797;21798;25063;25064;25065;25066;27258;27259;31065;31066;31067;31068;31069;41380;41381;41382;41383;41384;41385;44743;44744;44745;44746;44747;44748;44749;44750;44751;44752;47512;47513;47514;47515;47516;47517;47518 4949;4950;4951;4952;4953;5031;5032;5033;5034;5035;5036;12708;12709;12710;12711;12712;12713;14603;14604;15984;15985;15986;15987;15988;15989;20066;20067;20068;20069;20070;20071;20072;20073;20074;21789;21927;21928;25213;25214;25215;25216;27423;27424;31258;31259;31260;31261;31262;41640;41641;41642;41643;41644;41645;45049;45050;45051;45052;45053;45054;45055;45056;45057;45058;47843;47844;47845;47846;47847;47848;47849 4952;5033;12711;14603;15989;20070;21789;21927;25213;25216;27424;31259;41644;45054;47848 -1
YGR116W YGR116W 13 13 13 YGR116W pep chromosome:R64-1-1:VII:720409:724764:1 gene:YGR116W transcript:YGR116W_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:SPT6 description:Nucleosome remodeling protein; functions in various aspects of transcription, 1 13 13 13 7 2 6 4 8 1 7 2 6 4 8 1 7 2 6 4 8 1 12.8 12.8 12.8 168.29 1451 1451 0 34.294 7.3 1.7 6.8 4.3 8.3 1.7 138280000 33051000 6178200 67685000 6526800 12783000 12052000 34902000 21139000 36345000 18567000 41193000 0 7 2 7 4 8 1 29 547 311;415;2363;2765;3314;4659;4696;5503;5625;6246;8476;11127;12388 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 327;440;2447;2863;3435;4856;4893;5739;5862;6505;8898;11661;12963 1382;1383;1384;1385;1386;1809;8969;8970;10483;12568;17742;17743;17744;17840;17841;17842;17843;17844;21188;21189;21594;21595;21596;21597;23922;23923;32325;42863;47923 1385;1386;1387;1388;1389;1815;9015;9016;10549;12654;17857;17858;17859;17955;17956;17957;17958;17959;21315;21316;21721;21722;21723;21724;24067;24068;32521;43160;48255 1389;1815;9015;10549;12654;17857;17957;21315;21722;24067;32521;43160;48255 -1
YPR132W;YGR118W YPR132W;YGR118W 9;9 9;9 9;9 YPR132W pep chromosome:R64-1-1:XVI:794965:795767:1 gene:YPR132W transcript:YPR132W_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:RPS23B description:Ribosomal protein 28 (rp28) of the small (40S) ribosomal subunit; required 2 9 9 9 7 7 9 6 7 8 7 7 9 6 7 8 7 7 9 6 7 8 51.7 51.7 51.7 16.038 145 145;145 0 48.15 44.1 37.9 51.7 45.5 45.5 51 4029600000 605750000 426150000 1354400000 548370000 151230000 943750000 968900000 967410000 621590000 896730000 780860000 850020000 9 9 11 8 10 9 56 548 409;5399;5400;6202;8559;9626;11502;11552;11761 True;True;True;True;True;True;True;True;True 434;5627;5628;6459;8983;10097;12044;12095;12318 1796;1797;1798;1799;1800;20690;20691;20692;20693;20694;20695;20696;20697;20698;20699;20700;20701;20702;20703;23799;23800;23801;23802;32646;32647;32648;32649;36869;36870;36871;36872;36873;36874;36875;36876;36877;36878;36879;44433;44434;44435;44436;44610;44611;44612;44613;44614;44615;44616;44617;44618;45530;45531;45532;45533;45534 1802;1803;1804;1805;1806;20817;20818;20819;20820;20821;20822;20823;20824;20825;20826;20827;20828;20829;20830;23941;23942;23943;23944;32842;32843;32844;32845;37088;37089;37090;37091;37092;37093;37094;37095;37096;37097;37098;44739;44740;44741;44742;44916;44917;44918;44919;44920;44921;44922;44923;44924;45844;45845;45846;45847;45848 1806;20818;20827;23944;32845;37098;44741;44916;45845 -1;-1
YGR122W YGR122W 1 1 1 YGR122W pep chromosome:R64-1-1:VII:733935:735143:1 gene:YGR122W transcript:YGR122W_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding description:Protein that may be involved in pH regulation; probable ortholog of A. nidulans PalC, which is 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3.7 3.7 3.7 45.304 402 402 0 6.4992 3.7 0 0 0 0 0 5269000 5269000 0 0 0 0 0 6882300 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 549 9607 True 10076 36799 37018 37018 -1
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YGR128C YGR128C 8 8 8 YGR128C pep chromosome:R64-1-1:VII:747950:750091:-1 gene:YGR128C transcript:YGR128C_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:UTP8 description:Nucleolar protein required for export of tRNAs from the nucleus; also copuri 1 8 8 8 3 5 4 5 2 3 3 5 4 5 2 3 3 5 4 5 2 3 16.8 16.8 16.8 80.19 713 713 0 39.969 4.6 12.6 10.5 9.3 2.8 8.1 141340000 10479000 34644000 48540000 11895000 3652100 32131000 22643000 39375000 23719000 39706000 34636000 26034000 3 5 3 5 2 2 20 551 545;1018;6608;6769;7500;7681;8040;10395 True;True;True;True;True;True;True;True 575;576;1066;6885;7050;7876;8065;8445;10897 2385;2386;2387;4268;4269;4270;4271;4272;25252;25253;25254;25863;25864;25865;28803;28804;28805;29437;30821;30822;30823;39872 2392;2393;2394;4289;4290;4291;4292;4293;25406;25407;25408;26020;26021;26022;28983;28984;28985;29621;31013;31014;31015;40109 2394;4293;25408;26020;28985;29621;31014;40109 285 708 -1
YGR132C YGR132C 1 1 1 YGR132C pep chromosome:R64-1-1:VII:755589:756452:-1 gene:YGR132C transcript:YGR132C_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:PHB1 description:Subunit of the prohibitin complex (Phb1p-Phb2p); prohibitin is a 1.2 MDa rin 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 3.1 3.1 3.1 31.427 287 287 0.00086957 3.6433 3.1 3.1 3.1 0 3.1 3.1 16260000 3109900 2098300 4592000 0 2223900 4235900 0 0 0 0 0 4235900 1 1 1 0 1 1 5 552 10988 True 11514 42294;42295;42296;42297;42298 42589;42590;42591;42592;42593 42591 -1
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YGR282C YGR282C 2 2 2 YGR282C pep chromosome:R64-1-1:VII:1057783:1058724:-1 gene:YGR282C transcript:YGR282C_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:BGL2 description:Endo-beta-1,3-glucanase; major protein of the cell wall, involved in cell 1 2 2 2 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 9.3 9.3 9.3 34.118 313 313 0 20.909 5.1 0 0 0 0 4.2 8039500 2531200 0 0 0 0 5508300 0 0 0 0 0 5508300 1 0 0 0 0 1 2 596 7381;9742 True;True 7749;10218 28327;37327 28504;37549 28504;37549 -1
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YIL105C YIL105C 5 5 5 YIL105C pep chromosome:R64-1-1:IX:167581:169641:-1 gene:YIL105C transcript:YIL105C_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:SLM1 description:Phosphoinositide PI4,5P(2) binding protein, forms a complex with Slm2p; acts 1 5 5 5 2 0 1 0 1 1 2 0 1 0 1 1 2 0 1 0 1 1 9.9 9.9 9.9 77.994 686 686 0 15.747 3.8 0 2.9 0 1.6 1.6 19483000 6302500 0 8235800 0 4944700 0 8232100 0 0 0 0 0 2 0 1 0 1 1 5 698 3476;5543;7870;9455;12248 True;True;True;True;True 3608;5780;8270;9920;12819 13231;21340;30211;36275;47371 13320;21467;30399;36487;47701 13320;21467;30399;36487;47701 -1
YIL109C YIL109C 12 12 12 YIL109C pep chromosome:R64-1-1:IX:157385:160165:-1 gene:YIL109C transcript:YIL109C_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:SEC24 description:Component of the Sec23p-Sec24p heterodimer of the COPII vesicle coat; requir 1 12 12 12 9 3 2 5 3 2 9 3 2 5 3 2 9 3 2 5 3 2 14 14 14 103.63 926 926 0 23.507 10.9 3.1 2.3 5.7 3.8 3 90094000 41891000 11381000 13695000 9639700 5074400 8412900 31379000 21886000 12320000 21723000 24507000 20681000 9 3 2 4 2 2 22 699 536;767;1636;2648;2656;2774;2826;4188;4349;6955;7551;9720 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 566;808;1699;2742;2750;2872;2925;4360;4528;7243;7929;10194 2335;2336;2337;3207;3208;3209;3210;3211;6467;9983;10012;10517;10518;10519;10717;15944;15945;15946;16510;26602;26603;28980;37247;37248 2342;2343;2344;3218;3219;3220;3221;3222;6503;10036;10065;10583;10584;10585;10785;16053;16054;16055;16620;26762;26763;29163;37468;37469 2342;3219;6503;10036;10065;10584;10785;16053;16620;26762;29163;37469 -1
YIL118W YIL118W 8 8 8 YIL118W pep chromosome:R64-1-1:IX:139752:140447:1 gene:YIL118W transcript:YIL118W_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:RHO3 description:Non-essential small GTPase of the Rho/Rac family of Ras-like proteins; involve 1 8 8 8 4 5 7 4 3 7 4 5 7 4 3 7 4 5 7 4 3 7 43.7 43.7 43.7 25.312 231 231 0 50.756 25.5 26.8 39.8 22.5 14.3 38.1 342640000 15287000 30236000 191630000 17828000 10768000 76891000 31815000 60683000 98686000 41590000 43188000 71676000 4 5 8 4 3 7 31 700 3412;3572;6899;7676;8906;10587;10811;11852 True;True;True;True;True;True;True;True 3538;3712;7187;8059;9342;11095;11330;12411 12946;12947;12948;12949;12950;12951;13612;13613;13614;13615;13616;26395;26396;29408;29409;29410;29411;33951;33952;33953;33954;40538;40539;40540;40541;41601;41602;41603;41604;45836;45837 13033;13034;13035;13036;13037;13038;13701;13702;13703;13704;13705;26554;26555;29592;29593;29594;29595;34153;34154;34155;34156;40781;40782;40783;40784;41864;41865;41866;41867;46152;46153 13034;13705;26554;29595;34155;40784;41865;46152 -1
YIL125W YIL125W 4 4 4 YIL125W pep chromosome:R64-1-1:IX:122689:125733:1 gene:YIL125W transcript:YIL125W_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:KGD1 description:Subunit of the mitochondrial alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex; cataly 1 4 4 4 2 2 0 2 1 1 2 2 0 2 1 1 2 2 0 2 1 1 5.9 5.9 5.9 114.41 1014 1014 0 14.455 3.6 3.3 0 3.6 2.3 2.3 27013000 6073200 5233100 0 4922600 3220700 7563200 0 0 0 10126000 0 0 2 2 0 2 1 1 8 701 2279;2465;3916;12360 True;True;True;True 2361;2551;4075;12934 8688;9341;14900;47807;47808;47809;47810;47811 8733;9388;15004;48139;48140;48141;48142;48143 8733;9388;15004;48139 -1
YIL126W YIL126W 19 19 15 YIL126W pep chromosome:R64-1-1:IX:117992:122071:1 gene:YIL126W transcript:YIL126W_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:STH1 description:ATPase component of the RSC chromatin remodeling complex; required for express 1 19 19 15 6 7 7 11 4 7 6 7 7 11 4 7 5 7 5 9 4 7 14.8 14.8 12.1 156.74 1359 1359 0 54.581 4.6 6.2 5.7 8.4 2.5 6.4 227040000 27688000 31755000 70581000 45016000 14224000 37775000 46039000 62059000 37984000 85986000 52714000 39263000 6 7 7 11 4 6 41 702 319;3213;4304;4473;4474;5868;6001;6012;6033;6146;8399;9237;9371;9553;9931;10799;11030;11135;11310 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 335;3327;4480;4664;4665;6113;6252;6263;6284;6401;8820;9690;9831;10022;10420;11318;11557;11669;11847 1418;12108;12109;12110;16354;17035;17036;17037;17038;17039;17040;22481;22482;23016;23058;23059;23149;23150;23151;23152;23153;23599;23600;32055;35418;35419;35951;35952;35953;35954;35955;36631;36632;38126;38127;41563;42448;42449;42450;42451;42881;43615 1421;12193;12194;12195;16463;17149;17150;17151;17152;17153;17154;22615;22616;23151;23194;23195;23285;23286;23287;23288;23289;23740;23741;32251;35626;35627;36161;36162;36163;36164;36165;36848;36849;38357;38358;41826;42743;42744;42745;42746;43178;43914 1421;12193;16463;17149;17153;22616;23151;23195;23287;23741;32251;35627;36165;36849;38358;41826;42746;43178;43914 -1
YIL127C YIL127C 2 2 2 YIL127C pep chromosome:R64-1-1:IX:117024:117644:-1 gene:YIL127C transcript:YIL127C_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:RRT14 description:Putative protein of unknown function; identified in a screen for mutants wit 1 2 2 2 1 1 0 2 1 0 1 1 0 2 1 0 1 1 0 2 1 0 24.8 24.8 24.8 23.845 206 206 0 6.5153 9.7 9.7 0 24.8 9.7 0 145220000 27414000 65136000 0 43840000 8831100 0 0 141290000 0 0 0 0 1 2 0 2 1 0 6 703 9836;12244 True;True 10317;12814 37758;47359;47360;47361;47362;47363 37987;47689;47690;47691;47692;47693 37987;47689 -1
YIL129C YIL129C 1 1 1 YIL129C pep chromosome:R64-1-1:IX:106107:113237:-1 gene:YIL129C transcript:YIL129C_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:TAO3 description:Component of the RAM signaling network; is involved in regulation of Ace2p ac 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0.6 0.6 0.6 269.85 2376 2376 1 -2 0 0 0 0 0 0.6 5325000 0 0 0 0 0 5325000 0 0 0 0 0 5325000 0 0 0 0 0 1 1 + 704 9146 True 9594 35014 35222 35222 349 2062 -1
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YIL142W YIL142W 8 8 8 YIL142W pep chromosome:R64-1-1:IX:83302:84885:1 gene:YIL142W transcript:YIL142W_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:CCT2 description:Subunit beta of the cytosolic chaperonin Cct ring complex; related to Tcp1p, req 1 8 8 8 4 2 1 5 7 3 4 2 1 5 7 3 4 2 1 5 7 3 19 19 19 57.203 527 527 0 58.254 9.9 4.4 2.7 12.1 16.7 7.6 95090000 18713000 7989300 9166800 16411000 16753000 26056000 28400000 35987000 0 29966000 35785000 26842000 4 2 1 5 7 3 22 710 221;2273;2827;4320;5548;6616;8277;9184 True;True;True;True;True;True;True;True 232;2355;2926;4497;5785;6893;8694;9634 960;8663;8664;8665;10718;16403;16404;21355;21356;25273;25274;25275;25276;25277;25278;31652;31653;31654;35166;35167;35168;35169 962;8708;8709;8710;10786;16512;16513;21482;21483;25427;25428;25429;25430;25431;25432;31848;31849;31850;35374;35375;35376;35377 962;8710;10786;16512;21482;25427;31848;35375 -1
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YJL010C YJL010C 13 13 13 YJL010C pep chromosome:R64-1-1:X:417562:419562:-1 gene:YJL010C transcript:YJL010C_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:NOP9 description:Essential subunit of U3-containing 90S preribosome; involved in production of 1 13 13 13 7 5 5 5 3 8 7 5 5 5 3 8 7 5 5 5 3 8 19.5 19.5 19.5 77.721 666 666 0 70.804 12.9 8.9 9.8 8.9 4.7 13.2 394220000 64982000 33692000 145330000 33981000 19110000 97127000 81917000 73591000 85511000 75211000 82519000 75063000 7 5 5 5 3 8 33 719 578;579;1197;1469;2110;2562;2932;6944;8062;8150;8782;8854;10830 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 610;611;1248;1529;2190;2651;3037;7232;8467;8561;9213;9289;11350 2510;2511;2512;2513;4857;5863;8046;9662;9663;9664;11115;11116;26571;26572;26573;26574;26575;26576;30901;30902;30903;31190;33494;33495;33496;33497;33498;33774;33775;41689;41690;41691;41692 2517;2518;2519;2520;4883;5898;8088;9712;9713;9714;11192;11193;26731;26732;26733;26734;26735;26736;31093;31094;31095;31383;33694;33695;33696;33697;33698;33975;33976;41952;41953;41954;41955 2517;2520;4883;5898;8088;9712;11192;26735;31094;31383;33694;33976;41952 -1
YJL012C YJL012C 16 16 16 YJL012C pep chromosome:R64-1-1:X:411234:413399:-1 gene:YJL012C transcript:YJL012C_mRNA gene_biotype:protein_coding transcript_biotype:protein_coding gene_symbol:VTC4 description:Vacuolar membrane polyphosphate polymerase; subunit of the vacuolar transporte 1 16 16 16 6 6 7 7 9 8 6 6 7 7 9 8 6 6 7 7 9 8 29.4 29.4 29.4 83.154 721 721 0 39.075 9 8.5 14.1 11.9 13.6 13.3 810810000 68488000 47732000 244130000 51085000 51632000 347750000 139780000 188620000 163380000 151310000 171660000 145650000 6 6 8 7 9 8 44 720 1667;2547;3087;3365;4648;4682;5656;6148;6457;9990;10105;10566;11172;12326;12381;12384 True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True;True 1731;2636;3196;3488;4844;4879;5894;6403;6727;10479;10597;11074;11707;12899;12956;12959 6581;9593;9594;9595;9596;11664;11665;11666;11667;11668;12750;17689;17790;17791;17792;17793;17794;21709;21710;21711;21712;21713;21714;23603;24678;24679;38322;38745;38746;38747;38748;38749;38750;38751;40470;43024;47680;47681;47682;47900;47901;47902;47903;47913 6617;9642;9643;9644;9645;11746;11747;11748;11749;11750;12836;17804;17905;17906;17907;17908;17909;21838;21839;21840;21841;21842;21843;23744;24827;24828;38554;38980;38981;38982;38983;38984;38985;38986;40713;43321;48012;48013;48014;48232;48233;48234;48235;48245 6617;9642;11746;12836;17804;17908;21840;23744;24827;38554;38986;40713;43321;48012;48233;48245 353 329 -1
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